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为探究 KAT7 的翻译后修饰对结直肠癌(CRC)的影响,研究发现其巴豆酰化与乙酰化竞争影响中心粒形成和 CRC 发生,意义重大。
在生命的微观世界里,细胞的正常运作依赖于一系列精密的调控机制,而这些机制一旦出现偏差,疾病便可能乘虚而入,其中结直肠癌(Colorectal Cancer,CRC)就是一种严重威胁人类健康的疾病。目前,全球范围内 CRC 的发病率和死亡率呈上升趋势,它作为一种代谢活跃的肿瘤,有着复杂的遗传和表观遗传改变。尽管科学家们在癌症研究领域不断探索,但对于 CRC 发生发展过程中一些关键分子机制的了解仍十分有限。
赖氨酸乙酰转移酶 KAT7(也称为 HBO1 或 MYST2),在多种生物过程中扮演着重要角色,它参与肿瘤细胞的增殖、细胞周期分布等过程,其异常表达还与多种癌症的临床特征、诊断、治疗及预后相关。然而,KAT7 在 CRC 进展中的直接作用尚不明确,其翻译后修饰(Post-Translational Modifications,PTMs)在 CRC 发生发展中的潜在影响也有待揭示。同时,中心粒复制对于细胞的正常分裂至关重要,精确的原中心粒形成是中心粒复制的关键起始步骤,但目前对于原中心粒形成的整体转录调控机制仍知之甚少。在这样的背景下,为了深入了解 CRC 发生发展的机制,寻找潜在的治疗靶点,北京大学医学部基础医学院等机构的研究人员开展了一项关于 KAT7 翻译后修饰对中心粒复制及 CRC 进展影响的研究。该研究成果发表在《Nature Communications》上,为 CRC 的研究和治疗提供了新的思路和方向。
研究人员为开展此项研究,运用了多种关键技术方法。在样本方面,收集了 153 例 CRC 患者的结肠肿瘤组织和匹配的相邻非癌性结肠组织,以及 74 对用于 KAT7 转录后修饰研究的样本。在实验技术上,通过免疫沉淀(Immunoprecipitation)检测 KAT7 的巴豆酰化和乙酰化水平;利用质谱(Mass Spectrometry,MS)鉴定 KAT7 的修饰位点;采用 RNA 测序(RNA Sequencing)分析 KAT7 敲低细胞的基因表达变化;借助染色质免疫沉淀定量 PCR(Chromatin Immunoprecipitation Quantitative PCR,ChIP-qPCR)探究相关基因启动子区域的组蛋白修饰情况;运用细胞增殖和集落形成实验检测细胞的增殖能力;构建细胞系来源的异种移植模型研究肿瘤的生长情况。
下面来看具体的研究结果:
- KAT7 巴豆酰化和乙酰化与 CRC 患者预后相关:研究人员基于 The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库分析发现,KAT7 在不同肿瘤组织和相邻正常组织中的表达存在显著差异,且对不同癌症患者的总生存期影响各异。在 CRC 患者中,虽然 KAT7 表达在肿瘤组织和正常组织间无显著差异,与患者预后也无明显关联,但进一步对 74 对样本分析发现,KAT7 巴豆酰化水平增加与患者较长生存期相关,而乙酰化水平较高则与预后不良相关。
- CRC 细胞中 KAT7 巴豆酰化和乙酰化在 DNA 损伤刺激后存在动态变化:研究发现,DNA 损伤药物(如依托泊苷)可有效增加不同 CRC 细胞中 KAT7 的巴豆酰化水平,且这种增加呈剂量和时间依赖性,同时 KAT7 的乙酰化水平会下降。使用 NaCr 刺激也能观察到类似的动态变化,这表明在 CRC 细胞中,KAT7 的巴豆酰化和乙酰化在应对 DNA 损伤应激时存在动态平衡。
- DNA 损伤刺激诱导的 KAT7 在 K432 残基处巴豆酰化对乙酰化的竞争拮抗作用减弱其 HAT 活性:通过质谱鉴定出 KAT7 的多个乙酰化位点,其中 K432 可能是 DNA 损伤刺激下 KAT7 巴豆酰化与乙酰化的潜在竞争位点。实验表明,该位点的竞争拮抗作用会减弱 KAT7 的组蛋白乙酰转移酶(Histone Acetyltransferase,HAT)活性,影响其对底物 H3K14 和 H4K5/8/12 的乙酰化水平。
- hMOF 是 DNA 损伤刺激下 KAT7 的主要巴豆酰基转移酶:研究人员通过一系列实验,包括转染不同的组蛋白巴豆酰基转移酶(Histone Crotonyltransferase,HCT)质粒、RNA 干扰实验、体外巴豆酰化实验、免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation,Co-IP)和 GST 下拉实验(GST Pull-Down Assay)等,证实了 hMOF 是负责 KAT7 巴豆酰化的主要酶,且 hMOF 可在 K432 残基处对 KAT7 进行巴豆酰化,进而减弱 KAT7 的 HAT 活性。
- HDAC2 是 DNA 损伤刺激下 KAT7 的主要去乙酰化酶:通过使用不同的组蛋白去乙酰化酶(Histone Deacetylase,HDAC)抑制剂处理细胞、质谱分析、免疫沉淀、体外去乙酰化实验、免疫共沉淀和 GST 下拉实验,确定了 HDAC2 是 KAT7 的主要去乙酰化酶,它能与 KAT7 相互作用并使其去乙酰化。
- KAT7 HAT 活性降低抑制与原中心粒形成相关基因的表达:RNA 测序分析显示,KAT7 敲低细胞中有许多基因表达发生变化,其中部分基因与中心粒相关生物过程有关。进一步研究发现,KAT7 可能直接调节中心体相关基因的表达,KAT7 HAT 活性降低会导致原中心粒形成相关蛋白(如 CEP192、CEP152、PLK4、STIL 和 SAS6)的编码基因表达下降。
- KAT7 HAT 活性降低通过损害原中心粒形成相关基因启动子区域 H3K14ac 的富集抑制中心粒复制:免疫荧光实验表明,抑制 KAT7 HAT 活性可有效抑制 CRC 细胞中的中心粒复制。ChIP-qPCR 实验显示,KAT7 HAT 活性降低会减少原中心粒形成相关基因启动子区域 H3K14ac 的富集,从而影响基因转录,抑制原中心粒形成。
- KAT7 HAT 活性降低抑制肿瘤细胞增殖和结直肠癌发生:细胞增殖实验和集落形成实验表明,KAT7 敲低或其 HAT 活性降低(如 K432R 突变)可有效抑制 CRC 细胞的增殖和集落形成能力。使用 KAT7 HAT 活性抑制剂 WM3835 处理细胞也得到类似结果。在异种移植模型中,KAT7-K432R 显著抑制了肿瘤的生长。
在讨论部分,研究人员总结了 KAT7 巴豆酰化和乙酰化的竞争拮抗作用在 CRC 发生发展中的重要机制。这种竞争拮抗作用通过影响 KAT7 的 HAT 活性,减少原中心粒形成相关基因启动子区域 H3K14ac 的富集,抑制原中心粒形成和中心粒复制,进而抑制肿瘤细胞增殖和 CRC 发生。此外,研究还发现 hMOF 和 HDAC2 在 KAT7 巴豆酰化和乙酰化的动态平衡中发挥关键作用。然而,研究也存在一些局限性,例如 hMOF 在依托泊苷处理后失去 HAT 活性仍能发挥 HCT 活性的机制尚未完全阐明,且由于缺乏针对 K432 位点的特异性抗体,难以直接将 KAT7 K432 巴豆酰化或乙酰化与临床样本建立联系。但总体而言,该研究揭示了 KAT7 在中心粒复制和 CRC 发生发展中的新作用,为 CRC 的治疗提供了潜在的新靶点,对深入理解 CRC 的发病机制和开发新的治疗策略具有重要意义。