GPB | 基因组所唐中林团队开发猪多组学整合数据库

　　

　　

 

近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）、佛山鲲鹏现代农业研究院唐中林团队在《基因组蛋白质组与生物信息学报（Genomics, Proteomics & Bioinformatics（GPB））》发表了题为“PIGOME: An Integrated and Comprehensive Multi-omics Database for Pig Functional Genomics Studies”的论文。该研究发布了猪整合多组学数据库PIGOME（https://pigome.com），为猪功能基因组研究与分子育种提供了“一站式”分析平台。

猪不仅是我国居民最主要的动物蛋白来源，也是人类发育和疾病的重要模型。近二十年来，随着高通量测序技术的快速发展，产生了海量的多组学数据，这些数据来源于猪的不同品种、发育阶段和组织，有助于猪的进化、复杂性状形成和疾病等研究。然而，这些数据来自于不同实验室和测序平台，存在检索困难、管理分散、数据处理不统一和可视化困难等问题。如何深入挖掘并整合分析公共数据面临很大的挑战。针对这些问题，研究人员开发了PIGOME数据库：一个猪综合性多组学整合数据库。

 

数据库构成与功能

 

目前，PIGOME数据库包含来自392个项目的6901个猪的样本，涉及113个品种、71个组织和29个发育阶段的7种不同类型的组学数据，同时整合了大量注释信息和分析工具。PIGOME为用户提供了友好的界面，可通过交互式网页、强大的搜索引擎和高级工具浏览和分析组学数据。整合的基因组、转录组和表观基因组数据为发现猪重要经济性状和人类相关疾病相关的靶基因和位点提供了一种快捷有效的方法。总之，PIGOME为猪的功能基因组学研究提供了重要平台，对动物遗传学、育种和生物医学研究等领域具有重要价值。

基因组所（大鹏湾实验室）唐中林研究员、杨亚岚副研究员为论文的共同通讯作者。基因组所在读博士生韩郭皓（原科研助理）、基因组所和河南大学联合培养硕士生杨朋（已毕业）为论文共同第一作者。该研究得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、深圳市科技重大专项和中国农业科学院创新工程等的资助。

 

原文链接：https://academic.oup.com/gpb/advance-article/doi/10.1093/gpbjnl/qzaf016/8046016