油菜籽每角果种子密度的遗传学研究成果:关键 QTL 与基因的发现
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时间:2025年03月22日
来源:Theoretical and Applied Genetics 4.4
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为提升油菜产量,研究人员对油菜籽每角果种子密度(SDPS)展开研究,发现关键 QTL 和基因,意义重大。
每角果种子密度(Seed density per silique,SDPS)是影响油菜(Brassica napus L.)种子产量的关键农艺性状,探究其遗传调控机制对提高油菜产量意义非凡。研究人员评估了 413 个油菜品种(系)在 5 个自然环境下的 SDPS 表型,并通过重测序进行基因分型。利用 MLM_PCA+K 和 FarmCPU 模型,基于 5277554 个高质量变异开展全基因组关联分析(GWAS)。共鉴定出 51 个与 SDPS 显著(p < ?log10(1.88×10–6))相关的位点,其中 5 个位点(除 SNP-2095656 外)在两种 GWAS 模型的所有环境中均被检测到。这 5 个位点里,3 个位于 A09 染色体,2 个位于 C05 染色体,且同染色体上的位点在物理位置上相近。因此,仅整合了两个常见候选数量性状基因座(QTL),分别命名为 QTL qSDPS-A09(320 kb)和 qSDPS-C05(331.48 kb) 。在 A09 和 C05 染色体上最初分别鉴定出 67 个和 48 个候选基因,经连锁不平衡(LD)区块分析后,候选基因数量分别缩减至 17 个和 13 个。基于基因的关联研究、单倍型分析和表达分析证实,拟南芥生长素响应因子 18(ARF18)的 3 个同源基因(BnaA09G0559300ZS)最有可能是 QTL qSDPS-A09 的候选基因,ARF18Hap4被确定为高 SDPS 的有利单倍型。这些研究结果有助于阐明 SDPS 的遗传和分子机制,推动油菜育种中的基因改良。
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