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本文聚焦癌症中蛋白质乳酸化,阐述其修饰机制、相关靶点通路及潜在治疗策略,极具科研价值。
引言
20 世纪 20 年代,奥托?瓦尔堡(Otto Warburg)发现,即使在有氧条件下,癌细胞中的糖酵解也会增强。这一独特的代谢特征源于癌细胞中糖酵解酶的特定同工酶表达上调,像己糖激酶 2(HK2)、磷酸果糖激酶 1(PFK1)等 。糖酵解增强会产生大量乳酸,以往乳酸被视作代谢废物,但新研究表明,它可作为 G 蛋白偶联受体 81 的配体、信号分子,还能充当线粒体的能量来源。更重要的是,乳酸能引发一种名为乳酸化的蛋白质翻译后修饰(PTM)。
在癌细胞中,代谢途径的改变常与表观遗传修饰相关,这些修饰影响染色质结构和转录机制的可及性,进而导致基因表达异常。乳酸诱导的乳酸化和已发现的组蛋白酰化类型类似,能修饰核心组蛋白 N 端尾部的赖氨酸残基。哺乳动物细胞在糖酵解最后一步产生 L - 乳酸脱氢酶(LDH),L - 乳酸被激活为 L - 乳酰辅酶 A,在组蛋白乙酰转移酶(HATs)作用下引发 L - 乳酸化。HATs 和组蛋白脱乙酰酶(HDACs)分别负责添加和去除修饰,它们也参与非组蛋白的赖氨酸乳酸化,影响蛋白质功能和稳定性 。此外,丙氨酰 - tRNA 合成酶(AARS)是一种新型乳酸化 “书写器”,可将乳酸激活为乳酸 - AMP,再转移到靶蛋白的赖氨酸残基上。
哺乳动物细胞虽主要经糖酵解产生 L - 乳酸,但也能通过乙二醛酶(GLO)途径产生 D - 乳酸。D - 乳酸能否像 L - 乳酸那样修饰靶蛋白赖氨酸残基还不确定,不过有证据显示,D - 乳酸化可通过非酶促共价修饰(NECMs),由 S-D - 乳酰谷胱甘肽(LGSH)介导发生。除了组蛋白和非组蛋白赖氨酸上的 L-、D - 乳酸化,还有 S - 乳酸化,即发生在靶蛋白半胱氨酸残基上的乳酸化,可由糖酵解中间产物 3 - 磷酸甘油醛(G3P)非酶促引发。本文将总结癌症中组蛋白和非组蛋白乳酸化的研究成果,并探讨以乳酸化为靶点的癌症治疗策略。
癌症中的组蛋白赖氨酸乳酸化
2019 年,赵等人通过高效液相色谱 - 串联质谱法发现了一种新的表观遗传修饰 —— 组蛋白 Kla,在胰蛋白酶消化的核心组蛋白赖氨酸残基处有 72.021 Da 的质量位移。2023 年,他们开发了 “综合组蛋白标记分析” 策略,发现了更多组蛋白 Kla 位点 。2024 年进一步证实,在糖酵解增强时,组蛋白 Kla 主要由 L - 乳酸化介导,鸟苷三磷酸(GTP)特异性琥珀酰辅酶 A 合成酶(GTPSCS)可将 L - 乳酸转化为 L - 乳酰辅酶 A,为 L - 乳酸化提供底物。
在巨噬细胞 M1 极化过程中,乳酸积累与组蛋白 Kla 水平升高及 M2 样基因表达相关,同时组蛋白赖氨酸乙酰化(Kac)水平与组蛋白 Kla 呈负相关 。这表明组蛋白 Kla 参与特定基因的表达调控,尤其在癌细胞中,糖酵解增强导致乳酸积累,组蛋白 Kla 可能发挥重要作用。
组蛋白 Kla 与基因表达的上调和下调
在许多癌细胞中,组蛋白 Kla 上调且与致癌基因表达相关。组蛋白 H3 赖氨酸 18 乳酸化(H3K18la)是研究较多的组蛋白 Kla 位点。肝纤维化诱导的代谢功能障碍相关脂肪性肝炎引发的肝细胞癌(HCC)与组蛋白乳酸化,特别是 H3K18la 有关 。在乳腺癌细胞中,H3K18la 富集在致癌转录因子 c-Myc 的启动子区域,促进其表达,进而提升丝氨酸 / 精氨酸丰富剪接因子 10(SRSF10)的表达,SRSF10 介导 MDM4 和 Bcl-x 的可变剪接 。膀胱癌进展依赖于 H3K18la 诱导的脂质运载蛋白 2(LCN2)表达 。在结直肠癌(CRC)中,癌细胞和肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)的 H3K18la 都上调,可促进趋化因子(C-X-C 基序)配体 1(CXCL1)和 CXCL5 表达,推动 CRC 转移 。TAMs 摄取 CRC 产生的乳酸后,H3K18la 在维甲酸受体 -γ(RARγ)启动子处富集,抑制 RARγ 表达,激活 CRC 中的致癌信号转导和转录激活因子 3(STAT3)信号通路 。不过,在非小细胞肺癌(NSCLC)中,H4K8la 诱导会抑制糖酵解酶 HK1 表达 。虽然总体上组蛋白 Kla 促进癌症进展,但它为何有相反的基因调控功能仍待研究。
组蛋白 Kla 与非编码 RNA 及 RNA 甲基化修饰
组蛋白 Kla 不仅调控蛋白编码基因,还影响长链非编码 RNA(lincRNAs)。在 CRC 中,细菌来源的脂多糖(LPS)通过 H4K8la 激活致癌的 LINC00152 转录,而非 H3K18la 或 H4K5la 。近期研究发现,组蛋白 Kla 还参与环状 RNA(circRNAs)的转录调控。CRC 中致癌 Kras 产生的乳酸使 H3K18la 升高,激活肿瘤特异性细胞毒性 T 淋巴细胞(CTLs)中 circATXN7 的转录。circATXN7 与 NF-κB p65 亚基相互作用,将 p65 隔离在细胞质中,使肿瘤特异性 CTLs 对激活诱导的细胞死亡敏感,促进肿瘤免疫逃逸和免疫治疗抵抗 。
多项研究表明,组蛋白 Kla 诱导的基因与 RNA 甲基化密切相关,包括N6 - 甲基腺苷(m6A)、N1 - 甲基腺苷(m1A)和 5 - 甲基胞嘧啶(m5C)修饰 。在眼黑色素瘤中,组蛋白 Kla 诱导 YTH N6 - 甲基腺苷 RNA 结合蛋白 F2(YTHDF2)表达,YTHDF2 与 Period 1(PER1)和肿瘤蛋白 P53(TP53)的m6A修饰 mRNA 结合,促进其降解,引发肿瘤发生 。在肿瘤浸润髓细胞(TIM)中,H3K18la 上调甲基转移酶样 3(METTL3)基因表达,METTL3 在 Jak1 mRNA 上安装m6A,YTHDF1 与之结合,提高 JAK1 蛋白翻译效率,诱导 TIMs 的免疫抑制功能 。在眼黑色素瘤中,H3K18la 还参与m1A RNA 修饰,它富集在 AlkB 同源物 3(ALKBH3)启动子处,ALKBH3 使核抗原 SP100A mRNA 的m1A去甲基化,降低 SP100A 翻译效率,干扰早幼粒细胞白血病小体组装,促进肿瘤发生 。在 CRC 中,H3K18la 诱导m5C甲基转移酶 NSUN2 表达,通过m5C修饰增加烯醇化酶 1(ENO1)mRNA 稳定性,ENO1 表达增加引发糖酵解和组蛋白乳酸化的正反馈循环,与患者预后不良相关 。
组蛋白 Kla 与癌症治疗耐药性
组蛋白 Kla 诱导的基因参与癌症治疗耐药过程。贝伐单抗是一种抗血管内皮生长因子药物,用于转移性 CRC 的一线和二线治疗,但长期使用会产生耐药性 。使用贝伐单抗后,缺氧癌细胞糖酵解增加,H3K18la 水平上升,Rubicon 样自噬增强蛋白(RUBCNL)转录上调,RUBCNL 与 beclin - 1 结合促进自噬体成熟,使接受贝伐单抗治疗的 CRC 细胞通过自噬获得生存优势和治疗耐药性 。在膀胱癌中,H3K18la 诱导转录因子 Y - 盒结合蛋白 1(YBX1)和 YY1 表达,导致对顺铂耐药 。在肺癌脑转移的部分细胞中,醛酮还原酶家族 1 成员 B10(AKR1B10)过表达,促进 LDHA 表达,诱导 H4K12la 依赖的细胞周期蛋白 B1(CCNB1)转录,使癌细胞对培美曲塞化疗耐药 。在胶质母细胞瘤(GBM)肿瘤微环境中,调节性 T(Treg)细胞中 H3K18la 介导的 C - C 基序趋化因子受体 8(CCR8)表达,营造免疫抑制微环境,阻碍嵌合抗原受体 - T(CAR - T)细胞免疫治疗 。在急性髓系白血病(AML)中,STAT5 促进糖酵解和乳酸积累,增加程序性死亡配体 1(PD - L1)启动子区域的 H4K5la,使癌细胞逃避免疫监视 。
组蛋白变体 Kla 与肿瘤发生
除了经典组蛋白的 Kla 修饰,着丝粒蛋白 A(CENPA)这种组蛋白 H3 变体在 K124 处也会发生乳酸化。在 HCC 中,CENPA 乳酸化增强了它与 YY1 的相互作用,诱导细胞周期蛋白 D1 和神经纤毛蛋白 2(NRP2)表达,促进肿瘤发生 。
癌症中的非组蛋白赖氨酸乳酸化
组蛋白 Kla 被发现后,越来越多证据表明非组蛋白也是 Kla 修饰的靶点,非组蛋白 Kla 通过影响靶蛋白活性和稳定性,在肿瘤进展和不良预后中发挥关键作用。
非组蛋白 Kla 与蛋白质活性
在 HCC 的多组学分析中,发现 9275 个 Kla 位点里有 9256 个在非组蛋白上,说明肝癌中非组蛋白的 Kla 修饰很普遍 。在该研究中,腺苷酸激酶 2(AK2)在 K28 处高度乳酸化,抑制其活性,导致能量代谢紊乱,影响患者预后 。在肝内胆管癌(iCCA)中,蛋白质组学分析显示核仁蛋白在 K477 处乳酸化,这对其上调丝裂原活化蛋白激酶激活死亡结构域(MADD)表达至关重要,高表达的 MADD 激活 iCCA 中的经典丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路 。在 CRC 中,真核翻译延伸因子 eEF1A2 在 K408 处高度乳酸化,提高翻译延伸速率,满足癌细胞增加的生物合成需求 。
在 Treg 细胞中,乳酸通过修饰膜组织延伸棘蛋白(MOESIN)的 K72 位点,增强其与转化生长因子 - β 受体 1(TGF - βRI)的相互作用,增加 TGF - β 信号传导 。随后,SMAD3 磷酸化并转移到细胞核,增加叉头盒 P3(FOXP3)表达,维持 Treg 细胞的免疫抑制功能 。此外,在致癌病毒感染中,非组蛋白 Kla 促进巨噬细胞的免疫抑制功能。环状 GMP - AMP 合酶(cGAS)是一种 DNA 传感器,可产生环状 GMP - AMP(cGAMP),触发干扰素 - β(IFN - β)产生 。当 cGAS 在 K131 处乳酸化时,其与 DNA 的静电亲和力降低,cGAMP 和 IFN - β 产生减少,降低先天免疫监视能力 。近期多个研究组报道,非组蛋白 Kla 参与调节癌细胞的 DNA 修复系统,使其抵抗治疗干预。在 GBM 中,X 射线修复交叉互补蛋白 1(XRCC1)在 K247 处乳酸化,增加其与输入蛋白 - α 的亲和力,促进 XRCC1 核转位,增强 GBM 对放化疗的 DNA 修复能力 。减数分裂重组 11(MRE11) - RAD50 - 尼曼 - 匹克病 1 型(NBS1)复合物(MRN 复合物)在 DNA 修复系统中起关键作用 。在胃癌中,NBS1 在 K388 处高度乳酸化,促进 MRN 复合物形成,有助于对顺铂治疗或电离辐射的 DNA 修复 。此外,在化疗耐药的癌症中,MRE11 在 K673 处的乳酸化增加,增强其与 DNA 的结合能力,促进 DNA 修复 。
非组蛋白 Kla 与蛋白质稳定性
越来越多证据表明,在缺氧条件下,非组蛋白 Kla 影响癌症中的蛋白质稳定性。在食管癌中,缺氧通过乳酸化稳定丝氨酸羟甲基转移酶 2(SHMT2),增强其与一碳代谢关键酶亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP 依赖)1 - 样(MTHFD1L)的相互作用,促进恶性表型发展 。在 CRC 中,缺氧通过 Kla 修饰增加 β - 连环蛋白稳定性,调节细胞增殖和干性 。虽然 Kla 稳定靶蛋白的机制还需深入研究,但已有研究表明,在宫颈癌中,盘状结构域受体酪氨酸激酶 1(DCBLD1)在 K172 处的乳酸化通过抑制泛素化增强其稳定性 。在胃癌中,Yes 相关蛋白(YAP)在 K90 处乳酸化,增加其稳定性和核转位,该乳酸化由 AARS1 介导,AARS1 在胃癌中表达升高,与预后不良相关 。
当乳酸来自相邻细胞时,也能观察到 Kla 介导的蛋白质稳定性变化。在 CRC 中,高表达醛缩酶 B(ALDOB)的细胞激活丙酮酸脱氢酶激酶 1(PDK1),抑制丙酮酸氧化,增加乳酸产生 。这些乳酸进入相邻细胞,通过乳酸化增强癌胚抗原细胞黏附分子 6(CEACAM6)稳定性,促进 CRC 细胞增殖和化疗耐药 。在前列腺癌中,乳酸通过单羧酸转运蛋白 1(MCT1)进入癌细胞,通过乳酸化稳定缺氧诱导因子 1α(HIF1α),激活 HIF1α 通路,促进血管生成 。
乳酸转移酶、去乳酸化酶与癌症治疗
HAT 家族和 AARS 作为乳酸转移酶
短链赖氨酸酰化由 HATs 和 HDACs 的酶活性动态平衡调节,HATs 添加修饰,HDACs 去除修饰 。由于乳酸直接修饰赖氨酸在化学上不利,推测乳酸先激活为乳酰辅酶 A,再由 HATs 转移 。在三大 HAT 家族中,p300/CREB 结合蛋白(p300/CBP)底物特异性广泛 。在最初发现组蛋白 Kla 的研究中,p300 被认为是潜在的组蛋白 Kla 乳酸转移酶,不过其催化组蛋白乳酸化的动力学比催化组蛋白乙酰化慢得多 。另一项研究表明,p300 或其对应物 CBP 可在非组蛋白上安装 Kla 。除 p300/CBP 外,通用控制非阻遏蛋白 5(GCN5)、与原点识别复合物 1 结合的 HAT(HBO1)、雄性特异性缺失蛋白 1(MOF)和 Tat 相互作用蛋白 60(TIP60)等也被报道为潜在的乳酸转移酶 。
HATs 从激活的乳酸(乳酰辅酶 A)安装 Kla。目前已鉴定出哺乳动物细胞中参与乳酰辅酶 A 合成的酶,如 GTPSCS 被认为是一种乳酰辅酶 A 合成酶,可与细胞核中的 p300 相互作用,促进 H3K18la 修饰 。乙酰辅酶 A 合成酶 2(ACSS2)也被提出可作为乳酰辅酶 A 合成酶,为 GCN5 提供底物,诱导 H3K14 和 H3K18la 修饰 。
除了 HAT 介导的乳酸转移酶机制,AARS 也可能是潜在的乳酸转移酶,它能直接感知乳酸,并将乳酰部分转移到靶蛋白上 。由于乳酸与 AARS 的天然底物丙氨酸结构相似,AARS1 和 AARS2(分别为细胞质和线粒体同工型)可能参与细胞质和线粒体的 Kla 修饰 。近期研究还发现,细胞质 AARS1 有保守的核定位信号基序,暗示其在细胞核中作为乳酸转移酶的可能性 。实际上,AARS1 在多种癌症中表达升高,它修饰 p53 的 Kla,阻止 p53 与 DNA 结合,抑制其肿瘤抑制功能 。在胃癌中,AARS1 使 YAP 乳酸化,加速癌细胞增殖 。但也有研究表明,AARS1 和 AARS2 调节 METTL16 的 Kla,导致铜诱导的胃癌细胞死亡 。在巨噬细胞中,AARS2 使 cGAS 乳酸化,降低其与 DNA 的亲和力,影响免疫监视 。
I 类 HDACs 和 SIRTs 作为去乳酸化酶
HDACs 根据结构域和辅因子分为四类,包括依赖Zn2+的 I、II 和 IV 类,以及依赖NAD的 III 类 HDACs(沉默信息调节因子 Sirtuins,SIRT1 - 7) 。I 类 HDACs 主要定位于细胞核,II 类 HDACs 可分为 IIa 和 IIb 两个亚组,IIa 类在信号依赖的磷酸化作用下在细胞质和细胞核间穿梭,IIb 类主要位于细胞质 。III 类 HDACs 的去乙酰化酶活性取决于亚细胞定位,IV 类 HDACs 只有 HDAC11 。
目前,I 类 HDACs 和 III 类 HDACs(Sirtuins)被认为可能具有去乳酸化酶活性,但存在争议 。2021 年,SIRT2 被提出是潜在的去乳酸化酶 。该研究通过 GLO 途径诱导 Kla,产生非酶促 Kla<