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为探究埃氏希瓦氏菌（E. marmotae）在人体中的存在情况，研究人员从健康人粪便样本中分离出该菌。研究发现其 4.91 Mb 的环状基因组及 3 种质粒，这为深入了解该菌的特性和潜在影响提供了依据。
埃氏希瓦氏菌（Escherichia marmotae）已在动物和环境中被发现。此次，研究人员从一份健康人的粪便样本中分离出了该菌。其基因组为 4.91 Mb 的环状结构，GC 含量为 50.34%，并且与三种质粒相关：pF12YCO47 - 2（89.9 kb，GC 含量 50.2%）、pF12YCO47 - 3（47.9 kb，GC 含量 44.3%）和 pF12YCO47 - 1（95.4 kb，GC 含量 47.2%）。
埃氏希瓦氏菌是肠杆菌科（Enterobacteriaceae）中的一种革兰氏阴性菌，最初是从喜马拉雅旱獭（Marmota himalayana）的粪便中分离出来的。起初它被归类为埃希氏菌属（Escherichia）的隐秘进化枝 V，曾被认为在人类中存在较少。但自重新分类后，它在野生动物和环境中均有发现，还被认为可能是引起人类侵袭性感染的病原体。
F12YCO47 是在一项肥胖粪便微生物群移植（FMT）研究中，从一名 26 岁健康女性的粪便样本中分离得到的。研究人员先将粪便样本进行系列稀释（1:10），在酵母酪蛋白胨脂肪酸琼脂（YCFA）上需氧培养，37°C 培养 24 小时后挑取 F12YCO47 菌落，在 YCFA 平板上多次传代培养以获得纯菌落，随后通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI - TOF MS）确认其为埃氏希瓦氏菌，匹配度高达 2.61。
在基因组测序环节，研究人员先将 F12YCO47 在羊血琼脂上复苏，挑取一个菌落在胰蛋白胨大豆肉汤中培养，提取 DNA 并构建 DNA 文库，使用牛津纳米孔技术（ONT）的 PromethION 2 Solo 设备和 R10.4 流动池进行测序。之后运用多种软件对基因组进行组装、抛光和注释。
基因组质量评估显示，其完整性达 100%，污染率仅 0.08%。研究还发现了三种质粒，经比对分别与不同菌的质粒相似。全基因组比较将 F12YCO47 归为埃氏希瓦氏菌，且它被分类到进化枝 V。此外，研究人员还对基因组中的基因进行了分析，发现了编码多药外排泵蛋白的 MdfA 基因，未发现志贺毒素基因和抗菌耐药相关的点突变。
该研究由 Rockfield Trust 的慈善捐赠资助，参与研究的还有 Gut Bugs Study Group 的众多成员。
