语义驱动:运用 SNOMED CT 表示临床数据元素的实践指南及其意义

【字体: 时间:2025年03月28日 来源:Journal of Biomedical Semantics 1.6

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  临床数据丰富但缺乏有效复用,语义互操作性受阻。研究人员开展 “Semantics in action: a guide for representing clinical data elements with SNOMED CT” 研究,制定 8 条规则的指南。该指南可提升语义准确性和一致性,推动临床数据从以数据为中心转向以语义为中心。

  在医疗领域,临床数据虽然数量庞大,但却像一盘散沙,难以被有效地重复利用。想象一下,医院里每天产生大量患者的诊断、治疗、检验等数据,这些数据存在格式不统一、语义不明确的问题。不同系统记录的 “血压” 数据,可能因为表述和理解差异,在共享和分析时出现偏差,导致数据无法充分发挥价值。而且,语义互操作性也受到阻碍,数据难以在不同医疗机构或系统间顺畅流通,严重影响了医疗研究、公共卫生工作以及医疗服务质量的提升。
为了解决这些难题,日内瓦大学医院(University Hospitals of Geneva)等机构的研究人员展开了深入研究。他们聚焦于如何利用 SNOMED CT(Systematized Nomenclature of Medicine - Clinical Terms,系统化医学术语集 - 临床术语)对临床数据元素进行语义表示。最终得出结论:通过制定一套实用的规则指南,能够更准确、一致地实现临床数据的语义表示,推动临床数据从以数据为中心的模式向以语义为中心的方法转变,这对于提升语义互操作性,促进临床数据的二次利用意义重大。该研究成果发表在《Journal of Biomedical Semantics》上。

在研究方法上,研究人员首先搭建能力建设框架。新成员先学习 SNOMED 国际(SI)提供的基础课程,之后结合内部文档和实际工作加深理解,核心成员还会参与更高级课程。同时,建立规则创建周期,每周组织焦点小组讨论,依据遇到的问题和现有指南制定新规则。在数据处理上,遵循帕累托原则,优先处理高频出现的数据元素。

研究结果主要体现在以下方面:

  • Context(背景):理解数据元素的背景至关重要,包括结构背景和临床采集背景。比如,在表示临床表单中的字段时,像 “PF_0886” 这样的字段,不结合表单所在的具体位置和内容,可能会被错误表示。而临床采集环境中语言差异也会影响数据含义,像法语和英语对 “nyctalopia” 的定义就相反,所以必须结合背景准确理解数据含义。
  • Single concepts first(优先使用单一概念):为保证精确性,应优先选择最细粒度的单一概念代码。可以通过探索 SNOMED CT 的层次结构,比如查找类似术语的父概念和相邻分支的子概念来定位合适代码;还可以依据临床知识和常识进行合理推断,像骨折和伤口的情况,在未明确描述时可按默认情况选择单一代码,避免不必要的后协调。
  • Approved PC(批准的后协调):当后协调不可避免时,先使用多焦点表达式,组合同一顶级层次结构的概念,如表示 “post - infectious reactionary bacterial arthritis”,组合相关概念可更精确表示。之后按照 SI 规则进行细化后协调。
  • Extending PC(扩展后协调):当现有预协调表达式或批准的后协调无法满足需求时,可通过扩展属性的域和范围,或者添加新属性来解决,但新属性使用需谨慎,要确保符合规则并经过审核。

在结论和讨论部分,研究表明大规模手动编码分类内容可行且可持续,使用该指南能减少错误、提高表示的一致性。与现有指南相比,该研究制定的指南更具通用性。不过研究也存在局限性,如未涉及非活动术语的处理,指南未在其他环境广泛应用,缺乏正式定量评估,使用未批准属性会限制互操作性,规则之间可能存在冲突等。但这些并不影响其重要意义,它为临床数据的语义表示提供了实用框架,推动了临床数据的有效利用和语义互操作性的提升,后续研究还将围绕否定和不确定性、与自动或半自动注释结合、在不同机构推广应用等方面展开,有望进一步完善和拓展临床数据语义表示的研究与实践。
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