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为解决大别山病毒(Bandavirus dabieense,DBV)基因分型缺乏明确标准、难以识别新基因型等问题,研究人员开展了 DBV 基因分型标准建立及新基因型确认的研究。他们确定了 3% 的分型临界值,识别出新基因型和片段重配,建立了简化分型方法,这为 DBV 临床分型提供了可靠依据。
在神秘的病毒世界里,有一种名为大别山病毒(Bandavirus dabieense,DBV)的 “小恶魔”,它会引发严重发热伴血小板减少综合征(Severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS) ,这可是一种让人头疼的出血性疾病。患者常常会出现发热、血小板减少、白细胞减少、胃肠道问题,甚至还会有肌肉症状、神经异常和凝血障碍等症状。更糟糕的是,目前针对 DBV 既没有可靠的疫苗,也没有有效的抗病毒药物,患者的平均死亡率在 6.18% - 27% 之间。不同基因型的 DBV 感染可能导致不同的死亡率,然而现有的基因分型方法却存在诸多问题,比如缺乏明确标准,难以识别新基因型,命名也容易让人混淆,而且依赖全基因组测序,不够快速简便。所以,为了更好地了解这种病毒,找到更有效的应对方法,安徽医科大学第二附属医院等机构的研究人员踏上了探索之旅。
研究人员开展了一项关于建立 DBV 基因分型标准并确认新基因型的研究。他们从 NCBI 下载了大量的 DBV 序列,并将其分为两个阶段进行分析。最终,研究人员确定了一个关键的临界值 ——3%,以此建立了更精确的基因分型标准。通过这个标准,他们不仅识别出了 7 种新的罕见基因型,还发现了病毒片段的重配现象。此外,他们还建立了两种简化的基因分型方法,并且发现不同基因型在地理分布上存在差异,还与临床症状可能有关联。这一研究成果发表在《Scientific Reports》上,为 DBV 的临床分型提供了更可靠的基础,对疫苗研发和疾病预后判断有着重要意义。
研究人员用到的主要关键技术方法包括:首先是序列收集与筛选,从 NCBI 检索 DBV 序列并按条件筛选分类;然后用 ClustalW 软件多序列比对、RDP 4.0 Beta 软件检测重组事件;再利用 MEGA 7.0 软件构建进化树、进行同源性分析;最后设计基因型特异性引物,通过 RT-PCR 检测基因型,还用 NP 区域序列分析建立简化分型方法。
研究结果如下:
- 筛选过程:第一阶段从 GenBank 下载 1386 条序列,经筛选最终使用 522 条;第二阶段下载 2209 条序列,排除部分序列后使用 997 条。
- 基因分型标准及验证:通过系统发育分析和核苷酸差异比较,确定 3% 为基因分型临界值,结合进化树分析建立了新的基因分型标准。第一阶段据此识别出 S、M、L 片段分别有 8、11、11 种基因型,第二阶段验证了标准的可靠性,还发现 19 个菌株的 S 片段属于新基因型。
- 病毒片段重配:部分病毒菌株的 S、M、L 片段基因型不同,提示存在片段重配现象。
- 各种基因分型方法的比较:对比本研究方法与之前的方法,证实了本研究基因分型标准的特异性和合理性。
- 参考序列的建立和基因型特异性引物的验证:建立了 1 - 6 型的参考序列和特异性引物,通过 RT-PCR 能快速识别临床基因型,验证了分型标准的准确性。
- 简单分型方法:基于 NP 区域建立的简单分型方法与全长 S 片段分析结果高度一致。
- 区域基因型差异:研究发现 DBV 基因型在不同地区分布存在明显差异。
- 基因型与临床特征:研究表明不同 DBV 基因型与临床症状(如神经和呕吐症状)可能存在关联。
在研究结论和讨论部分,研究人员成功建立了以 3% 核苷酸差异为标准的 DBV 基因分型方法,确认了新基因型的存在,还发现了片段重配和地理差异。这些成果为临床诊断、治疗和疫苗研发提供了重要依据。不过,不同基因型在致病性、复制能力和免疫原性等方面的差异还需要进一步研究。这项研究为深入了解 DBV 奠定了坚实基础,有望推动相关领域的进一步发展,让我们在对抗这种病毒的道路上迈出重要一步。