长读长测序技术助力解析癌症基因组：Severus 精准探测体细胞结构变异与复杂重排

为解决现有长读长体细胞结构变异（SV）检测方法不适用于分析复杂重排和异质性肿瘤基因组的问题，研究人员开展基于断点图算法 Severus 的研究。结果显示，Severus 在检测 F1 分数上表现优异，还能揭示临床相关隐匿重排，意义重大。

　　在癌症基因组中检测体细胞结构变异（SV）时，长读长测序相较于短读长测序，在可定位性和变异定相方面更具优势。然而，目前大多数长读长 SV 检测方法并不适用于分析具有复杂重排和异质性特征的肿瘤基因组。在此，研究人员提出 Severus，这是一种基于断点图的算法，用于从长读长癌症测序数据中识别体细胞 SV。Severus 可与匹配的正常样本配合使用，支持分析不平衡的癌症核型，能够描绘复杂的多断点 SV 模式，并生成单倍型特异性的检测结果。在一个综合多种技术的细胞系面板测试中，Severus 在 SV 检测的 F1 分数（精确率和召回率的调和均值）方面始终优于其他长读长和短读长方法。研究还表明，与长读长方法相比，短读长测序系统地遗漏了某些类型的体细胞 SV，如插入或聚集性重排。研究人员将 Severus 应用于几例儿科白血病 / 淋巴瘤的临床病例分析，揭示出标准基因组检测面板遗漏的临床相关隐匿重排。