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这篇研究通过分析基因测序数据等多种方法,发现 S100 钙结合蛋白 A9(S100A9)在糖尿病足溃疡中高表达,且与伤口愈合时间正相关。S100A9 可能通过多条信号通路影响炎症反应和皮肤再上皮化,有望成为糖尿病足溃疡治疗的新靶点。
### 研究背景
糖尿病在全球范围内呈现高发态势,2021 年成人糖尿病全球患病率达 10.5%,约 5.366 亿人患病,北京地区预计到 2024 年成人糖尿病患病率将达 13.9%。糖尿病足是糖尿病患者致残致死的重要原因,每年全球约 1860 万人患糖尿病足溃疡,约 34% 的糖尿病患者一生中会经历足溃疡,20% 的患者需下肢截肢,且糖尿病足溃疡患者 5 年死亡率高达 30%,足部以上截肢患者死亡率更是超 70%。
糖尿病足与神经、血管损伤及高血糖引发的继发感染密切相关,但具体病理机制尚不明确,当前清创等治疗手段效果欠佳。随着基因测序技术发展,全基因组分析被广泛应用于寻找疾病关键基因和潜在治疗靶点。S100 钙结合蛋白 A9(S100A9)是由 114 个氨基酸组成的蛋白质,常与 S100A8 形成异二聚体和四聚体,在多种生理病理过程中发挥复杂作用,与炎症反应关系紧密,在肿瘤细胞增殖迁移、银屑病患者中均有相关表现,还参与调节肠道上皮细胞增殖。本研究旨在寻找糖尿病足溃疡的关键基因,验证其表达并探究其在溃疡愈合过程中的作用。
研究方法
- 研究设计:从公共数据库检索基因测序数据,经生物信息分析找出糖尿病足的关键基因(hub gene)。收集糖尿病和非糖尿病患者的血液及组织样本,检测关键基因水平,同时检测相关炎症因子和通路蛋白。构建糖尿病小鼠模型,进一步探究关键基因在糖尿病足愈合过程中的作用。
- 数据来源:从 GEO 数据库获取 GSE80178、GSE1334431 和 GSE68183 数据集,数据使用遵循相关政策和许可协议。
- 差异基因表达和富集分析:运用 limma R 包和 RStudio 2022.02.2 软件,筛选差异表达基因(DEGs,P<0.05,log fold change>1)。借助 DAVID 工具进行基因本体(GO)分析,了解常见 DEGs 的功能;利用 KEGG Orthology-Based Annotation System KOBAS 3.0 工具开展京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。用 RStudio 绘制圆形图展示前 10 个显著功能,用弦图呈现前 5 个 GO 术语相关基因。
- 蛋白质相互作用网络构建:利用 Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins 构建 DEGs 的蛋白质相互作用网络,通过 Cytoscape 软件可视化,将相互作用超 10 次的蛋白质及其对应基因确定为关键蛋白和基因。
- 关键基因的识别:找出 GSE134431 和 GSE80178 中差异表达最高的 30 个 DEGs,与蛋白质相互作用网络中的关键基因以及 GSE68183 中的 DEGs 进行重叠分析,从而确定关键基因。
- 样本采集:2023 年 5 月 4 日至 23 日在长海医院采集样本。糖尿病患者纳入标准为年龄>18 岁、确诊糖尿病超 1 年且无严重或精神疾病;非糖尿病个体纳入标准为年龄>18 岁、无糖尿病史,空腹血糖<7.0 mmol/L,口服葡萄糖耐量试验 2 小时血糖<11.1 mmol/L 且无严重或精神疾病。慢性伤口定义为 4 周未愈合伤口,排除急性创伤溃疡、急性烧伤溃疡及已接受治疗的伤口患者。每组确定 4 名参与者,均需手术治疗,采集慢性伤口区域全层皮肤样本、基本信息(年龄、性别、空腹血糖、糖化血红蛋白 A1c 浓度、伤口愈合时间)及血浆样本。研究获长征医院伦理委员会批准(No. 2024SL050),并取得所有参与者的知情同意。
- 糖尿病小鼠模型建立和伤口愈合测试:建立糖尿病模型前,C57BL/6 小鼠禁食 12 小时。将链脲佐菌素(STZ)溶于柠檬酸钠缓冲液(pH 4.2 - 4.5)配成 10 mg/mL 溶液,糖尿病组小鼠按 150 mg/kg 腹腔注射,对照组注射等量缓冲液。3 天后尾尖采血测血糖,空腹血糖≥11.1 mmol/L 视为糖尿病模型建立成功。糖尿病小鼠每组 8 只,对照组 7 只。建模 3 周后麻醉小鼠,剃除腿部毛发,在每只小鼠腿部制造直径 0.5 cm 的圆形伤口。于第 0、3、7、10 天拍照记录伤口,用 ImageJ 计算伤口面积(第 0 天伤口面积设为 100%,其他时间点以与第 0 天面积的比值表示)。第 7 天处死半数小鼠,采集伤口周围皮肤组织用于后续分析。
- 实时定量聚合酶链反应(PCR):将小鼠皮肤组织研磨成粉,用 Trizol 试剂提取 RNA 并逆转录为 cDNA。在 48 孔板中配制实时定量 PCR 体系,含 1 μL cDNA 溶液、0.3 μL 10 μmol/L 引物对(S100A9 和 GAPDH 引物)、5 μL 实时荧光定量 PCR 扩增预混液,加无 RNA 酶水至 10 μL。离心混匀后进行实时定量 PCR,计算每个样本的循环阈值(CT)值。
- 蛋白质免疫印迹法(Western blotting):用 RIPA 裂解缓冲液提取患者和小鼠组织中的蛋白质,经电泳转移至膜上。膜依次与 S100A9 多克隆抗体、β- 肌动蛋白多克隆抗体、GAPDH 单克隆抗体、磷酸化蛋白激酶 B(p-Akt)多克隆抗体等多种一抗孵育,再与二抗孵育,用 High-sig ECL Western Blotting Substrate 显色,用 ImageJ 分析蛋白条带相对灰度值(与内参蛋白比较)。
- 免疫组织化学和苏木精 - 伊红(H&E)染色:对临床患者组织切片进行二甲苯脱蜡、乙醇水化处理,微波抗原修复,用 5% H2O2溶液终止内源性过氧化物酶活性。用牛血清白蛋白封闭后,与 S100A9 一抗 4°C 孵育过夜,再与二抗孵育 2 小时。苏木精染色后,用二氨基联苯胺四氯化物显色 1 分钟,常规进行 H&E 染色。随机选取 10 个视野进行免疫组织化学染色分析阳性信号面积,随机选取 3 个位置测量 H&E 染色样本的表皮层厚度。
- 酶联免疫吸附试验(ELISA):按照 ELISA 试剂盒(ref# CSB-E11833h,Cusabio)说明书进行操作。
- 统计分析:使用 GraphPad Prism 8 软件分析数据,组间比较采用独立样本 t 检验,用 Pearson 线性相关分析评估伤口愈合时间与血浆 S100A9 水平的关系。数据以均值 ± 标准差表示,P<0.05 为差异有统计学意义。
研究结果
- 糖尿病足溃疡相关差异表达基因和富集分析:对比 GSE80178 和 GSE134431 数据集的糖尿病足溃疡和糖尿病皮肤组织转录组,分别鉴定出 1805 个和 1086 个 DEGs,综合分析得到 283 个共享 DEGs(182 个上调,101 个下调)。GO 分析显示,最显著富集的术语包括角化、细胞外区域和细胞外空间。KEGG 通路富集分析表明,常见 DEGs 在角质化包膜形成和角化过程中显著富集。
- 蛋白质相互作用网络整合:构建的蛋白质相互作用网络包含 215 个蛋白质和 615 个相互作用,排除 68 个未翻译或翻译后无相互作用的基因。
- S100A9 作为糖尿病足关键上调基因的鉴定:综合分析多个数据集,确定 S100A9 和 KRT6C 为关键基因,其中 S100A9 在糖尿病和糖尿病足溃疡中高表达,且在蛋白质相互作用中起重要作用。
- S100A9 在慢性糖尿病溃疡中的表达验证:Western blotting、免疫组织化学(IHC)染色和 ELISA 检测结果均显示,慢性糖尿病溃疡患者的 S100A9 表达显著高于非糖尿病对照组,且血浆 S100A9 水平与伤口愈合时间呈正相关。
- 慢性糖尿病溃疡中的炎症因子、表皮厚度和通路蛋白:糖尿病组慢性溃疡中肿瘤坏死因子 -α(TNF-α)、白细胞介素 - 1(IL-1)和白细胞介素 - 6(IL-6)等炎症因子水平显著高于对照组,H&E 染色显示糖尿病慢性溃疡表皮层明显更薄,Western blotting 结果也证实了这一趋势,且糖尿病慢性溃疡组中 p-ERK、p-p38、p-p65 和 p-Akt 水平升高。
- 糖尿病小鼠皮肤中 S100A9 的表达:与非糖尿病小鼠相比,糖尿病小鼠体重显著降低,空腹血糖显著升高,伤口愈合较慢,伤口皮肤组织中 S100A9 和炎症因子(TNF-α、IL-1、IL-6)水平更高。
研究讨论
糖尿病足具有发病率高、病程长、复发率高、治疗效果差及致死致残率高的特点,给社会带来沉重负担。目前其分子机制尚未完全明确,治疗手段有限。本研究通过分析多个数据集,结合多种生物信息学方法,确定 S100A9 为糖尿病足溃疡的关键基因。
S100A9 在慢性糖尿病溃疡中高表达,动物实验也证实其在糖尿病小鼠伤口皮肤中高表达,且血浆 S100A9 水平与伤口愈合时间正相关,表明其在伤口愈合中起关键作用。糖尿病通过复杂机制影响伤口愈合,高血糖抑制角质形成细胞和成纤维细胞的增殖迁移,破坏糖尿病足溃疡中与再上皮化相关的角质形成细胞蛋白,伤口床大量促炎细胞因子持续放大炎症反应,不利于伤口愈合。研究发现 S100A9 与糖尿病慢性溃疡中炎症因子水平升高、表皮层变薄有关,提示其可能加剧局部炎症反应,阻碍再上皮化。
Toll 样受体 4 和晚期糖基化终产物受体是 S100A9 的主要受体,其下游通路在肿瘤、自身免疫疾病及糖尿病并发症研究中已得到证实。本研究发现 S100A9 表达与慢性糖尿病溃疡中 p-ERK、p-p38、p-p65 和 p-Akt 表达正相关,S100A9 可能通过这些通路影响炎症反应、细胞增殖分化、凋亡和血管生成,进而影响糖尿病伤口愈合,但具体机制仍有待进一步探究。
本研究证实 S100A9 在慢性糖尿病溃疡和糖尿病患者血浆中显著升高,与伤口愈合时间相关,且伴随炎症因子和相关通路蛋白水平变化以及表皮层厚度改变。S100A9 可能通过 MAPK-ERK/p38、NF-κB 和 PI3K-Akt 通路调节局部炎症反应和皮肤再上皮化,促进糖尿病溃疡发生。深入研究 S100A9 参与糖尿病溃疡发病机制的具体过程,有望为糖尿病足溃疡治疗提供新的分子靶点。