解析珊瑚色鱼栖菌（Piscinibacterium candidicorallinum）模式菌株 LMG 29480 全基因组序列：开启营养循环研究新征程

为解决在分类学对比及评估鱼栖菌属（Piscinibacterium）在营养循环中作用的问题，研究人员开展了对珊瑚色鱼栖菌（Piscinibacterium candidicorallinum）LMG 29480 全基因组序列的研究。结果获得了 3,829,664 bp、G+C 含量 65.16 mol% 的完整基因组序列，这对未来相关研究意义重大。

　　珊瑚色鱼栖菌（Piscinibacterium candidicorallinum）LMG 29480 是一种能运动的革兰氏阴性菌，具备还原硝酸盐和积累聚 -β- 羟基丁酸（PHB）储存颗粒的能力。该菌株的模式菌株（Piscinibacterium candidicorallinum LYH-15^T，等同于 LMG 29480、KCTC 52168）分离自中国台湾的淡水鱼塘。此前虽有该菌的草图基因组序列报道，但存在片段化问题。研究人员从比利时根特的 BCCM/LMG 菌种保藏中心获取 LMG 29480 菌株，通过离心收集在 R2A 肉汤中培养 12 天（25℃）的菌体，利用 GenElute 细菌基因组 DNA 提取试剂盒提取 DNA。测序采用长读长和短读长平台相结合的方式，长读长测序使用牛津纳米孔技术（ONT）的连接测序试剂盒（SQK-LSK114）在 ONT MinION Mk1C 设备上进行，短读长测序使用 Illumina 的 NEBNext Ultra 文库制备试剂盒在 NextSeq 2000 系统上进行。经一系列数据处理和组装，最终得到的完整基因组序列由一条 3,829,664 bp 的环状染色体构成（ONT 覆盖度 99.8×，Illumina 覆盖度 262×），G+C 含量为 65.16 mol%，完整性达 99.36%。预测有 3,472 个基因，包含 66 个 tRNA 以及单拷贝的 5S、16S、23S rRNA 基因。基因组中 16S rRNA 基因与之前报道一致，且该基因组与之前片段化组装的平均核苷酸同一性（ANI）达 99.9931%。此外，基因组中含有多个与硝酸盐和亚硝酸盐跨膜运输及还原相关的基因，与该菌株能还原硝酸盐的实验观察结果相符。本研究得到了路易斯安那州董事会州长生物技术倡议（BOR#015）的资助。