原发性干燥综合征（pSS）与原发性胆汁性胆管炎（PBC）关键串扰基因的鉴定：为自身免疫性疾病研究开辟新路径

为探究原发性干燥综合征（pSS）与原发性胆汁性胆管炎（PBC）之间的联系，研究人员从 GEO 数据库获取转录组数据开展研究。结果发现 CX3CR1 等 7 个串扰基因，且 NK 细胞、CD4+ T 细胞和 CD8+ T 细胞在疾病机制中起关键作用，为相关疾病研究提供新方向。

　　背景：越来越多的证据表明原发性干燥综合征（Primary Sj?gren's Syndrome，pSS）和原发性胆汁性胆管炎（Primary Biliary Cholangitis，PBC）之间存在关联。本研究旨在识别二者之间的串扰基因。方法：从基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）获取 pSS（GSE66795）和 PBC（GSE119600）的转录组数据集。利用差异表达分析和加权基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis，WGCNA）检测这两种疾病的共同基因。通过最小绝对收缩和选择算子（Least Absolute Shrinkage and Selection Operator，LASSO）回归确定潜在的串扰基因。通过单样本基因集富集分析（single-sample gene set enrichment analysis，ssGSEA）、多变量逻辑回归和单细胞转录组分析对这些基因进行验证。结果：差异表达分析显示，pSS 和 PBC 共有 339 个上调的差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs）。WGCNA 分析揭示了 11 个与 pSS 相关的模块和 7 个与 PBC 相关的模块。随后，在差异表达分析和 WGCNA 鉴定出的基因之间发现 56 个核心基因重叠。LASSO 回归确定 CX3CR1、ELF1、CUL1、PARP3、DDX60、SP140L 和 MUC1 为 pSS 和 PBC 的关键串扰基因。此外，ssGSEA 分析和多变量逻辑回归强调了这 7 个基因作为串扰基因的潜力。单细胞分析显示，pSS 患者中 NK 细胞、CD4⁺ T 细胞和 CD8⁺ T 细胞的比例较高，且 CX3CR1、ELF1、CUL1、PARP3、DDX60、SP140L 和 MUC1 在这些细胞中表达显著。结论：本研究确定了 CX3CR1、ELF1、CUL1、PARP3、DDX60、SP140L 和 MUC1 为 pSS 和 PBC 之间的串扰基因，并突出了 NK 细胞、CD4⁺ T 细胞和 CD8⁺ T 细胞在疾病机制中的关键作用。