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70%乙醇优于GTC-TCEP:结核分枝杆菌RNA保存新策略及其在分子诊断中的潜力
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年04月11日 来源:Scientific Reports 3.8
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本刊推荐:针对结核分枝杆菌RNA易降解难题,研究者系统比较了70%乙醇与GTC-TCEP的保存效果。通过热休克、冻融循环及长期存储实验证实,70%乙醇能稳定转录组图谱,在-20℃维持RNA完整性达12个月,且成本更低、更易获取,为资源有限地区的分子诊断提供新方案。
结核病和麻风病等分枝杆菌感染仍是全球重大公共卫生挑战,而传统培养法耗时漫长——结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)需数周生长,麻风分枝杆菌(M. leprae)甚至无法体外培养。分子检测技术如基于RNA的分子细菌负荷检测(Molecular Bacterial Load Assay, MBLA)和分子活力检测(Molecular Viability Assay, MVA)为快速评估病原体活力和药物反应提供了新思路,但这些技术的成功实施面临一个根本性障碍:RNA分子的极端不稳定性。现有标准保存液如含硫氰酸胍(Guanidinium thiocyanate, GTC)的缓冲体系虽能灭活RNase,但存在成本高、冷链依赖性强等问题,在资源有限地区应用受限。
比利时热带医学研究所等机构的研究团队在《Scientific Reports》发表研究,系统评估了70%乙醇这种廉价易得的替代方案对结核分枝杆菌H37Ra菌株RNA的保存效能。通过模拟临床样本可能经历的热应激、反复冻融及不同温度长期储存等真实场景,发现70%乙醇不仅表现出优于GTC-TCEP(含三(2-羧乙基)膦的GTC缓冲液)的RNA保护能力,还具备简化样本处理流程的独特优势。该研究为改善结核病分子诊断的可及性提供了重要技术支撑。
研究采用三大关键技术方法:1) 热休克实验(45℃处理20分钟)评估转录组即时稳定效果;2) 五种冻融方案模拟冷链中断场景;3) 长达12个月的四梯度温度(-80℃、-20℃、4℃、30℃)保存实验。通过Qubit RNA定量、RNA完整性指数(RIN)分析和靶向qPCR(检测hsp65、sigA等基因),系统比较两种保存液的性能差异。
在热休克实验中,70%乙醇与GTC-TCEP均能有效阻止热应激诱导的hsp65、sigA和16S rRNA表达变化,证实二者均可实现转录组"快照"固定。基线比较显示,乙醇处理样本的RNA回收量显著高于GTC-TCEP(2.4倍,p=0.05),且所有检测的mRNA靶标(esxA、icl等)拷贝数均更高,这对低菌量样本分析尤为重要。
长期储存实验揭示了温度依赖的RNA降解规律。70%乙醇中,-20℃保存的样本在12个月内维持RIN>7.0(RNA测序推荐阈值),而4℃储存时该窗口缩短至3个月。值得注意的是,乙醇样本在30℃过夜储存后仍保持高RIN值(7.6±0.1),显著优于GTC-TCEP组的快速降解。通过计算各温度下转录本与-80℃对照的比值发现,乙醇保存的样本呈现一致的时温依赖性降解模式,而GTC-TCEP组则出现靶标间差异,提示乙醇可能提供更均衡的RNA保护。
冻融稳定性测试中,经历三次冻融循环的乙醇处理样本仍保持稳定RNA产量和RIN值(6.0-7.0),暗示乙醇可能通过抑制冰晶形成发挥冷冻保护作用。相比之下,GTC-TCEP组因RIN检测失败难以评估,进一步凸显乙醇的可靠性。
讨论部分强调,70%乙醇的多重优势使其成为极具转化潜力的保存方案:成本仅为GTC方案的十分之一;无需严格冷链即可维持RNA质量;符合国际航空运输协会(IATA)对危险品的宽松运输要求。尽管在临床样本(如痰液)中的应用仍需验证,但既往研究显示70%乙醇能在1小时内灭活结核分枝杆菌,兼顾生物安全与分子分析需求。
该研究突破性地证明,在-20℃条件下,70%乙醇可实现结核分枝杆菌RNA的年度保存,且耐受多次冻融。这一发现不仅简化了研究样本的管理流程,更对资源有限地区开展结核病分子诊断具有重要实践意义。未来研究需在临床样本和强毒株中验证该方案的普适性,但其成本效益和操作简便性已展现出改变结核病诊断格局的潜力。
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