基于DNA邻近扫描编码测序技术（PADSE-seq）的膜蛋白纳米级组织全景图谱构建

为突破现有技术对膜蛋白多样性及空间分布解析的局限，研究人员开发了邻近激活DNA扫描编码测序（PADSE-seq）。该技术通过可调长度DNA探针实现纳米级动态扫描，利用链置换扩增与双向延伸反应生成组合条形码，成功绘制了乳腺癌细胞中HER2邻近的HER1、EpCAM等十余种蛋白的空间分布图谱，揭示了低丰度靶蛋白周边纳米级异质性，为精准医学提供全新分子互作解析工具。

　　细胞膜蛋白的惊人多样性和精确定位构成了动态纳米微环境的核心特征。传统方法受限于有限的蛋白覆盖范围，难以全面解析膜蛋白的复杂空间组织。为此，科学家们开发出革命性的邻近激活DNA扫描编码测序技术（Proximity-activated DNA scanning encoded sequencing, PADSE-seq）。这项技术采用长度可调的DNA扫描探针（SPs）和条形码探针（BPs），通过探针间杂交激活切口内切酶，触发SPs的循环释放以实现纳米级邻近蛋白搜索。被切割的BPs随后作为引物启动链置换扩增（strand displacement amplification）和双向延伸反应，生成包含组合标识符的串联条形码用于高通量测序。在乳腺癌细胞模型中，PADSE-seq成功绘制了HER2周围纳米范围内HER1、EpCAM、PDL1等十余种蛋白的动态分布图谱。特别值得注意的是，低丰度靶蛋白周边的空间分布展现出显著的纳米级异质性。这项技术为揭示细胞分子互作的纳米级密码提供了全新解决方案，将推动精准医学领域对复杂生物过程的深度解码。