多模态脑MRI跨站点跨设备标准化:牛津-诺丁汉ON-Harmony资源助力神经影像可重复性研究

【字体: 时间:2025年04月12日 来源:Scientific Data 5.8

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  编辑推荐:针对MRI跨设备差异阻碍神经影像研究可重复性的难题,英国研究团队通过"旅行头部"范式构建了包含20名受试者、6台3T扫描仪、5种模态(T1w/T2w/dMRI/rfMRI/SWI)的ON-Harmony资源,量化了生物变异、设备间变异和扫描内变异,为评估ComBat等标准化算法提供了基准数据集,对推动多中心神经影像研究具有重要价值。

  

磁共振成像(MRI)技术虽已成为研究活体大脑的利器,但不同扫描仪硬件/软件的差异常引入非生物干扰因素,使得跨设备数据可比性成为困扰神经科学家的"阿喀琉斯之踵"。这种标准化缺失不仅影响研究可重复性,更阻碍了多中心数据的整合分析——而后者恰恰是提升统计效能、验证科学发现的关键。当扫描仪导致的个体内变异甚至接近个体间生物变异时,我们该如何区分真实的神经特征与技术伪影?这一困境在临床研究和药物试验中尤为突出,直接制约着MRI向临床转化的步伐。

针对这一挑战,英国诺丁汉大学与牛津大学的研究团队在《Scientific Data》发表了迄今最全面的脑MRI标准化资源——牛津-诺丁汉标准化(ON-Harmony)数据集。研究采用"旅行头部"创新范式,让20名健康志愿者在6台不同厂商(GE/Philips/Siemens)的3T扫描仪上重复扫描,涵盖T1加权(T1w)、T2加权(T2w)、扩散MRI(dMRI)、静息态功能MRI(rfMRI)和磁敏感加权成像(SWI)五种模态,协议均与UK Biobank对齐。特别设计的是,约半数参与者还接受了同一扫描仪的5次重复测量,由此构建的165次多模态扫描会话,首次实现了对数百个MRI衍生指标在生物变异、扫描仪间变异和扫描内变异的三维解析。

研究团队采用多管齐下的技术路线:首先基于UK Biobank协议进行跨厂商参数匹配,通过dcm2niix工具实现DICOM到NIfTI格式转换,并采用BIDS标准组织数据;继而运用改良版UKBB流程提取数千个影像表型(IDPs),包括FreeSurfer生成的皮层分区、FSL-XTRACT重建的白质纤维束等;通过MRIQC和eddyQC工具量化图像质量指标(IQMs);最后采用ComBat算法进行批次效应校正。所有数据均通过OpenNeuro平台开放共享。

研究结果呈现四大发现:在数据质量方面,图像质量指标z分数热图显示所有扫描仪均保持良好一致性,绝对z值不超过2.12,其中西门子Prisma32在扩散成像中表现最优(图6)。在变异特征方面,扫描内重复测量的IDPs相似性显著高于跨设备测量(中位相关系数0.92 vs 0.85),且不同厂商设备形成预期中的亚组聚类(图7a)。引人注目的是,扫描仪间变异系数(CoV)在某些模态(如dMRI)甚至接近个体间生物变异(图8d),这一量化结果为标准化必要性提供了铁证。

在方法验证环节,研究证实ComBat算法可有效缩小扫描仪间差异,使校正后变异更接近扫描内基线水平(图9)。以皮层灰质体积为例,其扫描间CoV从预处理前的5.8%降至4.2%,接近扫描内变异的3.7%。而在处理流程通用性评估中,FSL-XTRACT纤维束重建与UK Biobank参考图谱的相关系数普遍高于0.6,但GE MR750因单壳层采集限制,在上纵束(SLF)重建中表现欠佳(图10b),揭示了硬件差异对分析流程的潜在影响。

这项研究通过精心设计的标准化资源,为神经影像领域提供了三大价值:其一,建立的变异基线使研究者能客观评估新型标准化算法的效能;其二,多厂商数据为开发通用处理流程(即"隐性标准化")提供了试验场;其三,揭示的协议对齐局限性为未来扫描协议优化指明方向。正如作者强调,ON-Harmony并非用于设备性能评比,而是作为方法开发的"罗塞塔石碑",帮助破解不同扫描系统产生的数据差异密码。随着更多研究者对这一资源的开发利用,我们有望建立更稳健的神经影像生物标志物体系,最终推动脑科学研究从"可重复性危机"走向"标准化新时代"。

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