伊朗藏红花矮化病毒（SaDV）的首次鉴定及全基因组特征分析：一种感染藏红花的新型双生病毒属（Mastrevirus）病毒

《European Journal of Plant Pathology》：First identification and complete genomic characterization of saffron dwarf virus from Iran, a novel mastrevirus infecting Crocus sativus

为探究感染藏红花（Crocus sativus L.）的病毒情况，研究人员开展了对藏红花矮化病毒（SaDV）的研究。通过高通量测序、PCR 及桑格测序，鉴定出伊朗的 SaDV 分离株。其全基因组 2725 个核苷酸，含 4 个开放阅读框。这是伊朗首次、世界第二次报道，意义重大。

　　藏红花（Crocus sativus L.）是一种重要的药用和芳香植物，却受到多种病毒病的影响。到目前为止，仅发现一种感染藏红花的 DNA 病毒 —— 藏红花矮化病毒（Saffron dwarf virus，SaDV）。SaDV 是双生病毒科（Geminiviridae ）双生病毒属（Mastrevirus ）中一个新提出的物种，此前仅在印度有报道。在这项研究中，研究人员通过高通量测序鉴定出伊朗的 SaDV 分离株，并利用 PCR 和桑格测序（Sanger sequencing）进行了确认。该病毒的完整基因组长度为 2725 个核苷酸，包含 4 个开放阅读框（ORFs），分别编码外壳蛋白（coat protein，CP）、运动蛋白（movement protein，MP）以及两种与复制相关的蛋白：RepA 和 Rep。MP 和 CP 由病毒正链编码，而 RepA 和 Rep 则由病毒负链编码。研究人员还识别出两个基因间隔区（intergenic regions），即长基因间隔区（LIR）和短基因间隔区（SIR），其中 LIR 在茎环结构内具有一个九核苷酸的复制起点。BLAST 比对结果显示，伊朗的 SaDV 分离株（SaDV-IR）的完整序列与印度报道的唯一 SaDV 分离株（BK067261）有 94.2% 的核苷酸同一性，表明这些分离株可能有共同的起源。SaDV 基因组与燕麦矮化病毒（oat dwarf virus，ODV，Mastrevirus avenae ）和小麦矮化病毒（wheat dwarf virus，WDV，Mastrevirus hordei ）分离株的核苷酸同一性最高，分别在 52.4% - 54.5% 之间。基于复制酶和全基因组序列构建的系统发育树表明，SaDV 与 ODV 和 WDV 在双生病毒属内聚为一个进化枝，但形成了一个独特的亚分支。据了解，这是伊朗首次报道 SaDV 感染藏红花，也是全球第二次报道。