《Human Genetics》:Comprehensive profiling of tsRNAs in acute coronary syndrome: expression patterns, clinical correlations, and functional insights
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为解决急性冠状动脉综合征(ACS)诊断和治疗的难题,华中科技大学同济医学院附属同济医院研究人员开展了 tsRNAs 在 ACS 中的研究。他们发现 tRF-Gly-GCC06在 ACS 中显著上调,与疾病风险相关且影响巨噬细胞功能,为 ACS 诊疗提供新方向。
心血管疾病是全球范围内的健康杀手,其中急性冠状动脉综合征(ACS)更是高风险疾病。尽管医学不断进步,但 ACS 的诊断和治疗仍面临诸多挑战,比如早期精准诊断困难,现有治疗手段无法完全降低其致死率。为了探索 ACS 的发病机制,寻找新的诊断生物标志物和治疗靶点,华中科技大学同济医学院附属同济医院的研究人员开展了相关研究。
研究人员对 24 例 ACS 患者和 12 例健康对照者的外周血单核细胞(PBMCs)进行了高通量小 RNA 测序,并在另外两组独立的病例对照人群中进行验证。研究发现了 ACS 患者 PBMCs 中 tsRNAs 独特的表达模式,这为疾病的诊断提供了新的潜在标志物。其中,tRF-Gly-GCC06在不稳定型心绞痛(UA)和急性心肌梗死(AMI)患者中显著上调,并且与冠状动脉粥样硬化斑块负荷(Gensini 评分)呈正相关。进一步的多变量逻辑回归分析表明,tRF-Gly-GCC06独立于传统心血管危险因素,与 ACS 风险增加相关。
在功能研究方面,研究人员通过细胞实验发现,tRF-Gly-GCC06能够促进巨噬细胞的增殖和迁移,并调节炎症相关基因的表达。RNA pull-down 和蛋白质质谱实验显示,tRF-Gly-GCC06与 KHSRP 蛋白相互作用,且过表达 tRF-Gly-GCC06会增加 KHSRP 蛋白的表达水平。这表明 tRF-Gly-GCC06可能通过与 KHSRP 相互作用,促进巨噬细胞的炎症反应和增殖,进而推动动脉粥样硬化的发展。
该研究成果发表在《Human Genetics》杂志上,为 ACS 的诊断和治疗提供了新的潜在生物标志物和治疗靶点,有助于深入理解 ACS 的发病机制,为未来基于 tsRNAs 的治疗策略提供了理论依据。
研究人员开展研究时,主要运用了以下关键技术方法:首先,通过 PANDORA-Seq 技术对 PBMCs 中的小 RNA 进行测序,该技术能克服 RNA 修饰带来的障碍,检测到传统 RNA-Seq 无法获取的丰富且修饰多样的小非编码 RNA(sncRNAs)。其次,利用逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对差异表达的 tsRNAs 进行验证。此外,研究采用了细胞计数试剂盒 - 8(CCK-8)法、EdU 掺入实验、单层伤口愈合实验等细胞实验技术,研究 tRF-Gly-GCC06对巨噬细胞功能的影响。样本队列来源于武汉同济医院,涵盖了不同阶段的 ACS 患者和健康对照者。
下面介绍具体的研究结果:
- PBMCs 中小非编码 RNA 的表达谱:研究人员运用 PANDORA-Seq 技术检测了 ACS 患者和健康对照者 PBMCs 中的 sncRNAs。结果显示,不同类型的 sncRNAs 在各组中的表达存在差异,其中 rsRNAs 表达最为丰富,tsRNAs 相对稳定,miRNAs 表达水平适中。由于 rsRNAs 的序列特征复杂,不利于精准测量,因此研究重点聚焦于 tsRNAs。
- Cyto-tsRNAs 和 mt-tsRNAs 在 ACS 患者 PBMCs 中的表达模式差异:根据基因组来源,tsRNAs 可分为核编码的 cyto-tsRNA 和线粒体编码的 mt-tsRNA。研究发现,ACS 患者中 cyto-tsRNAs 和 mt-tsRNAs 的表达模式明显不同。cyto-tsRNAs 大多上调,主要来源于甘氨酸(Gly)和赖氨酸(Lys)的 tRNAs;而 mt-tsRNAs 大多下调,上调的 mt-tsRNAs 主要包含谷氨酰胺(Gln)、亮氨酸(Leu)和脯氨酸(Pro)的 tRNAs,下调的则以缬氨酸(Val)的 tRNAs 为主。
- 与 ACS 相关的 Cyto-tRNA-Gly-GCC 和 Cyto-tRNA-Lys-CTT 的特征片段:通过生物信息学分析,研究人员发现来自核编码的 tRNA-Gly-GCC 和 tRNA-Lys-CTT 的片段在 UA 和 AMI 患者中显著上调。对这些片段在 tRNA 二级结构上的分辨率特征分析表明,它们可能在动脉粥样硬化和冠心病的发生发展过程中发挥独特作用。
- tRF-Gly-GCC06与 ACS 的显著关联:对 10 种上调的 tsRNAs 进行验证后,发现 tRF-Gly-GCC06和 tRF-Lys-CTT02在 UA 和 AMI 患者中均显著上调,且 tRF-Gly-GCC06的诊断效能更佳。它与冠状动脉粥样硬化斑块负荷显著正相关,多变量逻辑回归分析显示,调整传统心血管危险因素后,tRF-Gly-GCC06仍与 ACS 风险显著相关。
- tRF-Gly-GCC06促进巨噬细胞增殖和迁移的机制:研究表明 tRF-Gly-GCC06定位于细胞核和细胞质,过表达 tRF-Gly-GCC06可促进 THP-1 巨噬细胞的增殖和迁移,调节炎症相关基因的表达。进一步研究发现,tRF-Gly-GCC06与 KHSRP 蛋白相互作用并增加其表达水平,提示 tRF-Gly-GCC06可能通过与 KHSRP 相互作用促进动脉粥样硬化的发展。
在研究结论和讨论部分,该研究全面描绘了 ACS 患者 PBMCs 中 tsRNAs 的表达谱,鉴定出 tRF-Gly-GCC06是与 ACS 相关的关键分子,它不仅可作为潜在的生物标志物,还可能成为治疗 ACS 的新靶点。然而,研究也存在一定局限性,如样本量较小,研究设计为横断面研究无法确定因果关系,tRF-Gly-GCC06在 ACS 发病机制中的精确作用机制尚不清楚,以及实验技术存在一定挑战等。尽管如此,该研究为后续深入研究 tsRNAs 在心血管疾病中的作用奠定了基础,未来需要通过多中心、纵向研究进一步评估 tRF-Gly-GCC06的诊断和预后潜力,并深入探究其作用机制,为心血管疾病的防治开辟新的道路。