9.4T 超高场亚毫米级人脑磁共振成像数据集与手动皮质分割:突破神经影像研究瓶颈

【字体: 时间:2025年04月16日 来源:Scientific Data 5.8

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  为解决现有 7T 以上超高场(UHF)磁共振成像(MRI)数据缺乏有效分析算法及高质量公开数据库的问题,研究人员开展了 UltraCortex 库相关研究。他们收集 86 例 9.4T 的人脑结构 MR 图像并对 12 例进行手动分割,为 UHF-MRI 数据分析算法开发与验证提供基础,推动神经影像研究发展。

  在神经科学研究领域,大脑一直是科学家们探索的核心奥秘。磁共振成像(Magnetic Resonance Imaging,MRI)技术的出现,为人们深入了解大脑结构和功能提供了有力工具。然而,随着研究的不断深入,现有技术的局限性逐渐凸显。目前,常见的 MRI 场强多为 3T 或 1.5T,虽然能满足一定的研究需求,但在超高分辨率成像方面却存在诸多挑战。7T 以上超高场(Ultra-High Field,UHF)MRI 虽具有更高的分辨率和信噪比,能更好地显示大脑细微结构和病变,但相关的高质量公开数据库却极为匮乏。同时,现有的数据分析算法大多是针对低场强数据设计和优化的,应用于 UHF-MRI 数据时,往往因下采样而损失其优势,导致 UHF-MRI 数据的详细信息无法充分利用。这一系列问题严重制约了神经影像研究的进一步发展,亟待解决。
为了突破这些困境,来自德国马克斯?普朗克生物控制论研究所(Max Planck Institute for Biological Cybernetics)、图宾根大学医院(University Hospital Tübingen)等机构的研究人员开展了一项重要研究。他们建立了 UltraCortex 库,旨在为 UHF-MRI 数据分析提供高质量的数据支持和验证标准,推动相关算法的开发和验证。

研究人员用到的主要关键技术方法包括:利用 9.4T 全身 MRI 扫描仪(Siemens Healthineers)采集数据,采用磁化准备快速采集梯度回波(MP-RAGE)和改良的 MP-RAGE(MP2RAGE)序列获取大脑结构像;对采集的数据进行处理,将 MP2RAGE 扫描生成的不同体积图像进行处理,去除背景噪声,转换文件格式并匿名化;挑选 12 例高质量扫描图像进行手动分割,利用 FreeSurfer 初步处理,再经专家手动校正和验证。

研究结果如下:

  • 数据采集:从 78 名健康成年志愿者中收集了 86 例 T1加权结构脑 MR 图像,志愿者年龄在 20.0 - 53.0 岁之间,涵盖不同年龄段。通过特定的 MRI 扫描仪和序列采集数据,获得了不同分辨率(0.6 - 0.8mm)的图像,其中 MP-RAGE 序列采集 18 例,MP2RAGE 序列采集 68 例。
  • 数据处理与分割:对 MP2RAGE 图像进行处理生成多种体积图像,并转换格式、匿名化。对 12 例图像进行手动分割,分割过程包括利用 FreeSurfer 初步生成替代分割结果,再经过迭代手动校正和专家审查,最终由两位神经放射科专家独立验证,确保分割的准确性和可靠性。
  • 数据记录与技术验证:数据集通过 OpenNeuro 和项目页面永久公开访问,采用符合 Brain Imaging Data Structure(BIDS)的格式存储。对图像进行技术验证,评估运动伪影、信噪比(Signal-to-Noise Ratio,SNR)、联合变异系数(Coefficient of Joint Variation,CJV)和对比度噪声比(Contrast to Noise Ratio,CNR)等指标。结果显示,平均 EFC 为 0.537 ± 0.057,平均 SNRm为 0.446 + 0.053,CNR 为 0.879 ± 0.390,CJV 为 1.683 ± 1.824。

研究结论和讨论部分指出,UltraCortex 库的建立具有重要意义。它为 UHF-MRI 数据分析算法的开发和验证提供了基础,有助于开发适用于不同场强和分辨率的新算法,同时也可用于验证和评估现有算法。此外,该数据集还可用于图像去噪、伪影去除、图像质量增强和超分辨率等研究,以及教育领域,帮助人们更好地了解大脑结构。这一研究成果发表在《Scientific Data》上,为神经影像研究领域提供了宝贵的资源和新的研究方向,有望推动该领域取得更多突破,进一步加深人们对大脑结构和功能的理解,为相关疾病的诊断和治疗提供更有力的支持。
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