日本洋葱、番茄、山药和生菜细菌性腐烂病原菌——Pseudomonas allii全基因组序列解析

来自日本农业与食品研究机构的研究人员为解决作物细菌性软腐病病原分类问题，对Pseudomonas allii四种菌株（MAFF 301514/302050/730042/730146）进行全基因组测序。通过Nanopore和Illumina双平台测序获得完整环状基因组（6.5-6.9 Mbp，GC含量60.8%-61.0%），OrthoANIu值98.9%-99.1%，dDDH值91.5%-92.8%，证实其为跨宿主病原菌，为作物病害防控提供重要分子基础。

　　科学家们揭开了四种导致日本重要农作物腐烂的细菌基因组密码。这些被命名为Pseudomonas allii的病原菌可侵染洋葱（Allium cepa）、生菜（Lactuca sativa var. capitata）、山药（Dioscorea polystachya）和番茄（Solanum lycopersicum），其完整基因组序列首次通过纳米孔（Nanopore）和Illumina双平台测序技术获得。研究团队从日本本土分离的四个菌株（MAFF 301514等）展现出惊人的基因组相似性——总长度6.58-6.90百万碱基对（Mbp），均携带5个rRNA操纵子和71-73个tRNA基因。通过Flye组装和Polypolish校正，获得完整环状基因组，经CheckM评估显示100%完整性。更令人惊讶的是，这些看似专一侵染不同作物的菌株，其基因组相似度（OrthoANIu>98.9%）和数字化DNA-DNA杂交值（dDDH>91.5%）远超物种界定阈值，证实了它们实为具有跨宿主致病能力的"全能选手"。这项发现不仅解决了长期以来的病原分类争议，更为开发广谱抗病策略提供了精准的分子靶点。测序数据已存入GenBank（登录号AP039447-AP039450），犹如打开了一扇探究病原菌宿主适应机制的新窗口。