单细胞高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA):揭示慢性阻塞性肺疾病(COPD)巨噬细胞新诊断模型与关键基因

《Inflammation Research》:Single-cell hdWGCNA reveals a novel diagnostic model and signature genes of macrophages associated with chronic obstructive pulmonary disease

【字体: 时间:2025年04月18日 来源:Inflammation Research 4.8

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  为探究慢性阻塞性肺疾病(COPD)的免疫调节机制,研究人员开展了相关研究。通过单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)等技术,鉴定出 COPD 相关巨噬细胞亚群及 11 个特征基因,构建的模型能有效区分正常与 COPD 患者,为临床诊断和治疗提供新方向。

  慢性阻塞性肺疾病(COPD)是全球呼吸系统相关死亡的主要原因。尽管其与免疫调节有关,但其潜在机制仍不明确。研究人员对单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据集的细胞进行聚类分析和细胞类型鉴定,以分离在 COPD 中特异性表达的免疫细胞亚群。利用高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)识别与免疫细胞亚群相关的枢纽基因。应用机器学习算法识别免疫细胞亚群中的诊断基因,并构建 COPD 的临床诊断模型。在批量 RNA 测序数据中,使用 AUC 曲线评估诊断模型预测 COPD 的稳定性。研究结果显示,经过两轮聚类分析,确定了在 COPD 中特异性表达的巨噬细胞亚群 1、2、7、11 和 13(COPD_Mφ)。hdWGCNA 分析从黑色、蓝色、黄色和棕色模块中揭示了一组与 COPD_Mφ 密切相关的枢纽基因。非负矩阵分解(NMF)分析将 COPD 样本分为 2 个簇,簇 1 中单核细胞谱系、髓系树突状细胞和中性粒细胞的浸润显著增加(P?
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