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等温核酸扩增技术中,Bst DNA 聚合酶引发的多聚化(MM)反应影响检测准确性。研究人员探究其机制,发现 MM 包括酶被 DNA 链包裹等关键阶段。该研究有助于开发更精准的等温扩增方法,提升 DNA/RNA 诊断可靠性。
在生命科学的微观世界里,核酸检测技术如同精准的 “探测器”,帮助人们识别病原体、疾病标志物等关键信息。等温核酸扩增技术凭借能在恒定温度下工作的优势,逐渐在病原体检测、疾病诊断等领域崭露头角。其中,环介导等温扩增(LAMP)和滚环扩增(RCA)更是备受青睐。这些技术依赖具有链置换活性(sd-activity)的 DNA 聚合酶(DNA pols),
Geobacillus stearothermophilus的 DNA pol I 大片段(Bst LF)就是常用的一种,它活性强、持续合成能力高,能让扩增反应在合适温度稳定进行。
然而,这项技术并非十全十美。研究发现,Bst LF 会引发一个令人头疼的问题 —— 多聚化(MM)反应。在没有模板和引物时,它能产生非特异性产物;有线性模板和引物时,又会让模板多聚化,产生的扩增子在电泳凝胶上呈阶梯状,都是模板核苷酸序列的串联重复。这一反应不仅和核苷酸序列环境有关,还会和特异性扩增竞争反应试剂,降低检测的特异性和灵敏度,极大地限制了等温扩增技术的应用。所以,搞清楚 MM 反应的机制迫在眉睫,只有这样才能让等温扩增技术更精准、更可靠。
为了解开 MM 反应的谜团,研究人员踏上了探索之旅。虽然文中未提及具体研究机构,但他们针对这一现象展开了深入研究。最终发现,MM 反应的机制包含几个关键阶段:首先,合成的 DNA 链借助 DNA 呼吸作用包裹住酶颗粒;接着,DNA 链的 3′- 端汇聚,形成假环触发 DNA 结构;最后,由于 DNA 滑动,合成带有重复基序的产物并不断扩增。MM 反应起始概率极低,但一旦形成少量触发 DNA 结构,就能迅速扩增,产生大量非特异性扩增子(多聚体)。这一发现意义重大,为后续改进等温扩增技术提供了关键理论依据,有望让核酸检测变得更加精准,推动 DNA/RNA 诊断技术迈向新高度。该研究成果发表在《Analytical Biochemistry》上。
在研究过程中,研究人员主要运用了以下关键技术方法:选用多种 DNA 聚合酶,如 Bst LF、Vent exo-、9°Nm/Therminator 等进行实验;利用核酸外切酶 I 处理样本;通过电泳技术分离和分析扩增产物,观察多聚化现象产生的条带特征。
结果与讨论
研究聚焦于链置换 DNA 聚合酶(sd-DNA-pols)产生非特异性扩增产物的现象,发现这可能源于酶的未知特性或其与底物的相互作用。此前已发现 Bst LF 能引发 MM 反应,是一种非特异性等温扩增反应,研究人员在此基础上进一步探究。通过实验,详细揭示了 MM 反应从 DNA 链包裹酶颗粒,到 3′- 端汇聚形成特殊结构,再到产物合成与扩增的全过程,这为理解非特异性扩增机制提供了重要线索。
结论
非特异性 DNA 合成严重降低了核酸(NA)扩增方法的准确性和可靠性,等温技术因反应温度低于聚合酶链式反应(PCR),更容易形成引物二聚体等引发非特异性扩增的二级结构。研究证实 Bst LF 聚合酶极易引发 MM 反应,而此次对 MM 反应机制的深入剖析,为开发更精准、便捷的等温核酸扩增方法奠定了坚实基础,有望在未来大幅提升核酸检测的质量,让相关诊断结果更加值得信赖,推动生命科学和医学诊断领域的发展。