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为解决依据ahpC突变推断结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）异烟肼耐药性可能出现偏差的问题，研究人员开展相关研究。结果显示，依赖ahpC c?54t 补偿突变会导致假耐药结果和治疗欠佳。该研究为修订 WHO 突变目录提供依据。
全球范围内，11%（95% 置信区间 9 - 13）的异烟肼耐药、利福平敏感结核病（Hr - TB）患者数量大约是利福平耐药结核病患者的三倍。Hr - TB 的治疗需要连续 6 个月使用左氧氟沙星。
Cepheid Xpert MTB/XDR 是世界卫生组织（WHO）推荐的唯一一种低复杂度的自动化异烟肼基因分型抗菌药敏检测（gAST）方法。它能够分析两个inhA启动子区域，这两个区域与低水平异烟肼以及乙硫异烟胺 / 丙硫异烟胺交叉耐药相关，同时还能检测katG基因的 315 密码子，这是高水平异烟肼耐药最常见的机制。通过靶向ahpC启动子区域，该检测方法的诊断灵敏度进一步提高。与inhA和katG突变不同，导致ahpC基因过表达的突变，是作为katG突变所导致的适应性缺陷的补偿机制，而非直接引起耐药（也就是说，当它们被用作katG耐药突变（315 密码子区域以外）的替代指标时，可以推断异烟肼耐药）。值得注意的是，由于分类算法的局限性，WHO 突变目录当前版本并未将任何ahpC突变认定为异烟肼耐药标记。这就产生了一个矛盾点：Xpert MTB/XDR 检测可能会因为ahpC突变将样本判定为基因耐药，但如果不存在已知的katG耐药突变，全基因组测序（WGS）则无法确认这一结果。
2023 年，匈牙利国家分枝杆菌参考实验室收到一份涂片阳性的痰样本。基于 Bruker/Hain Lifescience GenoType MTBDRplus VER 2.0 检测，该样本对利福平、异烟肼和乙硫异烟胺 / 丙硫异烟胺在基因层面敏感，因为这个检测方法不会检测ahpC基因。对分离菌株进行表型检测发现，其对包括异烟肼在内的所有一线和二线药物均敏感。
随后，同一患者的支气管吸出物样本，经 Cepheid Xpert MTB/RIF Ultra 检测对利福平敏感。然而，Xpert MTB/XDR 却将该样本判定为单异烟肼耐药，原因是存在ahpC突变。但后续使用 BD MGIT 系统检测发现，该样本在表型上对异烟肼、利福平、乙胺丁醇和链霉素均敏感。面对这一检测结果的不一致，医生根据 Xpert MTB/XDR 的检测结果，停用了异烟肼，并且未按照 WHO 指南使用左氧氟沙星替代，而是采用了仅包含利福平、乙胺丁醇和吡嗪酰胺的治疗方案。患者在匈牙利接受 2 个月治疗后，回国继续接受后续治疗。
对最初培养物进行的 Xpert MTB/XDR 检测再次证实了基因层面的单异烟肼耐药。WGS 分析显示，该分离菌株（欧洲核苷酸档案库登录号：ERR13111154）属于第 4.1.2.1 分支，是全球广泛传播的哈勒姆基因型的一个亚群，并且在ahpC起始密码子上游存在 c?54t 突变。这个突变位于转录起始位点上游 12 个核苷酸处，刚好在 Xpert MTB/XDR 检测的ahpC区域内，因此检测正确报告该样本存在突变。由于 WHO 突变目录的上述局限性，这个突变的意义被判定为不确定，这也是 WHO 推荐的 GenoScreen Deeplex Myc - TB 靶向下一代测序 gAST 检测给出的解读。不过，多个实验室的大量实验证据表明，这个突变会导致ahpC基因过表达，理论上应该是推断异烟肼耐药的一个有效替代指标。
对 ERR13111154 以及其他 11953 个第 4.1.2.1 分支基因组进行分析后发现，有 11 个基因组（0.09%）仅在ahpC启动子区域存在 c?54t 突变。其中，4 个还存在katG基因的 Ser315Thr 突变，6 个携带其他katG耐药突变。只有 ERR13111154 在katG基因及其上游区域没有突变。这使得在第 4.1.2.1 分支中，ahpC c?54t 突变对基因层面异烟肼耐药的阳性预测值为 91%（95% 置信区间 59 - 100）。这与 WHO 基于更全面的跨分支分析所报告的，ahpC c?54t 突变对表型异烟肼耐药 93%（95% 置信区间 82 - 100）的阳性预测值相符，表明ahpC c?54t 突变通常是推断异烟肼耐药的良好替代指标。
为解释 ERR13111154 检测结果不一致的现象，研究人员探讨了两种假设。第一种假设是，ahpC基因的功能缺失突变可能会抵消启动子突变的影响，就像 WHO 已经认识到的，如果eis基因失活，其启动子突变就无法赋予阿米卡星耐药性一样。但研究并未发现这种基因上位效应的证据。第二种假设是，ERR13111154 的祖先可能曾经因为katG突变而对异烟肼耐药，在获得ahpC补偿突变后，由于相关的适应性代价又恢复为敏感表型（即katG基因序列恢复为野生型，但保留了ahpC突变）。然而，系统发育分析并未发现支持这一假设的证据。
总之，依赖诸如ahpC突变这样的补偿机制，而非真正的耐药突变，在极少数情况下可能会导致系统性的假耐药结果，并做出欠佳的治疗决策。这一问题与至少 11 种其他已获批用于诊断且会检测ahpC基因的商业 gAST 检测方法，以及全球常规的 WGS 诊断服务都相关。这些研究结果凸显了在 WHO 突变目录的下一版中，需要基于证据对ahpC相关内容进行修订，同时也需要更全面地明确如何解决不一致的药敏检测结果。
