探秘 RNA 配体结合口袋：解锁小分子调控转录组的新钥匙

RNA 作为基因表达的关键调节因子，其与小分子配体的相互作用研究面临挑战。研究人员开发了计算策略 fpocketR 和实验方法 Frag-MaP，检测 RNA 三级结构中小分子配体结合位点，明确可被小分子靶向的 RNA 结构类别，助力理解 RNA 配体组。

　　RNA 是基因表达的关键调控者，其功能常由复杂的二级和三级结构介导。RNA 的结构化区域可通过明确的配体结合口袋，与小分子发生选择性相互作用，进而调节 RNA 的调控功能。然而，由于难以识别能结合具有良好理化性质（常称为类药）配体的紧密 RNA 基序，通过 RNA - 配体相互作用有意调节生物学功能的巨大潜力尚未实现。

在此，研究人员设计了 fpocketR，这是一种计算策略，能够准确检测 RNA 结构中可结合类药配体的口袋。值得注意的是，此前仅有约 50 个此类口袋被可视化。研究人员利用本文介绍的基于片段的方法 Frag - MaP，在细胞中检测配体结合位点，对 fpocketR 检测到的新口袋的可配体性进行了实验验证。

对 fpocketR 检测并经 Frag - MaP 验证的口袋进行分析，揭示了数十个能够结合类药配体的位点，支持了一种关于能结合优质配体的 RNA 二级结构基序的模型，并为理解 RNA 配体组（RNA ligand - ome）构建了广泛的框架。