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发热伴血小板减少综合征(SFTS)病原体大别山病毒(DBV)分型标准不一。研究人员重新聚类分析其 S 片段序列,确定 7 个分支(DS1 - DS7),开发在线分型工具。这为 DBV 研究提供标准化框架,有助于理解其流行病学与疾病预后。
发热伴血小板减少综合征(Severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS),一听这名字就让人不寒而栗。它是一种致命的传染病,平均病死率在 20 - 30%,发病率还在不断上升,给亚洲和东南亚国家带来了沉重的负担。罪魁祸首就是大别山病毒(Bandavirus dabieense,DBV),它是一种球形、包膜、分段的负链 RNA 病毒,通过蜱虫传播。
目前,DBV 的基因分型存在诸多乱象。不同的研究在进行基因分型时,使用的病毒序列不同,选取的病毒片段、长度和数量有差异,聚类方法也各不相同,更没有统一的命名规则。这就导致研究结果五花八门,严重限制了基因分型数据在临床中的应用。比如,同一个病毒株在不同的分型策略下可能有不同的基因型,甚至有些病毒株无法被准确分型。为了解决这些问题,来自国内的研究人员开展了深入的研究,相关成果发表在《Acta Tropica》。
研究人员首先进行了全面的文献检索,从 PubMed、Web of Science、Medline 和 Cochrane 数据库中筛选出 16 篇符合要求的文章,并从 GenBank 数据库获取 738 条 DBV S 片段全长序列。随后,运用多种软件和模型进行分析。利用 ClustalW2 进行多序列比对,MEGA - X 修剪冗余位点、构建最大似然(ML)系统发育树,Hierbaps2 软件进行聚类,还通过 HyPhy 包中的方法计算选择压力,使用 BEAST 软件估计病毒进化速率和最近共同祖先时间等。
在研究结果部分,文献检索方面,经过层层筛选,最终确定 16 篇文章用于后续分析,获得 738 条高质量 S 片段序列,其中约 74% 来自中国。在已发表的分型策略总结中,发现常用的 C - J、A - E/A - F 和 I. - X. 分型策略存在诸多问题,很多序列在不同策略下分型混乱。系统发育再分析和 DS1 - 7 遗传特征研究表明,重新分析后确定了 7 个分支(DS1 - DS7)和 22 个子分支,不同国家和地区优势基因型不同,如日本和韩国主要是 DS3、DS5、DS7,中国则是 DS1、DS2、DS4、DS6。同时,研究还分析了各分支的遗传距离、选择压力、进化速率等,发现 DBV 在进化过程中受到纯化选择。在明确 DS 基因型与已发表分型策略的联系上,通过对比发现不同分型策略间存在一定的对应关系,并用桑基图清晰展示。最后,开发的基因分型在线工具经 61 个临床样本验证,与系统发育聚类分析结果 100% 一致,准确性极高。
研究结论和讨论部分意义重大。研究人员建立的 DS 基因分型策略,是目前涉及 DBV 毒株数量最多、最全面的分型策略,它与以往策略建立了联系,减少了分类混乱。通过分析不同国家和地区的基因型分布,发现病毒存在跨区域传播现象,且基因型分布可能与地区生态环境、宿主动物分布、病毒传播模式等因素相关。此外,不同基因型和同一基因型内不同毒株存在遗传差异,进化选择压力影响着 DBV 的进化。而开发的在线工具,不仅能助力科研人员深入研究,还能帮助公共卫生决策者优化疫情监测和控制策略,医生也能依据分型结果为患者制定更精准的治疗方案,对公共卫生政策和临床实践都有着深远的影响。