深度解析乳腺癌氧化应激相关基因特征：批量与单细胞 RNA 测序联合揭示关键预后因子与免疫关联

氧化应激影响乳腺癌的进展与耐药。研究人员通过分析 UCSC Xena 和 GEO 数据库数据，开展乳腺癌氧化应激相关基因（OSRGs）的研究。他们识别出 3 个 OSRG 亚组，构建 OSRS 模型，发现 TFAP2B 是关键调控因子，该研究有助于评估患者预后和免疫状态。

　　氧化应激（Oxidative stress）会对肿瘤微环境产生影响，进而推动乳腺癌的发展并导致耐药性的产生。本研究旨在基于氧化应激相关基因（Oxidative Stress - Related Genes，OSRGs）开发一种预后基因特征，以此评估患者的预后情况和免疫状态。研究人员从 UCSC Xena（http://xena.ucsc.edu/）和 GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）数据库获取 RNA 测序（RNA - seq）数据以及相应的临床信息。利用一致性聚类（consensus cluster）对 OSRGs 进行亚型分类，结合套索回归（Lasso regression）和多变量 Cox 回归建立氧化应激相关评分（Oxidative Stress Related Scoring，OSRS）模型。借助 R 语言的 “maftools” 包分析肿瘤突变负荷（Tumor Mutation Burden，TMB）和体细胞突变。使用 Python 的 “pySCENIC” 包构建并分析转录因子网络。此外，运用 R 语言的 “CIBERSORT” 和 “ESTIMATE” 包对免疫浸润情况进行分析。研究识别出 3 个 OSRG 亚组，它们之间的差异表达基因（Differentially Expressed Genes，DEGs）在体液免疫、细胞因子通讯和药物代谢通路中显著富集。基于这些 DEGs 建立的 OSRS 模型，揭示了其与患者总生存期、体细胞突变、免疫状态以及耐药性之间的关联。最后，转录因子 TFAP2B 被确定为高 OSRS 细胞中的关键调控因子，并且与基底样乳腺癌患者的不良预后相关。