《Nature Communications》:

【字体: 时间:2025年04月27日 来源:Nature Communications

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  临床病原体诊断面临挑战,如 qPCR 敏感性低、血培养耗时久。研究人员开展基于 CRISPR-CasΦ 的无靶点扩增旁切增强(TCC)技术研究。结果显示 TCC 检测限达 0.11 copies/μL,能快速检测血清病原体。该技术有望革新临床诊断1211。

在医疗领域,准确、快速地检测临床病原体至关重要。据统计,2019 年全球约 1370 万人的死亡与病原体感染相关,其中 54.9% 由五种主要细菌病原体引起,血流感染(BSI)更是常见,每年病例超千万 。然而,当前临床细菌病原体诊断的金标准 —— 定量聚合酶链反应(qPCR)和培养方法,存在诸多弊端。qPCR 对超低病原体水平样本检测困难,灵敏度通常为0.1×104?105copies/mL,在检测低浓度病原体时易出现假阴性;血培养方法则依赖冗长的培养过程,耗时长达一周,且阳性率相对较低。此外,现有的 POC 诊断工具也难以满足临床对快速、精准、高效分析的需求。因此,开发一种高灵敏度、快速、高效的集成即时检测(POC)诊断方法迫在眉睫。

海南大学等机构的研究人员开展了相关研究,旨在解决临床病原体检测难题。他们开发了一种基于 CRISPR-CasΦ 的无靶点扩增旁切增强(TCC)技术。研究结果显示,TCC 技术检测限低至 0.11 copies/μL,在检测目标病原体基因时,灵敏度优于 qPCR。该技术能在 40 分钟内检测出血清中低至 1.2 CFU/mL 的病原菌,且具有良好的稳定性和重复性。这一成果发表在《Nature Communications》上,为临床病原体检测提供了新的有力手段,有望显著改善患者的诊断和治疗现状11112。


在研究方法上,研究人员主要采用了以下关键技术:一是优化反应体系,对 CasΦ 蛋白进行表达和纯化,并通过实验筛选出最佳的反应条件和核酸序列;二是构建 TCC 反应体系,利用设计的 TCC 放大器增强 CasΦ 的非特异性旁切活性;三是对临床样本进行处理和检测,包括对血清样本的处理、病原体的热裂解以及采用 qPCR、MALDI-TOF MS 等方法进行对比检测141516。


研究结果部分:


  • TCC 工作原理:TCC 通过定制的 DNA 信号放大器实现一锅法等温无扩增 POC 诊断。目标病原体裂解后释放的 DNA 与 gRNA 和 CasΦ 结合,激活 CasΦ 的旁切活性,切割 TCC 放大器,产生的切割产物又能激活更多 CasΦ,从而实现荧光信号的指数级放大34。

  • 超灵敏检测:TCC 能检测低至 0.18 aM 的双链 DNA(dsDNA)片段,对金黄色葡萄球菌(S. aureus)等病原体的检测限为 1.2 CFU/mL,且具有良好的单碱基识别能力,可有效区分单核苷酸多态性(SNPs)56。

  • 直接检测病原体基因组:以培养的 S. aureus 为模拟样本,TCC 能在 40 分钟内完成病原体诊断,且对多种病原体具有广泛适用性,可通过设计特定的 gRNA 检测不同病原体78。

  • 血清病原体感染的潜在 POC 诊断:TCC 在诊断血清样本中的病原体时表现出色,对大肠杆菌(E. coli)感染的诊断灵敏度达 100%,特异性为 88.64%,优于 qPCR。研究人员还开发了小型化荧光检测设备(TCC Device),验证了其在 POC 诊断中的可行性910。


研究结论和讨论部分:TCC 技术为血清中病原体检测提供了一种简化、快速且经济高效的诊断方法。与传统方法相比,TCC 具有更高的灵敏度和更快的检测速度,能有效诊断 BSI 样本中的低病原体浓度。同时,TCC 设备的开发展示了其在 POC 诊断中的临床潜力,具有广泛应用前景。然而,TCC 也存在一定局限性,如仅依赖单个 gRNA 识别病原体基因组可能受限,未来可通过改进引物或 gRNA 设计等方式,进一步拓展其在大规模病原体样本诊断中的应用111213。


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