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甲型流感病毒（IAV）危害大且难以防控。为探究其与宿主蛋白相互作用，研究人员通过 3 阶段计算流程和细胞实验，发现 5 种 C3H 锌指蛋白能与 IAV 的 NS1 蛋白结合，其中 RC3H1 可抑制 PR8 IAV 在 H1299 细胞中的复制，为防控 IAV 提供新思路。
在病毒的世界里，甲型流感病毒（Influenza A virus，IAV）就像一个狡猾的 “侵略者”，频繁引发季节性流行甚至全球性大流行，给人类健康带来极大威胁。IAV 基因组易突变，还能在不同物种间传播，现有手段很难将其根除。而且，病毒会通过表达多种蛋白，劫持宿主细胞的 “内部机制”，完成自身的生命周期。其中，非结构蛋白 1（NS1）在这个过程中扮演着重要角色，它就像病毒的 “帮凶”，能抑制宿主的免疫反应，促进病毒的复制和传播。然而，科学家们对 IAV 与宿主蛋白之间的相互作用机制还未完全明晰，这就好比在与病毒的战斗中，我们还没摸清敌人的全部战术。为了更好地了解这场 “病毒与宿主的战争”，来自新加坡国立大学（National University of Singapore）、南洋理工大学（Nanyang Technological University）等机构的研究人员开展了一项研究，相关成果发表在《Virology Journal》上。
研究人员运用了多种技术方法来揭开这场 “战争” 的秘密。在计算预测方面，他们采用了三阶段的计算流程，通过结构折叠进行结构域分配、运用结构域相互作用统计势（DISPOT）预测结构域 - 结构域相互作用，再利用人类 - 病毒蛋白 - 蛋白相互作用网络服务器（HVPPI）对预测结果进行优化。在细胞实验方面，他们进行了共免疫沉淀（co - IP）实验，验证蛋白之间的相互作用；通过免疫荧光实验观察蛋白的定位；还利用 RNA 干扰（RNAi）技术，研究特定蛋白对病毒复制的影响。
研究人员首先通过三阶段计算流程，预测出 21 种含有 C3H 锌指（C3H - ZF）结构域的人类蛋白可能是 NS1 的结合蛋白。为了验证这一预测，他们挑选了得分最高的 7 种蛋白进行共免疫沉淀实验。结果发现，其中 5 种蛋白（包括已知的 NS1 结合蛋白 CPSF30 以及新发现的 MKRN1、RC3H1、ZC3H8 和 ZC3H18）确实能与 NS1 结合，这表明该计算流程具有较高的准确性，但也存在一些误判的情况。
接着，研究人员对新发现的 NS1 结合蛋白的定位进行了研究。通过免疫荧光和亚细胞分级实验，他们发现 RC3H1 和 MKRN1 在细胞核和细胞质中都有分布，而且 IAV 感染会使 RC3H1 向细胞核的转运增加，但对 MKRN1 的定位没有明显影响。这暗示着 RC3H1 和 MKRN1 可能通过不同的机制与 NS1 相互作用，影响病毒的复制过程。
最后，研究人员聚焦于 RC3H1，深入探究它在病毒复制中的作用。他们利用 RNAi 技术敲低 H1299 细胞中的 RC3H1 表达，然后用 PR8 病毒感染细胞。结果显示，敲低 RC3H1 后，病毒的产量显著增加，这说明 RC3H1 是一种抗病毒宿主因子，能够抑制 IAV 的复制。
在讨论部分，研究人员指出，虽然他们的计算流程能够快速预测病毒 - 宿主相互作用，但仍存在一些假阳性结果，未来需要进一步优化算法，比如引入对接算法等，提高预测的准确性。对于新发现的 NS1 结合蛋白，它们与 NS1 的作用机制还需要更深入的研究。特别是 RC3H1，虽然确定了它具有抗病毒作用，但它与 NS1 的结合强度较弱，而且可能存在其他补偿机制，如 RC3H1 的同源蛋白 RC3H2 可能也参与了对 IAV 复制的调控。未来需要进一步研究 RC3H1 与不同 IAV 毒株的 NS1 蛋白的相互作用，以及其抗病毒活性在不同毒株中的保守性。
总的来说，这项研究意义重大。它不仅发现了多个与 IAV 的 NS1 蛋白相互作用的宿主蛋白，为理解 IAV 的致病机制提供了新的视角，还确定了 RC3H1 作为抗病毒宿主因子的作用，为开发新型抗流感病毒药物和治疗策略提供了潜在的靶点。在这场与甲型流感病毒的 “持久战” 中，研究人员的发现为我们提供了新的 “武器” 和 “战术”，让我们离战胜病毒又近了一步。
