靶向可进化性蛋白 Mfd 的抗毒力药物:对抗耐药菌感染的新希望

【字体: 时间:2025年04月29日 来源:Nature Communications 14.7

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  抗生素耐药性日益严重,新抗生素发现减少。研究人员针对这一问题,开展了靶向突变频率下降(Mfd)蛋白的研究。结果发现 NM102 可抑制 Mfd,对抗耐药菌感染且无宿主毒性。这为开发抗耐药菌药物提供了新思路。

  在医疗领域,抗生素曾是对抗细菌感染的有力武器,但如今却面临着严峻挑战。随着时间推移,细菌对抗生素的耐药性不断增强,越来越多的细菌进化出抵抗多种甚至广泛抗生素的能力,这使得传统抗生素在治疗感染性疾病时逐渐失去效果。据估算,每年至少有 70 万人死于耐药菌感染,如果这种情况持续下去,到 2050 年,这个数字可能会飙升至 1000 万,成为全球主要的死亡原因之一。尤其是由 ESKAPE 病原体(包括粪肠球菌Enterococcus faecium、金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus、肺炎克雷伯菌Klebsiella pneumoniae、鲍曼不动杆菌Acinetobacter baumannii、铜绿假单胞菌Pseudomonas aeruginosa和肠杆菌属Enterobacter spp.)引起的感染,常常让医生们陷入治疗困境,这些细菌已被世界卫生组织列为急需新治疗方法的重点细菌。
在这样的背景下,法国巴黎 - 萨克雷大学(Université Paris - Saclay)等研究机构的研究人员开展了一项重要研究。他们将目光聚焦在一种名为突变频率下降(Mutation Frequency Decline,Mfd)的蛋白上,试图寻找能够抑制该蛋白的药物,以此来对抗耐药菌感染。研究结果令人振奋,他们发现了一种名为 NM102 的分子,该分子展现出了独特的抗菌活性。这一研究成果发表在《Nature Communications》上,为解决抗生素耐药性问题带来了新的希望。

为开展这项研究,研究人员运用了多种关键技术方法。首先是基于结构的计算机高通量筛选技术,通过对 480 万种化合物进行虚拟筛选,寻找能够与 Mfd 蛋白的 ATP 结合位点结合的分子。其次,使用了等温滴定量热法(ITC)来测量 NM102 与 Mfd 蛋白的结合亲和力。此外,还进行了体内实验,利用昆虫和小鼠感染模型,评估 NM102 的抗菌效果。

下面来看具体的研究结果:

  • 靶向 Mfd 的有效分子筛选:研究人员通过合理的、基于结构的高通量计算机筛选,从 480 万种化合物中筛选出 95 种分子,其中 NM102 对 Mfd 蛋白的 ATP 酶活性抑制率最高,达到 85%。进一步研究发现,NM102 是一种与 ATP 化学结构相似的小分子,它通过与 ATP 竞争性结合 Mfd 蛋白的 ATP 结合位点,抑制 Mfd 的活性,其IC50为 29 ± 0.1 μM,Ki为 27 ± 1.9 μM。
  • NM102 与 Mfd 的结合特性:ITC 实验表明,NM102 与 Mfd 蛋白具有特异性结合能力,二者以 1:1 的比例结合,Kd为 83 ± 9 μM。同时,NM102 对 Mfd 蛋白的 ATP 酶活性具有高度选择性,对其他多种真核生物的 ATP 酶蛋白活性没有影响,这表明 NM102 能够特异性地抑制 Mfd 蛋白。
  • NM102 对不同细菌 Mfd 的作用:通过对 ESKAPE 病原体中 Mfd 蛋白的多序列比对和同源建模,研究人员发现 NM102 能够与这些细菌的 Mfd 蛋白结合,且结合亲和力比 ATP 更高。这表明 NM102 可能对多种耐药菌都具有抑制作用。
  • NM102 的抗菌活性:在一氧化氮(NO)应激条件下,NM102 对肺炎克雷伯菌、大肠杆菌和铜绿假单胞菌等革兰氏阴性病原菌具有抗菌活性。在昆虫和小鼠感染模型中,NM102 能够有效降低细菌载量,抑制感染,且对宿主没有毒性,也不会破坏微生物群。
  • NM102 对细菌进化能力的影响:研究发现,Mfd 蛋白在促进细菌对抗生素的耐药性方面起着关键作用,而 NM102 能够抑制 Mfd 蛋白的突变和进化功能,降低细菌对传统抗生素产生耐药性的能力。

研究结论和讨论部分指出,NM102 作为一种新型抗毒力药物,具有巨大的应用潜力。它不仅可以单独使用,增强宿主免疫系统的功能,还可以与其他抗生素联合使用,提高现有抗生素的疗效,减少耐药性的产生。此外,由于 Mfd 蛋白在细菌中广泛存在,且在宿主免疫反应和细菌进化过程中发挥重要作用,靶向 Mfd 蛋白的药物有望成为对抗耐药菌感染的重要策略。不过,研究人员也指出,虽然 NM102 在治疗耐药菌感染方面展现出了良好的前景,但仍需要进一步研究其长期使用的效果和潜在的耐药性问题。同时,在肠道感染等特定情况下,NM102 对肠道微生物群的影响也需要更多的研究。总体而言,这项研究为开发新型抗生素提供了重要的理论基础和实践依据,为解决抗生素耐药性这一全球性健康危机带来了新的曙光。

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