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为深入探究 Kurthia 属细菌的生理作用，研究人员开展了对鸡肠库特菌（K. intestinigallinarum）全基因组的研究。从鹿口腔分离出该菌并测序，得到完整基因组序列，这为研究宿主 - 微生物相互作用及细菌生理功能提供了重要依据。
鸡肠库特菌（Kurthia intestinigallinarum）是从鹿口腔中分离出来的。在本研究中，科研人员报告了鸡肠库特菌的完整基因组序列，这是该物种的首个完整基因组报告。
Kurthia 属是一类需氧的革兰氏阳性菌，能从土壤、肉类和粪便中分离得到。部分 Kurthia 属物种与肉类腐败有关，还可能具有致病潜力，但它们的生理作用在很大程度上尚未被探索。此前已报道过鸡肠库特菌的草图基因组（DDBJ/GenBank 组装编号：GCA_019114605.1） ，该细菌最初是从鸡肠道分离得到的。
研究人员从日本鹿（Cervus nippon）的口腔中采集细菌样本。用无菌接种环擦拭鹿的口腔前庭，然后将样本涂抹在 TGY（胰蛋白胨葡萄糖酵母提取物）琼脂平板上。平板在室温（25℃）下培养 2 天，待菌落形成后，置于 4℃保存。
将保存的细胞接种到 5mL TGY 培养基（0.5% 胰蛋白胨、0.1% 葡萄糖、0.5% 酵母提取物和 0.1% KH2PO4）中，在 30℃下培养过夜。取 1mL 培养液离心收集菌体，使用 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒（Promega）提取基因组 DNA。对于长读长测序，用 Native Barcoding Kit（SQK - NBD114.24，牛津纳米孔技术公司）制备文库，并在配备 Flow Cell（R10.4.1，FLO - MIN114）的 MinION Mk1B 测序仪上进行测序。使用 Dorado 软件（v0.7.2，牛津纳米孔技术公司）以超高精度（SUP）模式进行碱基识别和接头修剪。对于短读长测序，用 Nextera XT 试剂盒（Illumina）制备用于 Illumina 双端测序（2×300bp）的样本文库。利用 Illumina MiSeq 测序仪和 MiSeq Reagent Kit v3 600 循环对样本进行测序。MinION 测序产生了 145353 条读长，平均长度为 7515.6bp，N50 为 16855bp。MiSeq 测序产生了 1688664 对短读长，平均长度为 247bp。研究人员使用 Unicycler（ver. 0.5.1） 、SPAdes（ver. 4.0.0）和 Racon（ver. 1.3.3）对长短读长进行混合从头组装，基因组覆盖度达到 390×。除特殊说明外，均使用默认参数。
使用 DDBJ 快速注释和提交工具（DFAST）和类型（菌株）基因组服务器（TYGS）进行注释。组装得到的基因组 GC 含量较低（39.0%），总长度为 3855051bp，分布在 7 条序列上，包含 3774 个编码区域。Unicycler 软件确认了基因组的环状结构。DFAST 鉴定该菌株为鸡肠库特菌（基因组分类数据库登录号：
GCA_019114605.1），平均核苷酸同一性（ANI）为 98.79%。TYGS 分析也证实了这一鉴定结果，数字 DNA - DNA 杂交（dDDH，d4）值为 89.8%。
根据之前的标准，分离菌株的 DNA 可分为 1 条染色体、3 条大质粒和 3 条质粒 。BUSCO 分析（数据库：bacteria_obd10）表明只有染色体包含核心基因，且完整性为 100%。
鸡肠库特菌作为天然的多质粒携带细菌具有重要研究价值。携带某些质粒可能有助于宿主适应特定环境。此外，该菌存在于口腔和肠道环境中，其基因组序列有助于研究宿主 - 微生物相互作用，为分析其生理功能提供了有力支持。
