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这篇综述聚焦急性髓系白血病(AML),深入探讨环状 RNA(circRNAs)在其中的作用。详细阐述了 circRNAs 的生成、降解、调控机制,分析其在 AML 细胞增殖、凋亡等过程中的功能,还讨论了相关临床应用前景,为 AML 研究提供了全面参考。
环状 RNA 的生成与降解
环状 RNA(circRNAs)是一类特殊的单链 RNA,具有共价闭合环状结构,无 5’帽子和 3’多聚腺苷酸尾巴。它主要通过非经典的可变剪接,即反向剪接产生,由下游 5’剪接位点与上游 3’剪接位点连接形成。circRNAs 根据起源可分为外显子 circRNAs(ecircRNAs)、外显子 - 内含子 circRNAs(EIciRNAs)、内含子 circRNAs(ciRNAs)和基因间 circRNAs 等多种类型 。其中,ecircRNAs 最为常见,主要位于细胞质;EIciRNAs 则保留内含子序列,多存在于细胞核 。
相较于线性 RNA,circRNAs 稳定性更高,这得益于其环状结构可抵抗核酸外切酶的降解。不过,circRNAs 的降解机制目前尚未完全明确,现有研究提出了几种可能的途径,如可被 GW182(P 体和 RNAi 机器的关键成分)、经聚(I:C)处理或病毒感染后的细胞中的 RNase L 降解 ,还可能通过与 miRNA 以 Ago2 依赖的方式相互作用而降解 。此外,m6A 修饰的 circRNAs 可通过 YTHDF2(m6A 读取蛋白)-HRSP12(衔接蛋白)-RNase P/MRP(内切核糖核酸酶)途径进行内切核糖核酸裂解 ,高度结构化的 circRNAs 能被 G3BP1 及其相关蛋白 UPF1 降解 。
环状 RNA 的潜在调控机制
- 作为 miRNA 海绵:circRNAs 可作为 miRNA 海绵,结合 miRNA,阻止其对靶基因的沉默作用,进而调控基因表达。不过,circRNA 作为 miRNA 海绵的生物学功能需谨慎验证,其发挥作用的关键参数包括每个 circRNA 分子上 miRNA 反应元件(MREs)的数量、circRNAs 与 miRNAs 的化学计量比以及 miRNA 靶向基因的表达水平,且海绵活性依赖于 circRNAs 与靶 miRNAs 在细胞质中的共定位。
- 与 DNA 相互作用:circRNAs 能与 DNA 形成 circRNA:DNA 杂交体(circR 环),影响恶性肿瘤表型。例如,circMLL (9,10) 在急性髓系白血病(AML)中可诱导蛋白酶体抑制、引发 DNA 断裂和促进染色体易位,驱动 AML 的发生发展 ;circSMARCA5 在乳腺癌中可形成 circR 环,影响基因转录和 DNA 损伤修复能力。
- 与蛋白质相互作用
- 调节 RNA 结合蛋白(RBP)的功能:circRNAs 可与 RBP 相互作用,调节基因表达。如 circMYBL2 能促进 PTBP1 与 FLT3 mRNA 结合,增强 FLT3 激酶的翻译效率,促进 FLT3-ITD 阳性 AML 细胞的增殖并抑制其分化 。
- 招募转录激活因子:circRNAs 可招募特定的激活复合物到靶基因启动子区域,调控下游致癌通路。如在肝癌中,circRNA cia-MAF 可招募组蛋白乙酰转移酶复合物(TIP60)到 MAFF 启动子,维持肝肿瘤起始细胞的自我更新 。
- 作为蛋白质支架:circRNAs 可作为分子支架,促进蛋白质复合物的组装,发挥调节酶活性、稳定蛋白质复合物和协调蛋白质 - 蛋白质相互作用的功能。如 circACC1 可与 AMPK 的 β/γ 亚基形成三元复合物,增强 AMPK 全酶的稳定性和催化活性 。
- 与特定蛋白质相互作用:circRNAs 与特定蛋白质结合后,可改变蛋白质的常规生物学功能或影响下游生物学过程。如核 circPDIA4 可与 RNA 解旋酶 DHX9 竞争性结合,加速胃癌进展 。
- 翻译蛋白质或多肽:部分 circRNAs 具有蛋白质编码潜力,存在 m6A 依赖和 IRES 介导的两种翻译机制。如 circZKSCAN1 可编码一个 206 个氨基酸的多肽,抑制肝癌中的 PI3K/AKT/mTOR 通路 。
急性髓系白血病中的环状 RNA 表达谱
通过 RNA 测序和微阵列技术,研究发现 AML 患者中 circRNAs 广泛失调。差异表达的 circRNAs 参与细胞增殖、迁移、对药物的反应等生物学过程,主要涉及 ErbB 信号通路、EGFR 酪氨酸激酶抑制剂耐药和 mTOR 信号通路等 。AML 相关 circRNAs 主要来源于外显子,在染色体 1、2、6 和 16 上高频分布,在染色体 13 和 21 及线粒体 DNA 上分布较少 。基因变异会影响 circRNA 的表达谱,如 NPM1 突变和剪接因子突变的 AML 患者中,存在特定的差异表达 circRNAs 。此外,m6A 修饰的 circRNAs 在 AML 中也有差异表达,参与 AML 的肿瘤发生 。
环状 RNA 研究的在线数据库和工具
为助力 circRNA 研究,开发了多种专门的数据库和分析工具。如 GEO、circRNADisease v2.0 等数据库,可帮助用户浏览、搜索和下载 circRNA 相关信息 。CIRI、CIRCexplorer2 等工具用于在大规模 RNA 测序数据中识别 circRNAs 。还有一些数据库可预测 circRNAs 的蛋白质编码潜力、与 miRNA 或 RBP 的相互作用等。不过,数据库预测结果需实验验证,且目前 circRNAs 缺乏标准化命名,临床数据库也有待完善。
环状 RNA 在急性髓系白血病中的作用
- 影响 AML 细胞增殖和凋亡:部分 circRNAs 如 hsa_circ_0079480、f-circPR 等促进 AML 细胞增殖并抑制凋亡;而 hsa_circ_0121582、hsa_circ_0001947 等则发挥相反作用。其作用机制主要通过 circRNA - miRNA - mRNA 网络,少数通过与蛋白质结合实现。
- 调控细胞周期:circRNAs 参与调节 AML 细胞的细胞周期,可导致细胞周期加速或阻滞。如 circ_POLA2 沉默可使 CDK4 和 CDK6 下调,导致 AML 细胞 G1/G0 期阻滞 。
- 调节细胞分化:circRNAs 参与 AML 细胞的分化调节,如 circMYBL2、circSPI1 等抑制分化,而 circ_0001187 和 circ-HIPK2 则促进分化。
- 调控侵袭、迁移和髓外浸润:circRNAs 在 AML 细胞的侵袭、迁移和髓外浸润中起关键调节作用,多数通过海绵吸附 miRNA 干扰相关调节因子发挥作用。
- 调节铁死亡:在 AML 中,circZBTB46 可保护细胞免受铁死亡,促进细胞增殖;circKDM4C 则促进铁死亡,但相关研究较少。
- 调节自噬:自噬在肿瘤中具有双重作用,circPAN3 可通过激活自噬和 AMPK/mTOR 信号通路,促进 AML 对阿霉素的耐药性;hsa_circ_0035381 则可调节自噬水平影响 AML 细胞增殖 。
- 影响白血病干细胞干性:hsa_circ_0003420 在非 M3 AML 干细胞中表达较低,过表达可损害白血病干细胞干性,但相关研究尚少。
- 调节耐药性:circRNAs 参与 AML 的耐药调节,如 circPAN3、circNPM1 等通过不同机制影响 AML 细胞对药物的敏感性。
- 外泌体 circRNAs 和 AML 微环境:外泌体 circRNAs 在 AML 细胞与微环境的相互作用中起重要作用,如外泌体 circ_001264 可激活 p38-STAT3 信号,诱导 M2 巨噬细胞极化,上调 PD-L1 表达,但部分外泌体 circRNAs 的功能仍待探索。
环状 RNA 在急性髓系白血病中的临床应用
- 与临床病理特征的相关性:circRNA 表达水平与 AML 患者的年龄、性别、FAB 分型、骨髓或外周血中原始细胞百分比、基因突变等临床病理特征密切相关。
- 作为诊断生物标志物:多种 circRNAs 在 AML 诊断中具有价值,如 circPLXNB2、hsa_circ_0004277 等,可通过骨髓、外周血或血清外泌体检测,但外泌体 circRNAs 在 AML 诊断中的研究相对较少。
- 作为预后生物标志物:circ-ANXA2、circ_0012152 等 circRNAs 可用于评估 AML 患者的预后,对判断患者生存情况和复发风险有重要意义。
- 作为治疗靶点或药物:由于 circRNAs 在 AML 中的重要作用,干扰其表达可能是治疗 AML 的有效策略。对于上调的 circRNAs,可采用 RNA 干扰(RNAi)、反义寡核苷酸(ASO)、CRISPR/Cas 等技术进行敲低;对于下调的 circRNAs,可通过克隆到病毒载体实现过表达 。此外,circRNA 疫苗也展现出治疗 AML 的潜力。
总结与展望
AML 是一种复杂的血液系统恶性肿瘤,目前治疗效果不佳。circRNAs 作为新兴的分子调节剂,在 AML 的发生发展中起重要作用,具有作为诊断、预后生物标志物和治疗靶点的潜力。然而,circRNA 研究仍面临诸多挑战,如命名不统一、检测方法有待改进、作用机制尚未完全明确、临床转化困难等。未来需要进一步深入研究,以推动 circRNA 在 AML 临床治疗中的应用。