基于全基因组孟德尔随机化系统性筛选糖尿病视网膜病变潜在治疗靶点

【字体: 时间:2025年04月30日 来源:Diabetology & Metabolic Syndrome 3.4

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  糖尿病视网膜病变(DR)的治疗与预防困难重重。研究人员开展了系统性可成药全基因组孟德尔随机化(MR)分析研究,确定 30 个与 DR 相关的可成药基因。这为 DR 治疗提供潜在靶点,有望降低药物研发成本。

  在健康领域,糖尿病(DM)如今已成为全球瞩目的重大难题,它就像一颗隐藏在身体里的 “定时炸弹”,随着其患病率不断攀升,各种并发症也接踵而至。其中,糖尿病视网膜病变(DR)在糖尿病微血管并发症中尤为突出,近一半的 2 型糖尿病(T2DM)患者最终会被它 “盯上”。DR 可不是个小麻烦,它会悄无声息地对眼睛造成不可逆的伤害,让患者视力下降,甚至残疾,严重时还会危及生命。
目前,虽然有一些新的药物被应用于 DR 的治疗,给患者带来了一丝希望,但这些药物存在着诸如不良反应多、治疗效果不尽如人意等问题。同时,基因研究虽然发现了很多与 DR 相关的潜在药物靶点,可将这些发现转化为实际的临床应用却困难重重。比如,全基因组关联研究(GWAS)虽然找到了不少和 DR 有关的基因位点,但对于这些基因在视网膜内皮细胞中的特异性表达模式,人们了解得还非常有限,这就像拿着一把没有钥匙的锁,空有潜在的宝藏却无法开启。此外,很多已发现基因的具体功能也不清楚,还有像表观遗传调控因子这类新兴因素,虽然它们很可能在 DR 的发展过程中起着重要作用,但却没有得到足够的研究。

在这样的困境下,为了寻找有效的治疗靶点,来自长沙市第四医院(湖南师范大学附属长沙中西医结合医院)骨科的 Long Xie、眼科的 Yu Qin Peng 以及 Xiang Shen 开展了一项系统性可成药全基因组孟德尔随机化(MR)分析研究。该研究成果发表在《Diabetology & Metabolic Syndrome》上,为 DR 的治疗带来了新的曙光。

研究人员在此次研究中运用了多种关键技术方法。首先,从 Drug - Gene Interaction Database(DGIdb)和相关文献获取可成药基因数据,从 eQTLGen 获取血液 eQTL 数据集,从 FinnGen consortium 获取糖尿病视网膜病变 GWAS 数据集。然后,利用 “TwoSampleMR” 等 R 语言包进行 MR 分析,使用 “coloc” 包进行共定位分析,运用 “clusterProfiler” 包开展基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,借助 STRING 数据库构建蛋白 - 蛋白相互作用(PPI)网络,通过 Drug Signatures Database(DSigDB)预测候选药物,在 CB - Dock2 在线平台进行分子对接分析 。

在研究结果部分:

  • 可成药基因组:整合 DGIdb 和文献数据,得到 6888 个独特的可成药基因,为后续研究打下基础。
  • 候选可成药基因:通过血液 eQTL 与可成药基因交叉分析及 MR 分析,确定了 30 个与 DR 显著相关的基因。其中,PRKAB1(OR = 0.935,95% CI:0.892 - 0.980)和 CNR1(OR = 0.814,95% CI:0.696 - 0.951)等是保护基因,能降低 DR 发病风险;而 CACNA1E(OR = 1.282,95% CI:1.050 - 1.565)、NME1(OR = 1.198,95% CI:1.028 - 1.397)和 CHRNA2(OR = 1.192,95% CI:1.025 - 1.386)等是风险基因,会增加患病可能性。
  • 富集分析:GO 分析显示这些潜在靶点参与钙离子跨膜运输调节、动作电位调节等生物过程;KEGG 分析表明其主要富集在心肌细胞肾上腺素能信号通路(hsa04261)、催产素信号通路(hsa04921)和致心律失常性右室心肌病通路(hsa05412)等。
  • PPI 网络构建:构建的 PPI 网络发现了两个关键模块,一个包含 BIN1、CDH2 等节点,另一个包含 CACNG6、CACNA1E 等节点,这些模块与 DR 的发病机制密切相关。
  • 候选药物预测和共定位分析:通过 DSigDB 预测,乙醇和异氟泼尼龙是潜在有效的干预药物。共定位分析发现 30 个基因中有 1 个基因(CDH2)的 PPH4 大于 0.75,表明该基因与 DR 存在显著共定位关系。
  • 分子对接:分子对接分析显示,候选药物与对应蛋白有较好的结合活性,如 C5 的结合能较低,意味着其结合效果好、亲和力高。

研究结论和讨论部分指出,此次研究确定的 30 个可成药基因,为深入了解 DR 的分子机制提供了关键线索,也为开发更有效的治疗药物指明了方向。像 PRKAB1 作为 AMP 激活蛋白激酶(AMPK)的 β1亚基,能改善视网膜细胞能量代谢;CNR1 编码的大麻素受体 1 蛋白可调节神经系统和炎症反应,发挥神经保护作用;而 CACNA1E 则与视网膜血管异常收缩有关,影响 DR 的发生发展 。此外,研究中预测的乙醇和异氟泼尼龙等潜在药物,虽然乙醇的临床应用受其毒性限制,但可以通过研究其衍生物或受体特异性激动剂来发挥治疗作用。

不过,该研究也存在一定的局限性。比如,MR 分析中使用的 eQTL 工具变量数量有限,大多分析依赖的单核苷酸多态性(SNP)少于 3 个,这降低了研究结果的可靠性;研究只能提示基因表达与 DR 的潜在因果关系,无法确定基因调控的可逆性及是否适合药物干预;仅使用血液 eQTL 进行研究,难以全面反映视网膜组织特异性的调控机制。但总体而言,这项研究为 DR 的治疗研究开辟了新道路,后续还需要进一步的实验验证和临床试验,以充分挖掘这些潜在治疗靶点的价值,为广大 DR 患者带来真正有效的治疗方案。

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