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人腺病毒 55 型（HAdV-55）引发韩国军营热病疫情。研究人员对其全基因组测序并分析，发现毒株存在特定遗传聚类，起源于西班牙且有进化分支。该研究为 HAdV-55 进化等研究提供重要依据，助力防控。
在病毒的神秘世界里，腺病毒（AdVs）一直是不可忽视的存在。它属于腺病毒科，是一种非包膜双链脱氧核糖核酸（DNA）病毒，能引发多种疾病，如急性呼吸道疾病（ARD）、角膜炎、膀胱炎和肠胃炎等。人腺病毒（HAdVs）作为其中的一类，已发现超过 116 种基因型，被分为 7 个物种（A - G）。而 HAdV-55 更是一个 “危险分子”，它与严重的呼吸道疾病相关，常导致呼吸衰竭甚至死亡。此前，它已在中国、西班牙、土耳其、新加坡和以色列等地的军营和社区引发多起疫情。在韩国，2013 - 2018 年间，HAdV-55 也曾在某军事基地引发发热性呼吸道疾病（FRI）的爆发，给公共卫生带来极大挑战。
面对 HAdV-55 带来的威胁，韩国国防发展局第三研发所的研究人员 Se Hun Gu、Seung - Ho Lee 等人开展了一项重要研究。他们的研究成果发表在《Virus Genes》上，为我们深入了解 HAdV-55 提供了宝贵信息。
研究人员为了全面剖析 HAdV-55 的特性，运用了多种关键技术方法。首先是样本采集，他们从韩国陆军首都医院（AFCH）79 例 ARD 患者中收集 DNA 样本，其中 49 例为 HAdV-55 阳性样本。接着进行 DNA 提取和聚合酶链反应（PCR）扩增，以获取目标基因片段。然后，利用下一代测序（NGS）技术对样本进行深度测序，获取 HAdV-55 的全基因组序列。之后，通过生物信息学分析，对测序数据进行处理，包括序列比对、系统发育分析等，以探究病毒的进化关系和遗传特征。
在研究结果方面：
- 完整序列分析：通过 NGS，研究人员从 49 例患者中的 7 例获得了 HAdV-55 的全基因组序列。以 HAdV-55 AFMC 16 - 0011 为例，其全长基因组包含 34,776 个核苷酸，G + C 含量为 48.77%，与中国的 HAdV-55 - B/CHN/BJ01/2011/55 [P14H11F14] 毒株在核苷酸水平上有 99.93% 的相似性。
- 系统发育分析：对 HAdV-55 全基因组、戊蛋白、六邻体和纤维蛋白基因进行系统发育分析，结果显示 HAdV-55 毒株存在特定的遗传聚类。由于 HAdV-55 是由 HAdV-11 和 HAdV-14 基因重组进化而来，其全基因组、戊蛋白和纤维蛋白基因与 HAdV-14 聚类，而六邻体基因与 HAdV-11 聚类。
- 进化分析：为减少样本异质性带来的偏差，研究人员选择了 57 个聚类的非冗余子集进行分析。贝叶斯系统发育分析表明，HAdV-55 可能起源于西班牙，其最近的共同祖先可追溯到 1908 年（95% 可信区间：1869 - 1942）。最大进化枝可信度（MCC）树将 HAdV-55 毒株分为八个不同的组（A - H），韩国的 HAdV-55 毒株于 1987 年从中国 1 组中分化出来，并在 2005 年和 2013 年又有进一步的进化事件。同时，研究还估算出其平均替换率为1.084×10?5替换 / 位点 / 年。
- 六邻体同源建模：对 HAdV-55 AFMC 16 - 0011 六邻体基因进行同源建模，发现其与黑猩猩腺病毒 68（Adc68）六邻体结构高度保守，相似性达 90.4%。其结构可分为八个区域，包括 N - 末端区域、两个病毒果冻卷结构域（V1 和 V2）、四个环区域（DE1、DE2、FG1 和 FG2）以及病毒果冻卷连接区域（VC）。通过分析还预测出 HAdV-55 AFMC 16 - 0011 六邻体的四个高变区（HVR1、HVR2、HVR4 和 HVR7），这些区域在免疫逃逸和血清型特异性等方面可能发挥重要作用。
在研究结论和讨论部分，研究人员强调了该研究的重要意义。一方面，HAdV-55 感染缺乏有效的疫苗和治疗方法，准确的病毒序列研究至关重要。六邻体蛋白是腺病毒的主要中和抗体结合位点，其高变区（HVRs）在免疫逃逸、血清型特异性和诱导中和抗体反应中起着关键作用。本研究预测出的 HVRs 为开发针对新兴腺病毒株的疫苗提供了重要依据。另一方面，通过对 HAdV-55 进化关系的研究，明确了其起源和传播路径，有助于公共卫生部门制定更有效的防控策略，加强对该病毒的监测和预警，预防未来可能的疫情爆发。总之，这项研究为深入了解 HAdV-55 的进化、分子系统发育、蛋白建模和基因组测序提供了重要的见解，对防控 HAdV-55 感染和保障公众健康具有重要价值。
