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为探究新西兰南岛奥塔哥地区散养家禽死亡事件原因，研究人员对家禽样本进行检测。通过实验，他们成功测序出高致病性禽流感病毒（HPAI）H7N6 基因组序列，该研究有助于了解病毒进化，对防控禽流感意义重大。
禽流感病毒（甲型流感病毒属
Alphainfluenzavirus，正粘病毒科
Orthomyxoviridae）是全球公共卫生关注的病原体。在新西兰南岛奥塔哥地区散养家禽出现死亡事件后，研究人员在新西兰惠灵顿初级产业部动物健康实验室，对家鸡的临床拭子和组织样本进行高致病性禽流感（HPAI）检测。
研究人员使用 MagMAX 核心核酸纯化试剂盒（美国应用生物系统公司）在 KingFisher Flex 系统（美国赛默飞世尔科技公司）上，从 31 份咽拭子和 4 份混合组织样本（n = 35）中提取总核酸。35 份样本中，33 份（29 份拭子，4 份混合组织）通过 qRT-PCR 检测甲型流感呈阳性，2 份无效。此外，17 份样本（13 份拭子，4 份混合组织）H7 亚型呈阳性。其余样本中，15 份 H7 qRT-PCR 结果不确定（Ct >40），3 份无效。
从 33 份甲型流感阳性样本中，选择 Ct <30（n = 18）的样本，使用先前公布的方法和引物通过 RT-PCR 进行全基因组扩增。扩增产物用 ExoSAP-IT（赛默飞世尔科技公司）纯化，并使用 Qubit 1x 双链 DNA 高灵敏度检测试剂盒（赛默飞世尔科技公司）进行定量。
18 份样本均使用快速条形码试剂盒 96 V14（SQK-RBK114.96，英国牛津纳米孔技术公司）制备，混合后在 P2 Solo 设备（牛津纳米孔技术公司）上进行测序。使用 Dorado（v7.0.2）和高精度碱基识别模型（HAC DNA v4.3.0）进行碱基识别。原始读数用 BBDuk v39.01 修剪，然后使用 Minimap2 v2.24 映射到从 GISAID 下载的非冗余参考片段集，随后生成一致性序列。18 份样本中有 14 份成功组装出由 8 个片段组成的完整基因组，其余 4 份因组装质量差被排除。通过对 H 和 N 序列的 BLAST 分析，所有基因组均被鉴定为 H7N6 亚型。由于基因组相似度高，选择一个代表性基因组（A/Chicken/New Zealand/W24_2595/2024）进行进一步分析。
所有片段翻译后用 BLAST 分析，结果显示与新西兰本地低致病性禽流感（LPAI）H7N7 和 H4N6 有很强的相似性。通过 MAFFT v7.490 对 HA 片段进行比对，发现 H7N6 基因组中有 6 个核苷酸插入和 1 个单核苷酸变异，均影响 HA 裂解位点。这些突变使碱性氨基酸数量从 2 个增加到 5 个，根据 Offlu 裂解位点分析指南，该病毒可被鉴定为 HPAI。鉴于其与本地 LPAI H7N7 基因组的相似性，这些数据表明，该病毒可能是通过重配事件，从本地 LPAI 进化为 HPAI。
所有实验方案和软件均按制造商说明使用，除非另有说明。
研究人员感谢新西兰初级产业部动物健康实验室的 Mahana Te Hau、Joanne Hedges、Sruthi Valsan、Angela Steyn、Elisha Sheeba、Rudolfo Bueno、Alvey Little、Kelly Buckle、Harry Taylor 以及 DRS 的许多其他人员，他们的贡献使这项研究得以完成。
