两种洞穴系统来源的Paeniglutamicibacter菌株基因组测序揭示极端环境适应机制

来自美国的研究人员针对极端洞穴环境中未充分探索的微生物适应机制，完成了来自俄勒冈和肯塔基洞穴的两株Paeniglutamicibacter菌株（ORCA_105和MACA_103）的全基因组测序。研究通过Illumina测序和IDBA组装获得4.42-4.80 MBP的高质量基因组草图，经CheckM评估显示99.54%以上完整性，其16S rRNA基因与P. sulfureus相似度达99.47-99.85%。该成果为洞穴微生物基因组适应性进化研究提供了重要资源。

　　

在极端洞穴环境中蓬勃生长的微生物蕴藏着未被揭示的进化奥秘。这项研究聚焦两株具有相同16S rRNA基因序列的Paeniglutamicibacter菌株——分别采集自美国俄勒冈洞穴国家纪念地（ORCA_105）和猛犸洞国家公园（MACA_103）。研究人员采用含洞穴岩石粉末的1/5 R2A培养基在8°C低温条件下分离纯化菌株，通过Biospec BeadBeater破碎细胞配合DNeasy试剂盒提取DNA。

Illumina NextSeq 500平台产生2×151 bp读长的测序数据，经faQC质控修剪后，使用IDBA(v1.1.1)进行基因组组装（参数：--mink 31--maxk 121）。最终ORCA_105获得118条contigs（N50=89,925 bp），MACA_103获得147条contigs（N50=88,696 bp），CheckM评估显示基因组完整性均超过99.5%。Prokka注释预测ORCA_105含3,934个编码序列和7个rRNA基因，而MACA_103含4,257个编码序列和4个rRNA基因。

有趣的是，两菌株16S rRNA基因与P. sulfureus(NR_026237.1)的相似度高达99.47-99.85%，但核心基因的平均核苷酸一致性(ANI)仅为0.903。系统发育分析显示ORCA_105与P. sulfureus As4PL聚簇，而MACA_103则与P. quisquiliarum ABSL32-1亲缘更近。这些基因组数据为解析微生物在黑暗、低温洞穴环境中的适应策略提供了新的分子线索。