编辑推荐：
下呼吸道感染（LRTIs）在低收入国家危害严重，粘质沙雷氏菌（Serratia marcescens）是机会性院内病原体。研究人员对从孟加拉国患者气管吸出物中分离的多重耐药S. marcescens DUEML4 (ST444) 进行基因组测序分析，这是 ST444 首个公开基因组序列，为研究其耐药性和致病性提供依据。
根据世界卫生组织（WHO）的数据，下呼吸道感染（LRTIs）是低收入国家的主要死亡原因之一。粘质沙雷氏菌（
Serratia marcescens）是一种罕见的机会性院内病原体，能够引发呼吸道感染，尤其是在免疫功能低下的个体中。此次研究的菌株
S. marcescens DUEML4 是从达卡一家医院中一名 68 岁患有下呼吸道感染的女性患者的气管吸出物中分离出来的，它对多种抗生素耐药。
研究人员先让单个菌落在 LB 肉汤中于 37°C 培养过夜，随后使用 QIAamp DNA Mini Kit（QIAGEN）按照制造商的方案提取基因组 DNA。接着，利用 Illumina DNA Prep kit 制备下一代测序（NGS）文库，并在 Illumina NextSeq 550 平台上进行测序，共产生 725,031 条原始读数，对应 347.3 Mbp 的测序数据（读数长度为 250 bp），测序基因组的平均覆盖深度为 47.17×。
在后续的序列分析过程中，研究人员使用 FastQC (v0.12) 对原始读数进行质量检查，并用 Trimmomatic (v0.39) 进行修剪。采用 SPAdes (v4.0.0) 进行组装，通过 KmerFinder (v3.0.2) 确认物种，其与S. marcescens ATCC 13880（GCA_017301275.1）的平均核苷酸同一性（ANI）达到 95.59%。利用 Prokka (v1.14.5) 和美国国家生物技术信息中心原核基因组注释管道（NCBI PGAP）对基因组进行注释，借助 ResFinder v3.1、NCBI v4.0.19、综合抗生素耐药性数据库（CARD）v3.2.4 和 MEGARes v3.0 来识别抗菌耐药基因，使用毒力因子数据库（VFDB）v2.0 鉴定毒力基因，通过 PubMLST 确定序列类型（ST） 。
结果显示，基因组组装有 13 个重叠群（contigs），N50 为 2.9 Mb，经 CheckM (v1.2.3) 评估，完整性达 95.72%，污染率为 3.49%。多位点序列分型（MLST）分析将该分离株鉴定为 ST444，组装的基因组长度为 5.1 Mb，GC 含量为 60%，未检测到质粒。共鉴定出 4,845 个基因，包括 4,725 个蛋白质编码基因和 93 个 RNA 编码基因，还检测到 8 个耐药决定因子，如blaSRT - 1、oqxB9等，以及 7 个来自四个家族（IS3、ISL3、Tn3 和 IS481）的插入序列。PathogenFinder (v1.1) 预测其致病性概率为 86.8% 。这项基因组分析突出了 ST444 作为人类病原体的潜在作用，尤其是它的多重耐药性特征。
