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在禽类养殖中，肠道病毒引发的感染问题严重影响家禽产业。研究人员针对商业家禽孵化场雏鸡发育不良展开研究。他们检测了 158 份样本，评估微生物多样性、经济影响和认知水平。结果发现多种病菌及抗生素耐药性问题，该研究对防控家禽感染意义重大。
在全球范围内，家禽养殖产业对社会稳定、食品安全和经济发展都有着重要意义。然而，疾病爆发一直是困扰家禽养殖业的主要难题。家禽作为众多传染性病原体的宿主，这些病原体可通过受污染的蛋类、肉类以及养殖环境传播给人类和其他动物。在像尼日利亚这样的资源匮乏国家，家禽养殖更是面临着疾病高发的严峻挑战。由于家禽生长缓慢、表现不佳的个体被淘汰以及高死亡率等问题，给家禽产业带来了巨大的经济损失。
更为棘手的是，当病毒和细菌共同感染家禽时，家禽的发病率和死亡率会显著上升，这不仅损害了动物健康，还导致养殖效率低下，使得养殖成本增加、利润减少，同时也加剧了抗生素的使用。而过度依赖抗生素在畜牧业（包括家禽养殖）中的使用，引发了食品安全和公共卫生方面的担忧，因为不恰当使用抗生素会促使致病耐药菌在家禽体内滋生，这些细菌极有可能进入食品供应链，在各类食品中广泛传播，威胁人类健康。
肠道病毒能够破坏家禽的胃肠道，为其他微生物的滋生创造有利环境，进而对肠道造成更严重的损害，甚至可能给禽群带来不可逆转的伤害。此前有研究推测，星状病毒引发的微生物失衡可能会影响家禽对其他感染的易感性，且鸡星状病毒（CAstV）感染在肉鸡中极为常见，与幼禽疾病和孵化场疾病密切相关。尽管已有研究表明这些生产性疾病会对家禽养殖产生重大经济影响，但相关论断却缺乏实证依据。因此，评估商业家禽孵化场中微生物的多样性、经济影响，以及对导致雏鸡发育不良（runting）并致使孵化场淘汰雏鸡的潜在原因的认知水平，显得尤为关键。
为了解决这些问题，来自英国贝尔法斯特农业食品与生物科学研究所兽医科学部（Veterinary Sciences Division, Agri - Food and Biosciences Institute, Belfast, UK）、尼日利亚伊巴丹大学兽医微生物学系（Department of Veterinary Microbiology, University of Ibadan, Ibadan, Oyo State, Nigeria）等多个研究机构的研究人员开展了相关研究。
研究人员运用了多种技术方法。首先是样本采集与处理，从尼日利亚西南部商业家禽养殖中心不同地点的 9 个孵化场，采集了 158 份 1 日龄商品肉鸡的肠道内容物样本，并制成 10%（w/v）的悬浮液。其次，在病毒检测方面，采用体外感染原代鸡胚肝细胞（CEL）培养的方法分离病毒，通过负染色透射电子显微镜和分子分析（RT - PCR 和 PCR）来鉴定病毒。在细菌检测及药敏试验上，样本悬浮液经培养后，在多种培养基上进行培养，依据标准细菌培养方法对分离菌进行形态学和生化鉴定，并采用琼脂扩散法进行体外抗生素敏感性测试。此外，还通过 16S 核糖体 DNA PCR 对细菌进行分类，对 PCR 产物进行测序和系统发育分析。最后，收集孵化场 10 个月的生产数据进行成本分析，并通过个人访谈和问卷调查评估家禽养殖人员对雏鸡发育不良的认知水平。
研究结果如下：
- 肠道病毒评估：在 158 个感染的 CEL 培养物中，仅有 4 个在不同传代水平出现细胞病变效应（CPE）。透射电子显微镜在 4 个分离株中的 3 个中发现了腺病毒样颗粒。PCR 检测在 4 个细胞培养分离株中的 3 个中检测到禽腺病毒（FAdV），系统发育分析确定了 FAdV 的 4 型（NGR - FAdV - Ch1 和 NGR - FAdV - Ch3）和 5 型（NGR - FAdV - Ch2）。逆转录酶 PCR 和测序在第 4 个细胞培养分离株中检测到禽呼肠孤病毒（ARV）。
- 肠道细菌检测及药敏试验：在所有检测地点，分离菌对 6 种测试抗生素（尤其是氨苄青霉素）的耐药性普遍存在，9 个地点中有 8 个存在对克林霉素的耐药性。通过 PCR 和测序发现，肠球菌（Enterococcus）和葡萄球菌（Staphylococcus）是最主要的细菌，其中粪肠球菌（Enterococcus faecalis）最为常见。
- 经济影响评估和对孵化场淘汰及雏鸡发育不良的认知水平：研究共获得 318 份回复。受访者主要为男性、小规模养殖户，多数人有农业相关培训且学历较高。他们认为种鸡体型、管理不善（如饲养空间和营养问题）以及蛋的大小是雏鸡发育不良的主要原因。各孵化场均出现较多死胚蛋和未孵化蛋。每个生产周期的总损失在 647,520 至 1,059,640 奈拉（1,683.92 至 2,389.45 美元）之间，雏鸡低价出售造成的收入损失在 18,760 至 88,200 奈拉（42.28 至 198.77 美元）之间。
研究结论和讨论部分表明，在已报道高含量鸡星状病毒的 1 日龄雏鸡中，检测到肠球菌、葡萄球菌（主要是粪肠球菌）和禽腺病毒，这突出了在禽感染研究中考虑病毒 - 细菌共感染的重要性。这样可以减少抗生素的滥用，实现对感染的有效管理。同时，研究发现家禽养殖人员对雏鸡发育不良的潜在原因认知不足，这可能会阻碍减少孵化场疾病的有效措施的实施。此外，孵化场因雏鸡发育不良造成的经济损失，可能会影响联合国可持续发展目标中零饥饿以及良好健康与福祉目标的实现。因此，对家禽养殖户和孵化场工作人员进行教育，让他们了解肠道病毒和细菌在孵化场淘汰雏鸡问题中的作用以及对家禽生产的社会经济影响，对于实施有效的预防和控制措施至关重要。该研究成果发表在《Discover Animals》上，为家禽养殖产业的健康发展提供了重要的理论依据和实践指导。
