探秘杓兰亚科(Cypripedioideae)线粒体基因组进化:基因转移与编辑的奇妙发现
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时间:2025年05月01日
来源:Functional & Integrative Genomics 3.9
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为探究杓兰亚科线粒体基因组进化,研究人员对 9 种杓兰亚科植物线粒体基因组测序、组装。发现 39 个蛋白编码基因,sdh4和rpl10可能水平转移,还有大量重复序列和 RNA 编辑位点。揭示了兰花线粒体基因组的复杂性。
在本研究中,利用短读长和长读长测序技术,对杓兰亚科(Cypripedioideae)9 个物种的线粒体基因组(mitogenomes)进行了全新测序和组装,以开展进化分析。获得了亚热带杓兰(Cypripedium subtropicum)、亨利杓兰(C. henryi)、洪堡氏兜兰(Phragmipedium humboldtii)、科氏兜兰(Phr. kovachii )和小花兜兰(Paphiopedilum micranthum)完整的多染色体线粒体基因组,另外 4 种兜兰属物种获得了草图组装结果。在 9 个样本物种中注释出并共享了 39 个蛋白质编码基因。在所有杓兰亚科物种中都发现了sdh4基因,在 4 种兜兰属物种中检测到了rpl10基因。这两个基因可能在不同时期从非兰科植物水平转移而来。在杓兰亚科线粒体基因组中鉴定出约 101 到 998 个重复序列,总长度为 417,136 到 785,960 bp。亚热带杓兰和格兰氏兜兰(Pa. gratrixianum)中分别有 634 个和 662 个 RNA 编辑位点,且 C 到 U 的编辑占主导地位。nad和ccm基因表现出较高的 RNA 编辑频率。本研究揭示了兰花线粒体基因组的复杂性,包括rpl10和sdh4基因水平转移的证据。
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