上海地区儿童耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分子流行病学十年动态监测与进化分析

这篇研究通过全基因组测序对上海某儿科医院2013-2022年间492株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）进行纵向监测，揭示了ST59和ST398作为主要流行克隆的动态演变规律，以及其耐药基因（如ermB、mecA）和毒力因子（如PVL、TSST-1）的克隆相关性，为儿童MRSA感染的精准防控提供了重要分子流行病学依据。

　　

分子分型特征

研究对492株非重复MRSA临床分离株进行全基因组测序，鉴定出31种序列型（ST），其中ST59（37.4%）、ST398（22.4%）、ST88（5.7%）和ST22（5.5%）为优势克隆。ST59-t437-IV（17.3%）和ST398-t011-V（11.4%）是最常见的分子亚型。值得注意的是，ST398-t011于2014年首次出现后迅速成为主导亚型，而ST59-t437-IV的占比近年被t172-IV取代。

人群分布特征

61%的分离株来自1岁以下婴幼儿，痰液（60.6%）和脓液（22.0%）是主要样本来源。ST59和ST398在痰液中占比较高，而ST22更常见于脓液标本。社区相关MRSA（CA-MRSA）占23.4%，医院相关MRSA（HA-MRSA）占76.6%，两者在年龄分布（HA-MRSA多见于婴儿）和病区来源（CA-MRSA高发于呼吸科）存在显著差异。

动态进化趋势

ST59在2017年前占据主导地位（最高55.1%），但2017年后被ST398反超（34%）。ST22在2020年短暂暴发后回落。spa型t437和t011的年度占比变化与宿主ST谱系演变同步。系统发育分析显示，2020年ST22菌株呈现克隆聚集，提示近期传播事件。

耐药与毒力特征

所有菌株均携带β-内酰胺耐药基因（blaZ、mecA等），CC59对红霉素（ERY）和克林霉素（CLI）耐药率最高（83.4%和80.1%），与ermB高携带率（65.4%）相关。CC398则表现出较低的耐药性。PVL毒素基因（lukF/S-PV）在ST338和ST1232中100%存在，而中毒性休克综合征毒素（TSST-1）与ST1（76.5%）和ST5（66.7%）强相关。CA-MRSA的PVL携带率显著高于HA-MRSA（33.9% vs 10.6%）。

讨论与意义

该研究首次系统揭示了上海地区儿童MRSA的十年进化轨迹：ST59优势地位被ST398逐步取代，且ST398-t011-V表现出独特的低毒力特征。与成人流行病学相比，儿童群体中ST239几乎消失，ST5占比仅2.4%，凸显宿主年龄对MRSA克隆选择的影响。COVID-19疫情期间呼吸道样本减少导致脓液样本比例异常升高，反映了公共卫生事件对微生物监测的间接影响。研究为儿童MRSA感染的分子诊断和靶向治疗提供了关键数据支撑。