鸡肉源多重耐药粪肠球菌MKL_BAU_Fe01株全基因组草图测序及耐药机制解析

来自孟加拉国农业大学的研究团队针对食源性多重耐药粪肠球菌(Enterococcus faecium)的公共卫生威胁，完成了MKL_BAU_Fe01菌株的全基因组测序。该2.95 Mb基因组含3,117个基因，鉴定出aac(6')-I等耐药基因和plcR毒力因子，为追踪禽肉链抗生素耐药传播提供重要分子流行病学数据。

　　

这项研究揭示了从孟加拉国迈门辛地区市售鸡肉中分离的多重耐药粪肠球菌(Enterococcus faecium)MKL_BAU_Fe01的基因组特征。通过Illumina NextSeq-500平台进行双端测序(2×150 bp)，经SPAdes组装获得264条contigs构成的2,953,746 bp基因组草图，GC含量37.99%。

基因组注释显示该菌株携带3,007个蛋白编码基因(CDSs)，包括143个假基因，以及17个rRNA和89个tRNA。特别值得注意的是，通过AMRFinderPlus和CARD数据库检测到eat(A)_T450I、aac(6')-I等耐药基因，其中msr(C)基因呈现100%覆盖度。毒力因子分析还发现调控基因plcR(覆盖度85.61%)，该基因与细菌致病性密切相关。

研究团队采用表型筛选结合分子生物学方法，从74份鸡肉拭子中分离出12.16%的粪肠球菌阳性样本。目标菌株对环丙沙星(5 μg)、万古霉素(30 μg)等6类抗生素均表现出耐药性。实验过程严格规范，包括Pfizer选择性培养基(PSEA)培养、ddl_{E. faecium}基因PCR鉴定，以及QIAcube自动化核酸提取等标准化流程。

该基因组数据的发布为研究食源性肠球菌的耐药传播机制提供了重要参考，尤其对发展中国家禽肉产业链的抗生素耐药性监控具有警示意义。测序数据已提交至NCBI数据库，菌株保藏于孟加拉国农业大学微生物资源中心。