编辑推荐：
为探究益生菌相关特性，研究人员开展对从孟加拉酸奶中分离出的副干酪乳杆菌（Lacticaseibacillus paracasei）MSR2 基因组的研究。他们成功测定其基因组草图，该基因组含 3,085,195 碱基对，编码 2,903 种预测蛋白，为深入了解益生菌功能提供依据。
副干酪乳杆菌（
Lacticaseibacillus paracasei）是一种常见于乳制品中的益生菌，对宿主健康有益，还具有抗真菌和抗菌活性。本研究对从孟加拉酸奶中分离出的副干酪乳杆菌 MSR2 进行基因组草图测定。
2024 年 2 月，研究人员从孟加拉基肖尔甘杰采集酸奶样本，将其涂抹在 MRS（De Man–Rogosa–Sharpe）琼脂上，37°C 孵育过夜。挑取纯培养的单菌落接种到 MRS 肉汤中，37°C、120 转 / 分钟振荡培养过夜。取 1 毫升肉汤用于提取基因组 DNA，使用 Qiagen DNeasy Blood & Tissue Mini Kit (250) 试剂盒，按照制造商的方案操作。细胞裂解后，14,000 转 / 分钟离心 5 分钟去除细胞碎片，再用 CDC PULSENET Total DNA Extraction 方案进一步纯化 DNA。用 Nanodrop 分光光度计和 Qubit 4.0 荧光计评估 DNA 质量，Qubit 测量时，将 Qubit 试剂和 Qubit 缓冲液按 1:200 比例混合制备工作液。
在孟加拉达卡 Mohakhali 的 icddr'b 基因组中心进行全基因组测序。用 AMPure XP 磁珠筛选 DNA 片段大小，分离出 200 - 300 碱基对（bp）的片段用于构建标准 Illumina 测序文库。使用 Illumina DNA Prep 试剂盒和自动液体处理仪（epMotion 5075）给 DNA 片段添加接头制备测序文库。文库制备完成后，在 Illumina MiSeq 平台上按照制造商标准方案进行双端 2×150 bp 测序。用 Illumina 的 bcl2fastq 软件版本 2.20.0 将原始读数解复用并转换为 FASTQ 格式，用于后续分析。
用 FASTQC 版本 0.9.1 评估原始数据质量，用 Sickle 版本 1.3 工具修剪双端序列，修剪长度设为 20。使用 Spades 版本 4.0.0 默认参数进行组装，再用 Pilon 版本 1.24 进行优化。在 Type (Strain) Genome Server 上基于全基因组分类分析鉴定物种。
副干酪乳杆菌 MSR2 基因组长度为 3,085,195 bp，GC 含量为 46.5% 。组装得到 132 个重叠群（contig），覆盖度为 111.8×。共预测出 3,019 个基因，其中 2,852 个是蛋白质编码基因。 本研究得到了孟加拉信息和通信技术司（ICT Division）的支持，未接受其他外部资助。
