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研究旨在探究 i - 基序 DNA(i-motif DNA)在生理条件下能否发生液 - 液相分离(LLPS)。研究人员系统研究了一系列 i-motif-forming 寡核苷酸的热力学及 LLPS 能力,发现分子拥挤试剂可稳定 i-motif 结构并使其在中性甚至碱性条件下发生 LLPS,这对理解细胞过程意义重大。
富含胞嘧啶的序列能够折叠成一种被称为 i - 基序(i-motif)的四链结构。这些可形成 i - 基序的 DNA 序列在癌症相关基因的启动子区域和端粒中富集,这表明了它们在生物学上的重要性。有趣的是,有研究报道,源自端粒的可形成 i - 基序的 DNA 寡核苷酸会发生液 - 液相分离(LLPS),这意味着 i - 基序可能通过 LLPS 调节涉及基因表达的细胞过程。然而,i - 基序在生理条件下是否能够发生 LLPS 仍不明确,因为 i - 基序结构仅在酸性条件下才具有热力学稳定性。
在本研究中,研究人员系统地研究了一系列可形成 i - 基序的寡核苷酸的热力学性质,以及它们在模拟细胞内环境的分子拥挤条件下、不同 pH 值时发生 LLPS 的能力。热力学分析显示,分子量较高的拥挤试剂能够稳定 i - 基序结构,并提高其 pa。此外,研究人员还证实,由分子拥挤作用稳定的 i - 基序结构在中性甚至碱性条件下也能发生 LLPS。相反,那些无法形成稳定 i - 基序结构的突变寡核苷酸则不会发生 LLPS。
这些结果表明,可形成 i - 基序的 DNA 能否广泛且稳定地发生 LLPS,取决于细胞环境因素,比如溶液的 pH 值、拥挤试剂的成分,以及活细胞内的分子拥挤程度。