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为检测伊朗胡齐斯坦省甘蔗田的甘蔗花叶病毒（SCMV）分离株，研究人员设计引物并进行梯度 PCR 验证及 RT-PCR 检测其性能。对 25 个分离株 CP 序列分析发现存在遗传变异和选择压力，该研究为防控 SCMV 提供理论依据。
甘蔗花叶病毒（Sugarcane mosaic virus，SCMV）在全球甘蔗种植中是一种具有重要经济影响的病毒。本研究运用实时聚合酶链反应（Real-time polymerase chain reaction，RT-PCR）技术，对从伊朗西南部胡齐斯坦省甘蔗田采集的样本进行 SCMV 分离株检测。为此，研究人员设计了一对引物，并通过梯度 PCR 进行验证，同时利用 RT-PCR 测定了引物的灵敏度和效率。
研究人员对 25 条源自伊朗的 SCMV 外壳蛋白（Coat protein，CP）核苷酸序列进行了系统发育和多态性分析，计算了非同义（Non-synonymous，dN）和同义（Synonymous，dS）替换率以及 dN/dS比值。结果显示，SCMV 分离株在系统发育树中处于不同的聚类。单倍型多样性为 1.000，核苷酸多样性为 0.02190，平均核苷酸差异数为 19.447，未观察到插入 - 缺失多态性。dN和 dS的速率分别为 - 2.57559（p <0.001）和 - 0.59514（p> 0.10），dN/dS比值为 4.32769，并且至少观察到 11 次重组事件 。
研究还测定了密码子使用偏好（Codon usage bias，CUB）指数，结果表明 G + C 与 G + C3S 之间存在显著正相关（p < 0.005），同时也确定了突变压力对 CUB 形成的可能影响。平均有效密码子数（Effective number of codons，ENC）范围为 50.316 至 54.970，这表明密码子使用的倾向性较低。脯氨酸（proline）的 CCA 密码子的相对同义密码子使用度（Relative synonymous codon usage，RSCU）最大值为 2.82，相较于该氨基酸的其他同义密码子，其使用偏好性较高。这些结果表明，源自伊朗的 SCMV CP 存在遗传变异且受到选择压力的作用。
