解析 Mg2+浓度对 SAM-II 核糖开关折叠影响:为细菌基因调控研究开辟新径

【字体: 时间:2025年05月07日 来源:Biophysical Journal 3.4

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  核糖开关(Riboswitches)在细菌基因调控中意义重大,SAM-II 核糖开关可识别 S - 腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl methionine)。研究人员开发分析平衡模型,探究 Mg2+浓度对其折叠的影响,能定量预测折叠中间体,为相关研究提供重要依据。

  核糖开关是存在于细菌信使核糖核酸(mRNA)中的调控元件,作为小分子的传感器,在细菌基因调控中发挥着至关重要的作用。SAM-II 核糖开关是一类能够识别 S - 腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl methionine)的核糖开关。此前研究表明,Mg2+离子的存在可稳定核糖开关预先存在的次要状态,这种状态在结构上的特征是具有成核假结,进而增加其出现的概率。在本研究中,开发了一种分析平衡模型,用于描述 Mg2+离子浓度对 SAM-II 核糖开关折叠的影响,从而将核糖核酸(RNA)折叠和三级相互作用的能量学与配体结合联系起来。该模型能够定量预测作为 Mg2+离子浓度函数的平衡折叠中间体。
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