靶向 G6PD 破坏恶性疟原虫代谢抗性的前景策略:疟疾潜在抑制剂的虚拟筛选

【字体: 时间:2025年05月07日 来源:Computational Biology and Chemistry 2.6

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  疟疾严重威胁全球健康,为寻找新抗疟药,研究人员以恶性疟原虫葡萄糖 6 - 磷酸脱氢酶(G6PD)为靶点,经虚拟筛选等多方法研究,得到 4 种潜在抑制剂,为抗疟药研发提供新方向。

  疟疾,这个古老又致命的疾病,如同隐藏在暗处的杀手,时刻威胁着人类的健康。它是由疟原虫属寄生虫引起的原生动物疾病,通过受感染的雌性按蚊叮咬传播。全球范围内,疟疾的影响极为广泛,2020 年就有 2.41 亿病例,超过 62.7 万人死亡,并且影响着世界 40% 的人口,在 90 多个国家呈地方性流行 。在众多疟原虫中,恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)最为凶险,会导致严重的发病和死亡。
目前,疟疾防治面临诸多难题。一方面,开发有效的疟疾疫苗始终未能成功。另一方面,疟原虫对现有抗疟药物的耐药性不断增强,使得寻找新的高效抗疟药物迫在眉睫。在这样的背景下,研究人员将目光投向了恶性疟原虫的代谢途径,试图从中找到新的药物靶点。

戊糖磷酸途径(Pentose Phosphate Pathway,PPP)在恶性疟原虫的细胞代谢中起着关键作用。它分为氧化分支和非氧化分支,不仅能生成用于核苷酸生物合成的核糖 - 5 - 磷酸,还能产生 NADPH(烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氢)用于还原生物合成和氧化应激调节。其中,PPP 的氧化阶段由葡萄糖 6 - 磷酸脱氢酶(Glucose 6 - Phosphate Dehydrogenase,G6PD)启动,该酶将葡萄糖 6 - 磷酸转化为 6 - 磷酸葡萄糖酸内酯,同时产生 NADPH。NADPH 对于维持疟原虫的氧化还原平衡和支持其生物合成过程至关重要。而且,恶性疟原虫的 G6PD 与人类的 G6PD 在结构和功能上存在显著差异,这使得 G6PD 成为极具潜力的抗疟药物靶点。

来自多个研究机构(文中未明确具体研究机构名称)的研究人员开展了一项针对 G6PD 的研究。他们通过一系列计算方法,旨在寻找能够抑制 G6PD 的潜在化合物,为抗疟药物的研发提供新的方向。该研究成果发表在《Computational Biology and Chemistry》上。

研究人员采用了多种关键技术方法。首先是基于结构相似性的虚拟筛选,以先前报道的化合物 ML276 和 ML304 为参考,通过形状 - 基于筛选方法来识别潜在的有效化合物。其次,运用密度泛函理论(Density Functional Theory,DFT)分析所选化合物的电子性质;利用分子力学广义 Born 表面面积(Molecular Mechanics/Generalized Born Surface Area,MMGBSA)计算来估计结合自由能;还进行了 ADME(吸收、分布、代谢、排泄)分析评估药物相似性,并进行了毒性预测。

下面来看具体的研究结果:

  • 分子建模与优化:恶性疟原虫(3D7)的 6 - 磷酸葡萄糖酸内酯酶 / 葡萄糖 6 - 磷酸脱氢酶(PfGluPho)的三维晶体结构尚未确定,研究聚焦于 G6PD 的底物结合结构域(氨基酸残基 333 - 910,包含活性位点)。
  • G6PD 的同源建模:以克氏锥虫(Trypanosoma cruzi)的葡萄糖 6 - 磷酸脱氢酶(PDB ID: 5AQ1)和人类的葡萄糖 6 - 磷酸脱氢酶(PDB ID: 6VAQ)为模板进行同源建模,这两种酶与PfGluPho G6PD 结构域在 BLASTp 分析中分别有 85% 和 78% 的查询覆盖率,以及 35.82% 和 44.35% 的同一性 。
  • 筛选潜在抑制剂:基于形状的筛选,以 ML276 和 ML304 为参照,得到 5960 种化合物。根据评分函数和相互作用,最终选定 ZINC58252420、ZINC86331320、ZINC2046313 和 ZINC521399619 这 4 种化合物。结合自由能(ΔG)结合值和对接分数显示出良好的相关性,表明这 4 种化合物可能是特异性抑制剂。

研究结论表明,G6PD 作为戊糖磷酸途径中的重要双功能酶,是潜在的有效药物靶点。通过计算机模拟策略,研究人员成功识别出 4 种可能抑制 G6PD 的化合物。这一研究成果意义重大,为抗疟药物的开发提供了新的潜在化合物,指明了新的研究方向。不过,该研究也存在局限性,所有分析均基于生物信息学和计算机模拟技术,后续还需要通过体外(in vitro)和体内(in vivo)实验来进一步验证这些化合物的生物活性、结合亲和力和药代动力学特性,从而评估其作为抗疟药物的实际治疗潜力。

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