靶向 PARP1 治疗三阴性乳腺癌新希望:滇紫根化合物的虚拟筛选与分子动力学模拟研究

【字体: 时间:2025年05月07日 来源:Computational Biology and Chemistry 2.6

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  三阴性乳腺癌(TNBC)治疗棘手,PARP1 在其发展中作用关键。研究人员针对 TNBC 开展滇紫根化合物及 FDA 批准药物靶向 PARP1 研究。发现 β- 谷甾醇等潜力药物,为 TNBC 治疗提供新方向。

  在癌症的 “战场” 上,乳腺癌无疑是女性健康的一大劲敌,其中三阴性乳腺癌(TNBC)更是个中 “狠角色”。TNBC 约占所有乳腺癌病例的 20%,偏爱年轻的绝经前女性和非裔美国人。它因缺乏雌激素、孕激素受体以及人表皮生长因子蛋白(HER2),对常规的激素疗法 “免疫”,预后较差,容易发生转移和早期复发,这让医生们在治疗时常常感到棘手。
尽管科学家们一直在努力探索 TNBC 的分子奥秘,研发新的治疗方法,但目前的治疗效果仍不尽如人意。不过,在 TNBC 的众多分子靶点中,聚腺苷二磷酸核糖聚合酶 1(PARP1)逐渐进入了研究人员的视野。PARP1 在 DNA 修复过程中扮演着关键角色,能帮助癌细胞修复受损的 DNA,维持其增殖和存活。抑制 PARP1,就有可能阻断癌细胞的 “自救” 之路,成为治疗 TNBC 的新突破口。

在此背景下,来自国外(文中提及相关研究由多个国外研究人员参与,未明确具体研究机构)的研究人员开展了一项意义重大的研究。他们试图通过计算机模拟的手段,从美国食品药品监督管理局(FDA)批准的药物以及滇紫根Onosma. dichroantha)根提取物的化合物中,寻找能够有效靶向 PARP1 的潜在药物,为 TNBC 的治疗带来新希望。该研究成果发表在《Computational Biology and Chemistry》杂志上。

研究人员主要运用了以下几种关键技术方法:首先是虚拟筛选和分子对接技术,借助这一技术从众多化合物中初步筛选出与 PARP1 结合能力较强的潜在药物;接着使用分子动力学模拟(MDS),在 100 纳秒的时间尺度上观察化合物与 PARP1 形成的复合物的稳定性;还通过分子力学 - 泊松 - 玻尔兹曼表面积(MM-PBSA)分析,精确计算化合物与 PARP1 的结合自由能,评估结合强度;此外,进行了 ADMET(吸收、分布、代谢、排泄和毒性)分析以及蛋白 - 蛋白相互作用分析,全面评估潜在药物的药代动力学性质和可能涉及的作用通路。

下面来看具体的研究结果:

  • 潜在药物筛选:通过虚拟筛选和分子对接,发现咪达唑仑(Midazolam)、奥拉帕尼(Olaparib)、β- 谷甾醇(Beta-sitosterol)和 1 - 己基 - 4 - 硝基苯(1-Hexyl-4-nitrobenzene)表现出色,它们与 PARP1 的结合亲和力分别达到 - 10.6 kcal/mol、-9.9 kcal/mol、-6.83 kcal/mol 和 - 5.53 kcal/mol ,成为潜在的 PARP1 抑制剂候选药物。
  • 复合物稳定性研究:100 纳秒的分子动力学模拟显示,β- 谷甾醇与 PARP1 形成的复合物最为稳定,结构偏差最小,并且存在较强的氢键作用。这意味着 β- 谷甾醇与 PARP1 能紧密且稳定地结合,为其发挥抑制作用提供了有力保障。
  • 结合自由能分析:MM-PBSA 分析进一步证实了 β- 谷甾醇和奥拉帕尼具有优异的结合自由能(ΔGbind=-175.43 kcal/mol 和 -180.8 kcal/mol ),表明它们与 PARP1 的结合能力很强,更有可能成为有效的 PARP1 抑制剂。
  • 药代动力学评估:ADMET 分析表明,β- 谷甾醇符合 Lipinski 五规则,虽然水溶性较低,但具有较高的肠道吸收(95.88%)和血脑屏障通透性(0.824)。这说明 β- 谷甾醇在体内具备良好的吸收和分布特性,有利于发挥药效。
  • 蛋白 - 蛋白相互作用分析:通过该分析,研究人员确定了一些与 PARP1 相关的关键蛋白,如半胱天冬酶 3(CASP3)、半胱天冬酶 7(CASP7)和 X 射线修复交叉互补蛋白 1(XRCC1)。这暗示了 PARP1 抑制剂可能通过影响这些相关蛋白,产生更广泛的治疗效果,不只是单纯抑制 PARP1 的活性。

综合研究结论和讨论部分,这项研究具有多方面的重要意义。从药物研发角度来看,它成功运用计算机模拟方法,找到了潜在的 PARP1 抑制剂,尤其是 β- 谷甾醇展现出了成为新型 PARP1 抑制剂的巨大潜力,为 TNBC 的治疗提供了全新的药物研发方向。同时,研究也凸显了药物再利用以及植物源化合物在开发 TNBC 靶向疗法中的重要价值,为后续的临床前和临床试验奠定了坚实基础。从 TNBC 治疗领域来说,有望打破现有的治疗困境,为 TNBC 患者带来新的希望,改善他们的预后和生活质量。总之,这项研究在 TNBC 治疗和 PARP1 抑制剂研发方面迈出了重要的一步,值得科研人员和临床医生进一步深入探索。

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