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为探究肠易激综合征（IBS）和溃疡性结肠炎（UC）患者大肠杆菌耐药组差异，研究人员分析 70 株大肠杆菌。结果显示，菌株对磺胺类和氟喹诺酮类耐药率高，不同组存在差异，且耐药基因与用药史相关。该研究为临床治疗提供依据。
在人体肠道的微观世界里，大肠杆菌可谓是 “常驻居民”。不过，对于患有肠易激综合征（Irritable Bowel Syndrome，IBS）和溃疡性结肠炎（Ulcerative Colitis，UC）的患者来说，这些大肠杆菌却可能成为健康的 “捣蛋鬼”。近年来，多重耐药大肠杆菌（Multidrug - resistant Escherichia coli，MDR E. coli）的出现，让 IBS 和 UC 的临床治疗变得愈发棘手。虽然之前有不少研究关注过大肠杆菌的耐药问题，但针对 IBS 和 UC 患者体内大肠杆菌耐药组差异的全面研究却少之又少。为了填补这一空白，中国中日友好医院的研究人员挺身而出，开展了一项极具意义的研究，相关成果发表在《Current Research in Microbial Sciences》上。
这项研究聚焦于大肠杆菌在 IBS 和 UC 患者体内的耐药特性，旨在揭示其耐药模式、毒力基因情况，以及这些因素与临床治疗之间的关联，从而为临床医生制定更有效的治疗方案提供关键线索，同时也助力控制耐药大肠杆菌在医疗环境中的传播。
研究人员采用了多种关键技术方法。在样本获取上，从 2022 年 9 月至 2023 年 8 月，在中国中日友好医院招募健康对照（Health Controls，HC）、IBS - D 患者和 UC 患者，收集他们的粪便样本。接着，运用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI - TOF MS）技术分离并鉴定出 70 株大肠杆菌。随后，利用微肉汤稀释法进行抗菌药敏试验（Antimicrobial Susceptibility Testing，AST），确定菌株对 21 种抗菌药物的敏感性。同时，通过提取细菌基因组 DNA，在 Illumina Novaseq 6000 平台进行全基因组测序（Whole Genome Sequencing，WGS），并借助多种生物信息学工具进行基因注释、系统发育分析等。
下面来看看具体的研究结果：
- 基线特征：研究共招募了 31 名 IBS - D 患者、13 名 UC 患者和 26 名 HC 个体。IBS - D 和 UC 组益生菌使用率显著高于 HC 组；虽然三组抗生素使用无统计学差异，但 IBS - D 和 UC 组使用频率更高。
- 抗菌耐药表型：大肠杆菌对磺胺类（34.3%）和氟喹诺酮类（32.9%）耐药率较高。HC 组对磺胺类耐药率最高，不过组间差异不显著；对氟喹诺酮类中的环丙沙星耐药率达 20.0%。UC 和 IBS - D 组对 β - 内酰胺 /β - 内酰胺酶抑制剂的耐药率显著高于 HC 组。此外，31.4% 的菌株对所有测试抗菌药物敏感，32.9% 被归类为 MDR。
- 抗生素耐药组和毒力因子特征：通过 WGS 在 70 株大肠杆菌中鉴定出 63 种不同的耐药基因（Antibiotic Resistance Genes，ARGs）和 190 种毒力因子（Virulence Factors，VFs）。β - 内酰胺耐药基因最为普遍，不同组间 β - 内酰胺酶（Extended - Spectrum β - Lactamase，ESBL）耐药基因如 blaTEM - 1B等存在差异。四环素耐药基因 tet (A) 等多种耐药基因检测率较高，且在 IBS - D 组首次发现 tet (X4) 基因。在 VFs 方面，UC 组中与尿路致病性大肠杆菌（Uropathogenic E. coli，UPEC）和新生儿脑膜炎相关大肠杆菌（Neonatal Meningitis - Associated E. coli，NMEC）相关的基因更为普遍。
- 系统发育分析和序列类型多样性：系统发育树显示三组菌株分布广泛，UC 组菌株在特定谱系有一定聚集。共鉴定出 43 种序列类型（Sequence Types，STs），其中 ST10、ST1193 和 ST131 最为常见，且不同 STs 与特定血清型和系统发育组相关。
- 临床特征与 ARGs 和 VFs 的相关性分析：有抗生素使用史的人群分离出的菌株，其 ARGs 和 VFs 水平显著更高；MDR 菌株携带的 ARGs 和 VFs 多于非 MDR 菌株；有益生菌使用史的个体，其菌株的 ARG 水平略低。抗生素使用史与多种耐药基因和侵袭相关 VFs 呈正相关。
综合研究结果和讨论部分来看，这项研究意义重大。研究发现 IBS - D 和 UC 患者体内大肠杆菌的耐药情况复杂多样，不同组间在 β - 内酰胺耐药表型和基因型上存在显著差异，并且耐药基因和毒力基因的分布与抗生素使用史密切相关。IBS - D 组中出现的质粒介导的替加环素耐药基因 tet (X4)，对替加环素的临床应用构成潜在威胁。这些发现为临床治疗 IBS 和 UC 患者敲响了警钟，强调了针对性抗菌药物管理和严格监测耐药模式的紧迫性，有助于预防高风险大肠杆菌克隆的传播，从而更好地保障患者的健康。
