金鱼脑部在慢性缺氧下的 mRNA 可变剪接：揭示耐缺氧调控新机制

为探究金鱼在缺氧环境下的生存机制，研究人员利用金鱼基因组数据，开展金鱼脑在常氧（21 kPa 氧饱和度，N）和缺氧（2.1 kPa 氧饱和度）1、4 周（1WH、4WH）时转录组响应研究。发现 mRNA 可变剪接现象，且相关基因涉及多种通路，为金鱼耐缺氧研究提供新视角。

　　一些物种进化出了耐受严重环境缺氧和无氧时期的机制。在这些物种中，金鱼很独特，因为它们在这样的条件下不会进入昏迷状态。借助最近公布并注释的金鱼基因组，研究人员之前分析了金鱼大脑在常氧（氧饱和度为 21 kPa，N）和缺氧（氧饱和度为 2.1 kPa）1 周（1WH）和 4 周（4WH）后的转录组反应。利用 RNA 测序（RNA-Seq）数据，研究人员报告了 mRNA 可变剪接（外显子跳跃、内含子保留、可变 3'^'或 5'^'剪接位点以及相互排斥的外显子）现象的发生。在 1WH/N 时，在 769 个基因位点上鉴定出 1004 个显著的可变剪接事件，到 4WH/N 时，这一数字增加到 963 个位点上的 1187 个。有 305 个位点的可变剪接转录本在 1WH/N 和 4WH/N 时都存在，其中 221 个在精确位置和剪接机制上相同。受可变剪接事件影响的特定基因转录本，几乎与之前确定的慢性缺氧下差异表达基因完全不同。然而，对可变剪接转录本基因位点的基因本体（GO）术语富集分析，确实包含了与之前确定的差异表达基因（DEGs）相似的通路。这些通路包括表观遗传机制、离子通道活性（1WH/N）、谷氨酸信号传导（4WH/N）、内皮细胞功能以及 ATP 水解通路（1WH/N + 4WH/N）。研究人员描述了选定的可变剪接转录本示例，以探讨其在金鱼大脑对慢性缺氧反应中可能的功能相关性。总之，研究数据揭示了金鱼大脑耐缺氧相关通路中额外的调控层面，补充了之前报道的基因表达变化。