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免疫球蛋白 A 肾病(IgAN)是常见原发性肾小球肾炎且易致肾衰竭。研究人员开展 IgAN 相关研究,利用多种方法确定 IKZF1 等关键基因,发现 IKZF1 可促炎,靶向其治疗能缓解肾损伤,为 IgAN 治疗提供新方向。
在肾脏疾病的研究领域,免疫球蛋白 A 肾病(IgA Nephropathy,IgAN)就像一颗 “顽固的石头”,困扰着医学界。它是全球最常见的原发性肾小球肾炎,也是导致肾衰竭的主要原因之一。大约 20 - 40% 的成年 IgAN 患者在确诊后的 10 - 20 年内会发展为终末期肾病,这不仅严重影响患者的生活质量,还大大缩短了他们的预期寿命。
目前,虽然已知 IgAN 的发病与免疫失调密切相关,但具体的发病机制仍如同迷雾,尚未完全明晰。现有的治疗手段也十分有限,难以有效阻止疾病的进展。因此,寻找新的诊断和治疗靶点,揭示 IgAN 的免疫发病机制,成为了医学研究的迫切需求。
在这样的背景下,来自南开大学医学院、中国人民解放军总医院第一医学中心等机构的研究人员勇挑重担,开展了一项极具意义的研究。他们的研究成果发表在《Cell Communication and Signaling》杂志上,为 IgAN 的研究带来了新的曙光。
研究人员采用了多种关键技术方法。首先,从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载相关数据集,通过主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)、差异基因分析等方法,筛选出差异表达基因(Differentially-expressed genes,DEGs)。然后,利用 CIBERSORT 工具分析免疫细胞浸润情况,通过加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和蛋白质 - 蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)分析,寻找与树突状细胞(Dendritic cells,DCs)相关的关键基因。此外,还运用机器学习算法、受试者工作特征(Receiver operating characteristic,ROC)曲线分析等手段,对关键基因的诊断价值进行评估。最后,通过构建 IgAN 小鼠模型和抗 Thy1 肾炎大鼠模型,进行体内外干预实验,验证研究结果。
下面来看看具体的研究结果:
- 免疫细胞浸润分析:研究人员对 46 例 IgAN 样本和 22 例对照样本进行分析,发现 IgAN 肾间质组织中存在 474 个 DEGs,其中 312 个上调,162 个下调。这些基因主要与白细胞迁移、炎症、抗原加工和呈递等过程相关。CIBERSORT 分析显示,M1 巨噬细胞、静息 DCs、静息肥大细胞、中性粒细胞、幼稚 B 细胞、T 滤泡辅助细胞(T follicular helper cells,Tfh)和调节性 T 细胞(regulatory T cells,Tregs)是 IgAN 患者肾间质浸润的主要免疫细胞。WGCNA 分析确定了与静息 DCs 高度相关的 darkorange 模块。
- DCs 相关枢纽基因的鉴定与验证:通过对 darkorange 模块的深入分析,结合 Venn 图、KEGG 通路分析、GO 富集分析和 PPI 网络分析,确定了 IKZF1、MPEG1、CCR2、CCR5 和 CCR7 等与 DC 免疫显著相关的枢纽基因。其中,IKZF1 被认为是关键枢纽基因和潜在的诊断生物标志物。在 IgAN 小鼠模型和抗 Thy1 肾炎大鼠模型中,RT - qPCR 结果证实 IKZF1、CCR2 和 CCR7 的表达显著上调。
- 基于 DCs 丰度的 DEGs 鉴定与功能富集:比较高 DCs 和低 DCs 亚组的基因表达,发现 325 个 DEGs。这些基因与趋化因子信号、T 细胞受体信号、Th17 细胞分化和 IgA 产生的肠道免疫网络等相关。GO 富集分析表明,它们主要富集在细胞表面受体信号、白细胞激活和淋巴细胞激活等过程。
- IKZF1 作为 IgAN 有效诊断标志物的验证:利用支持向量机(Support Vector Machines,SVM)、最小绝对收缩和选择算子(Least Absolute Shrinkage and Selector Operation,LASSO)和随机森林算法,筛选出与 IgAN 和 DCs 功能相关的关键基因。结果显示,MPEG1 和 IKZF1 是重叠基因,在 IgAN 样本中表达显著高于对照组,具有较高的诊断效能(AUC > 0.75),且与 DCs 显著正相关。
- IKZF1+DCs 在 IgAN 小鼠模型和抗 Thy1 肾炎模型中的表达与作用:在 IgAN 小鼠模型和抗 Thy1 肾炎大鼠模型中,通过 PAS 染色、免疫荧光染色、免疫组化染色和 Western blot 分析等方法,发现模型组肾脏出现明显损伤,IKZF1+CD103+DCs 的比例显著增加。
- IKZF1 对 DCs 功能的调节作用:在 DC2.4 细胞中进行 IKZF1 基因的敲低或过表达实验,并使用来那度胺(Lenalidomide)处理。结果表明,IKZF1 可通过产生促炎因子和促进抗原呈递来促进炎症反应,而 siIKZF1 或来那度胺处理可缓解这种炎症反应。
- 来那度胺治疗对缓解抗 Thy1 肾炎肾损伤的作用:给抗 Thy1 肾炎大鼠注射来那度胺,发现其可显著降低血尿素氮(Blood Urea Nitrogen,BUN)、血清肌酐(Serum Creatinine,SCR)和尿白蛋白肌酐比(Urinary Albumin to Creatinine Ratios,UACR),减轻肾小球细胞增殖和细胞 - 基质积累,抑制 α - SMA 和 FN 的表达。
- 来那度胺对免疫细胞浸润的抑制作用:研究发现,来那度胺可降低抗 Thy1 肾炎大鼠肾脏中 IKZF1 的表达,减少 IKZF1+CD103+DCs、CD103+细胞、CD4+T 细胞和 CD68+巨噬细胞的浸润,抑制 CCR2、CCR5、CCR7 和 IL7R 等趋化因子受体的表达。
研究结论表明,该研究详细描绘了 IgAN 中免疫细胞浸润的关键模式,确定了与 DCs 相关的诊断生物标志物,揭示了 IKZF1 在 IgAN 进展中的关键作用,为靶向 IKZF1+DCs 的潜在治疗提供了有价值的见解。然而,研究也存在一些局限性,如生物信息学分析可能存在选择偏倚,未充分考虑其他细胞类型和基因的作用,来那度胺存在潜在的血液学毒性等。尽管如此,这项研究仍然为 IgAN 的诊断和治疗开辟了新的方向,未来有望在此基础上开展更多深入研究,为攻克 IgAN 这一难题带来新的希望。