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在低资源环境下,识别饮用水源细菌种类对预防水传播疾病至关重要。研究人员开展基于纸芯片流速检测和机器学习对群体感应(QS)诱导细菌聚集进行分类的研究,分类准确率超 75.0%,还能预测水样优势菌种,为检测饮用水微生物提供了简单系统。
在饮用水安全的保障战场上,细菌检测始终是一场关键战役。以往的检测方法,如核酸扩增检测(NAATs)和酶联免疫吸附测定(ELISA),虽然缩短了传统培养法的检测时间,但它们存在着 “先天不足”。这些方法在分析前,必须先知晓细菌的相关信息,才能准备合适的培养基、引物或抗体,这就像是在黑暗中摸索,没有准确的地图很难找到方向。而侧向流动免疫层析测定(LFIA)和微流控设备虽让检测变得便携,却也无法摆脱上述困境。还有一些基于粒子的检测方法,不仅需要繁琐的肽与粒子共价结合步骤,结果还不稳定,并且粒子作为微塑料,在实际应用中受到诸多限制。此外,依赖荧光显微镜的检测手段,其图像处理复杂,也增加了检测的难度和成本。在这样的背景下,开发一种简单、高效、低成本且无需复杂设备和操作的细菌检测方法迫在眉睫。
韩国的研究人员与美国亚利桑那大学合作,肩负着攻克难题的使命,开展了一项具有创新性的研究。他们致力于开发一种 “无粒子” 的细菌监测系统,基于纸微流控芯片上大规模毛细管流速测量和机器学习分类技术,利用细菌群体感应(QS)系统实现细菌种类的识别。研究结果令人振奋,通过该方法,对十种细菌(七种革兰氏阴性菌和三种革兰氏阳性菌)的分类准确率均超过 75.0%,还成功预测了现场水样中的优势菌种。这一成果意义非凡,为低资源环境下现场识别细菌种类提供了可能,仅需 QS 分子、纸芯片和智能手机摄像头就能完成监测,极大地降低了检测门槛,为保障饮用水安全带来了新的曙光。该研究成果发表在《Biosensors and Bioelectronics》上。
研究人员在这项研究中运用了多种关键技术方法。首先是纸微流控芯片技术,利用其进行细菌样本和 QS 分子的反应,并通过芯片通道检测流速变化。其次是机器学习算法,特别是 XGBoost 算法,针对不同细菌浓度范围开发了三种算法,用于分析流速数据并进行细菌种类分类。研究中使用的样本为十种不同细菌的悬浮液,涵盖了常见的致病菌,通过在纸芯片上进行流速检测实验,收集数据后用算法进行分析处理 。
1. QS 分子的选择
研究人员选用了五种 QS 分子用于细菌种类识别,其中包括三种酰基高丝氨酸内酯(AHL),即 N - 丁基 - L - 高丝氨酸内酯(C4 - HSL;QS1)、N - 己酰基 - L - 高丝氨酸内酯(C6 - HSL,QS2)和 N -(3 - 氧代十二烷酰基) - L - 高丝氨酸内酯(3 - 氧代 - C12 - HSL,QS3),以及来自枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的 ERGMT 肽(QS4)和 AIP - I。这些 QS 分子因细菌种类不同而发挥不同作用,革兰氏阴性菌利用 AHL,革兰氏阳性菌则利用自身的 QS 系统,如 AIP,为后续实验奠定基础。
2. 流速检测实验
起初,研究人员在未使用 QS 分子的情况下进行流速检测实验,发现虽有一定浓度依赖性,但无法有效识别细菌种类。随后,他们使用 QS 分子进行实验。不同细菌对不同 QS 分子的反应不同,会形成不同程度的细菌聚集,进而改变纸芯片通道内的流速。研究人员从多个加载不同 QS 分子(无粒子)的纸芯片通道收集多维数据,获取全流速数据(而非优化时间点的流速),这些数据成为后续分析的关键依据。
3. 机器学习分类
研究人员利用 XGBoost 机器学习算法,针对高(108和 107 CFU/mL)、中(106和 105 CFU/mL)、低(104和 103 CFU/mL)三种不同细菌浓度范围,分别开发算法进行分类。实验结果显示,所有算法对十种细菌的分类准确率均超过 75.0%,这表明该方法在不同细菌浓度下都具有较高的可靠性和有效性。
4. 现场水样检测
研究人员运用 XGBoost 算法和之前建立的数据库,对两种饮用水源中的细菌进行检测,成功预测了其中的优势菌种,并将预测结果与选择性培养法的结果进行比较。这一结果进一步验证了该技术在实际水样检测中的可行性和准确性,为现场快速检测饮用水中的细菌提供了有力支持。
研究人员开发的基于纸微流控芯片流速检测和机器学习分类的 “无粒子” 细菌监测系统,成功实现了对多种细菌的准确分类和现场水样优势菌种的预测。该系统仅需 QS 分子、纸芯片和智能手机摄像头,操作简单、成本低廉,为低资源环境下的饮用水微生物检测带来了新的解决方案,对预防水传播疾病、保障全球公共健康具有重要意义。然而,研究也存在一定局限性,如实验仅针对十种细菌进行研究,在实际应用中可能面临更多复杂的细菌种类和环境因素。未来研究可以进一步扩大细菌种类范围,优化算法和检测条件,提高检测的准确性和适应性,让这一技术更好地服务于饮用水安全保障工作 。