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为探究丛枝菌根（AM）真菌对植物生长产生负面影响时共生体的响应机制，研究人员开展了番茄接种Funneliformis mosseae和Rhizophagus intraradices的研究。结果发现 AM 真菌抑制番茄生长，还激活防御相关反应。该研究有助于深入理解 AM 真菌。
丛枝菌根（Arbuscular mycorrhizal，AM）真菌在可持续农业中意义重大，能为众多作物带来诸多益处。然而，偶尔也会观察到 AM 真菌对植物生长产生负面影响。但目前关于这种共生关系的响应机制，相关信息少之又少。
在这项研究中，与未接种 AM 真菌的番茄幼苗相比，接种摩西管柄囊霉（Funneliformis mosseae）或根内根孢囊霉（Rhizophagus intraradices）的番茄幼苗，地上部分和根系的生长均受到抑制。这两种 AM 真菌还降低了番茄地上部分的碳含量和碳氮比。
为了进一步探究其潜在机制，研究进行了转录组分析。在摩西管柄囊霉组与对照组的比较中，共鉴定出 190 个差异表达基因（Differentially expressed genes，DEGs）；在根内根孢囊霉组与对照组的比较中，则鉴定出 870 个 DEGs。
对前 190 个 DEGs 进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）富集分析，发现这些基因在 “内质网中的蛋白质加工”“类黄酮生物合成”“黄酮和黄酮醇生物合成” 以及 “芪类、二芳基庚烷类和姜辣素生物合成” 等通路中显著富集。而对 870 个 DEGs 的 KEGG 富集分析表明，“DNA 复制”“光合作用 - 天线蛋白”“角质、木栓质和蜡质生物合成”“内质网中的蛋白质加工” 以及 “甘油磷脂代谢” 等通路显著富集。
基因本体（Gene Ontology，GO）功能分析显示，两组 DEGs 中，大量基因被归类到 “刺激响应” 这一术语下。而且，许多富集的术语都与刺激和应激反应过程相关，包括对盐胁迫、高温以及活性氧的响应。
由此可见，即便共生关系导致植物生长受抑，AM 真菌仍可能触发宿主的防御相关反应。这些研究结果为我们深入理解 AM 真菌提供了新的视角和依据。
