编辑推荐:
本文聚焦细胞趋化运动,构建基于伪足竞争的决策模型,揭示伪足分裂在趋化中的关键作用。研究发现细胞可通过伪足抑制优化运动,不同梯度下策略各异,为理解细胞行为及仿生机器人发展提供理论依据。
研究背景
机械智能在自然界广泛存在,细胞趋化(chemotaxis)的机制一直是研究热点。细胞通过伪足(pseudopod)延伸探索环境并定向移动,但传统趋化模型无法很好解释细胞在复杂环境中的导航策略,缺乏对伪足分裂及其在准确趋化中战略作用的综合理论框架。本文通过构建模型研究伪足形成在细胞导航中的作用,为理解细胞行为提供新视角。
决策模型
在细胞决策过程中,伪足形成主要有从现有伪足分裂和从头形成两种机制。本研究的最小模型假设统一的细胞体和伪足,新伪足从先前获胜伪足尖端的黏着斑(FAP)生长,竞争方向数设定为 12 个。伪足生长取决于从有限肌动蛋白单体(G-actin)库中聚合肌动蛋白丝(F-actin)的能力,获胜者决定细胞新的运动方向。
肌动蛋白聚合
采用随机微分方程描述耦合伪足中的肌动蛋白聚合过程,公式为dtdAi=ρiAu?δAi?λAiAi+ε(Ai?Ai)+ηi(t)。其中,Ai是在伪足Pi处聚合为丝的肌动蛋白单体的累积比例,Ai是其他伪足肌动蛋白水平的局部总和,Au=1?∑iAi为未结合的 G-actin 比例 。聚合速率ρi受趋化因子浓度影响,波动则由趋化因子浓度的噪声(η)引起。同时,模型还考虑了 F-actin 的解聚速率(δ)、伪足间的相互抑制(λ)以及肌动蛋白交换速率(ε),模型共有ρ0、κc、δ、λ、ε、σ六个参数。
伪足生长
假定肌动蛋白是膜扩张的唯一驱动力,忽略膜力学的部分影响,将伪足长度建模为 F-actin 水平的时间平均线性响应,公式为?i(t)=L∫t?1tAi(t′)dt′,且细胞总无量纲长度守恒,即L=?u+∑in?i,其中?u是由未结合的 G-actin 池(Au)设定的尾足长度。
决策时间
分裂事件开始时,所有与运动相关的肌动蛋白未聚合,当一个候选者聚集了大部分肌动蛋白时事件结束。决策时间(TD)定义为获胜伪足长度大于所有剩余候选伪足长度之和的时间,即TD=min t s.t. ?i(s)≥∑j=i?j(s) ?s>t。
浓度剖面
模拟趋化环境时,假设浓度剖面为线性梯度,将梯度幅度(gx)和背景浓度(c0)作为自由变化的初始条件,以研究它们对细胞决策过程的影响。
研究结果
- 趋化因子对肌动蛋白动力学的影响:在浅梯度中,下一个伪足的形成由竞争中的波动随机决定,细胞更细长;在强信号(陡峭梯度)中,与梯度对齐的候选者迅速抑制其他伪足。决策时间随梯度强度指数下降,噪声会加快决策速度但降低准确性。
- 响应缩放的出现:细胞对趋化因子梯度的响应取决于背景浓度和梯度信号,可通过缩放因子gx/c0β(β=0.4,n=12)来表征,类似韦伯 - 费希纳定律,但此处缩放无需对数变换。同时确定了细胞明确进行趋化的最小刺激阈值(g)。
- 竞争调节传感噪声:通过分析不同n值下的最小刺激缩放指数β,发现增加潜在方向数(n)能更好适应噪声,但在模拟噪声水平下,较少候选方向的趋化阈值刺激更低。不同缩放差异表明在c0≈104时会出现交叉,解释了实验中β≈0.35的现象。
- 伪足竞争导致间接梯度传感:常用的趋化性能指标趋化指数(CI),在本模型中,细胞通过伪足候选者之间的竞争间接感知梯度。即使在强信号下,随机主导也会使决策准确性饱和到 CI≈0.9,与实验观察相符。
- 伪足竞争揭示速度 - 准确性权衡:随着候选伪足数量增加,在陡峭梯度中的对齐准确性先增加后饱和,但平均决策时间也增加,表明较低的候选数量决策效率更高,尽管绝对梯度估计准确性会降低。
- 趋化轨迹取决于信噪比:趋化轨迹受信噪比(SNR)影响,低 SNR 时轨迹接近随机游走,高 SNR 时细胞沿梯度方向移动的持续性强。极化细胞伪足可增加平均平方位移(MSD),改变伪足大小可模拟药物处理对细胞趋化性能的影响。
- 伪足抑制增强趋化效率:减少伪足候选数量可提高决策效率,模拟实验观察到的伪足抑制现象,设定特定的两个伪足生长(P3和P11)的 “分裂” 配置,在低 SNR 下表现出更高的抗噪声能力,高 SNR 时则是具有更多选择的细胞表现更好。
- 最优伪足抑制策略:利用深度强化学习(DRL)中的近端策略优化(PPO)算法,优化伪足激活概率的映射函数。在静态环境中训练的持久策略,低 SNR 时两个小角度分离的候选伪足最优,高 SNR 时激活向前的伪足候选者;在动态环境中训练的反应策略,低 SNR 时可能激活后向伪足候选者,高 SNR 时激活前向候选者。同时,分析两种策略对梯度变化的适应性发现,持久策略在低 SNR 下反应慢但有效,高 SNR 时反应策略更优。
研究讨论
本研究提出基于伪足竞争和刺激依赖生长的细胞决策最小模型,无需直接空间梯度传感,体现了机械智能的特点。模型捕捉到了实验中伪足动力学的关键特征,如浅低 SNR 梯度下两个伪足的出现、振荡现象、CI 与 SNR 的关系等,并对韦伯 - 费希纳定律的偏差做出解释。通过连接连续的决策步骤,模型成功模拟趋化轨迹。未来实验可从伪足决策时间、缩放指数变化、转向行为等方面验证模型预测。此外,本研究对理解细胞感知的物理极限、为仿生机器人设计提供了理论依据,拓展了研究的应用范围。